data_7V2D
#
_model_server_result.job_id            wkzir4FwlwoasW9Lbwnn6A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 03:13:32' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7v2d 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"UA","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    7V2D 
#
_exptl.entry_id    7V2D 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              456.344 
_entity.id                          46 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7V2D 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7V2D 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    45-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      45 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      46 
_struct_asym.id                             UA 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf2 T SG CYS 94 V CYS 95 1_555 T SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf3 BA SG CYS 112 d CYS 113 1_555 BA SG CYS 124 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf4 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf5 FA SG CYS 42 h CYS 43 1_555 FA SG CYS 55 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf6 QA SG CYS 87 u CYS 88 1_555 QA SG CYS 99 u CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
disulf ? disulf7 RA SG CYS 69 v CYS 69 1_555 RA SG CYS 80 v CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
covale ? covale1 P C HIS 84 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale2 P C 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 86 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 352 A CYS 379 1_555 TA FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 355 A CYS 382 1_555 TA FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 358 A CYS 385 1_555 TA FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 398 A CYS 425 1_555 TA FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 VA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 VA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 VA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 VA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 YA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 YA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 YA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 YA FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 YA FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc18 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 EB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc19 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 EB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc20 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 EB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc21 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 EB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc22 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 CB FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc23 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 CB FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc24 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 CB FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc25 L OE1 GLN 105 M GLN 133 1_555 FB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? 
metalc ? metalc26 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 CB FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc27 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 DB FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc28 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 DB FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc29 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 DB FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc30 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 FB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? 
metalc ? metalc31 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 DB FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc32 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 FB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? 
metalc ? metalc33 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 HB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc34 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 HB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc35 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 HB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc36 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 HB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc37 R SG CYS 59 T CYS 86 1_555 IB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc38 R NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 IB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc39 R SG CYS 84 T CYS 111 1_555 IB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
#
_chem_comp.formula           'C17 H21 N4 O9 P' 
_chem_comp.formula_weight    456.344 
_chem_comp.id                FMN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' 
#
_atom_sites.entry_id                     7V2D 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
TA 45 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . 
UA 46 FMN A 1 502 502 FMN FMN . 
VA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . 
WA 45 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . 
XA 47 PEE B 1 303 401 PEE PEE . 
YA 45 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . 
ZA 48 PLX C 1 302 312 PLX PLX . 
AB 49 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . 
BB 50 NDP J 1 401 401 NDP NDP . 
CB 45 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . 
DB 45 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . 
EB 51 FES M 1 803 803 FES FES . 
FB 52 MG M 1 804 805 MG MG . 
GB 53 CDL N 1 201 202 CDL CDL . 
HB 51 FES O 1 301 301 FES FES . 
IB 54 ZN T 1 201 150 ZN ZN . 
JB 53 CDL V 1 201 201 CDL CDL . 
KB 47 PEE V 1 202 207 PEE PEE . 
LB 49 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . 
MB 53 CDL a 1 201 201 CDL CDL . 
NB 47 PEE b 1 201 720 PEE PEE . 
OB 48 PLX g 1 201 705 PLX PLX . 
PB 53 CDL i 1 401 401 CDL CDL . 
QB 47 PEE i 1 402 718 PEE PEE . 
RB 47 PEE j 1 201 311 PEE PEE . 
SB 47 PEE j 1 202 101 PEE PEE . 
TB 48 PLX j 1 203 203 PLX PLX . 
UB 53 CDL l 1 701 712 CDL CDL . 
VB 53 CDL l 1 702 713 CDL CDL . 
WB 47 PEE l 1 703 719 PEE PEE . 
XB 47 PEE m 1 201 202 PEE PEE . 
YB 53 CDL o 1 201 203 CDL CDL . 
ZB 47 PEE r 1 501 202 PEE PEE . 
AC 48 PLX r 1 502 205 PLX PLX . 
BC 48 PLX r 1 503 201 PLX PLX . 
CC 48 PLX r 1 504 101 PLX PLX . 
DC 53 CDL r 1 505 714 CDL CDL . 
EC 55 UQ s 1 401 403 UQ UQ . 
FC 53 CDL u 1 201 102 CDL CDL . 
GC 56 ADP w 1 401 401 ADP ADP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 FMN . . . UA 46 123.392 103.845 265.637 1 62.75 ? N1 FMN 502 A 1 
HETATM 2 C C2 FMN . . . UA 46 122.502 103.399 266.591 1 62.75 ? C2 FMN 502 A 1 
HETATM 3 O O2 FMN . . . UA 46 122.919 103.001 267.675 1 62.75 ? O2 FMN 502 A 1 
HETATM 4 N N3 FMN . . . UA 46 121.148 103.403 266.335 1 62.75 ? N3 FMN 502 A 1 
HETATM 5 C C4 FMN . . . UA 46 120.678 103.852 265.119 1 62.75 ? C4 FMN 502 A 1 
HETATM 6 O O4 FMN . . . UA 46 119.471 103.854 264.889 1 62.75 ? O4 FMN 502 A 1 
HETATM 7 C C4A FMN . . . UA 46 121.57 104.3 264.155 1 62.75 ? C4A FMN 502 A 1 
HETATM 8 N N5 FMN . . . UA 46 121.104 104.749 262.938 1 62.75 ? N5 FMN 502 A 1 
HETATM 9 C C5A FMN . . . UA 46 121.993 105.194 261.983 1 62.75 ? C5A FMN 502 A 1 
HETATM 10 C C6 FMN . . . UA 46 121.524 105.646 260.757 1 62.75 ? C6 FMN 502 A 1 
HETATM 11 C C7 FMN . . . UA 46 122.419 106.095 259.796 1 62.75 ? C7 FMN 502 A 1 
HETATM 12 C C7M FMN . . . UA 46 121.913 106.583 258.473 1 62.75 ? C7M FMN 502 A 1 
HETATM 13 C C8 FMN . . . UA 46 123.782 106.092 260.058 1 62.75 ? C8 FMN 502 A 1 
HETATM 14 C C8M FMN . . . UA 46 124.749 106.575 259.02 1 62.75 ? C8M FMN 502 A 1 
HETATM 15 C C9 FMN . . . UA 46 124.251 105.638 261.283 1 62.75 ? C9 FMN 502 A 1 
HETATM 16 C C9A FMN . . . UA 46 123.356 105.19 262.247 1 62.75 ? C9A FMN 502 A 1 
HETATM 17 N N10 FMN . . . UA 46 123.822 104.744 263.465 1 62.75 ? N10 FMN 502 A 1 
HETATM 18 C C10 FMN . . . UA 46 122.932 104.296 264.419 1 62.75 ? C10 FMN 502 A 1 
HETATM 19 C C1' FMN . . . UA 46 125.295 104.738 263.743 1 62.75 ? C1' FMN 502 A 1 
HETATM 20 C C2' FMN . . . UA 46 125.707 106.031 264.437 1 62.75 ? C2' FMN 502 A 1 
HETATM 21 O O2' FMN . . . UA 46 126.815 106.59 263.769 1 62.75 ? O2' FMN 502 A 1 
HETATM 22 C C3' FMN . . . UA 46 126.072 105.763 265.89 1 62.75 ? C3' FMN 502 A 1 
HETATM 23 O O3' FMN . . . UA 46 124.902 105.747 266.673 1 62.75 ? O3' FMN 502 A 1 
HETATM 24 C C4' FMN . . . UA 46 127.021 106.823 266.426 1 62.75 ? C4' FMN 502 A 1 
HETATM 25 O O4' FMN . . . UA 46 128.105 106.972 265.538 1 62.75 ? O4' FMN 502 A 1 
HETATM 26 C C5' FMN . . . UA 46 127.54 106.407 267.794 1 62.75 ? C5' FMN 502 A 1 
HETATM 27 O O5' FMN . . . UA 46 127.832 105.03 267.75 1 62.75 ? O5' FMN 502 A 1 
HETATM 28 P P FMN . . . UA 46 128.325 104.241 269.061 1 62.75 ? P FMN 502 A 1 
HETATM 29 O O1P FMN . . . UA 46 127.282 104.401 270.138 1 62.75 ? O1P FMN 502 A 1 
HETATM 30 O O2P FMN . . . UA 46 128.472 102.779 268.722 1 62.75 ? O2P FMN 502 A 1 
HETATM 31 O O3P FMN . . . UA 46 129.647 104.794 269.536 1 62.75 ? O3P FMN 502 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              28 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    86 
_model_server_stats.query_time_ms           204 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           31 
#