data_7V2H # _model_server_result.job_id s3TjH7ZREaYu_fK4MlfiCw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 04:18:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7v2h # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"UA","auth_seq_id":502}' # _entry.id 7V2H # _exptl.entry_id 7V2H _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 456.344 _entity.id 46 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7V2H _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7V2H _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 46 _struct_asym.id UA _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf2 T SG CYS 17 V CYS 18 1_555 T SG CYS 74 V CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 T SG CYS 94 V CYS 95 1_555 T SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf4 BA SG CYS 112 d CYS 113 1_555 BA SG CYS 124 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf5 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf6 FA SG CYS 42 h CYS 43 1_555 FA SG CYS 55 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf7 QA SG CYS 45 u CYS 46 1_555 QA SG CYS 55 u CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf8 QA SG CYS 77 u CYS 78 1_555 QA SG CYS 109 u CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf9 QA SG CYS 87 u CYS 88 1_555 QA SG CYS 99 u CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? covale ? covale1 P C HIS 84 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 P C 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 86 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 TA FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 TA FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 TA FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 TA FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 XA FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 XA FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 XA FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 XA FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 YA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 YA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 YA FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 YA FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc17 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 GB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 GB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 GB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 GB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc21 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 EB FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc22 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 EB FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 EB FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc24 L OE1 GLN 105 M GLN 133 1_555 HB MG MG . M MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 EB FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 FB FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 FB FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.927 ? metalc ? metalc28 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 FB FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc29 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 HB MG MG . M MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.84 ? metalc ? metalc30 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 FB FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc31 L O CYS 198 M CYS 226 1_555 HB MG MG . M MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? metalc ? metalc32 L O VAL 200 M VAL 228 1_555 HB MG MG . M MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? metalc ? metalc33 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 HB MG MG . M MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 JB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 JB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc36 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 JB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc37 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 JB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc38 R SG CYS 59 T CYS 86 1_555 LB ZN ZN . T ZN 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc39 R NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 LB ZN ZN . T ZN 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc40 R SG CYS 84 T CYS 111 1_555 LB ZN ZN . T ZN 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? # _chem_comp.formula 'C17 H21 N4 O9 P' _chem_comp.formula_weight 456.344 _chem_comp.id FMN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' # _atom_sites.entry_id 7V2H _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . UA 46 FMN A 1 502 502 FMN FMN . VA 47 NAI A 1 503 503 NAI NAI . WA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . XA 45 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . YA 45 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . ZA 48 PEE C 1 311 311 PEE PEE . AB 49 PLX C 1 312 312 PLX PLX . BB 50 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . CB 51 NDP J 1 401 401 NDP NDP . DB 52 UQ J 1 402 402 UQ UQ . EB 45 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . FB 45 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . GB 53 FES M 1 803 803 FES FES . HB 54 MG M 1 805 805 MG MG . IB 55 CDL N 1 202 202 CDL CDL . JB 53 FES O 1 301 301 FES FES . KB 56 DCQ Q 1 501 501 DCQ DCQ . LB 57 ZN T 1 150 150 ZN ZN . MB 48 PEE U 1 101 101 PEE PEE . NB 55 CDL V 1 201 201 CDL CDL . OB 48 PEE V 1 202 202 PEE PEE . PB 55 CDL V 1 203 203 CDL CDL . QB 49 PLX V 1 205 205 PLX PLX . RB 48 PEE V 1 207 207 PEE PEE . SB 50 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . TB 55 CDL a 1 201 201 CDL CDL . UB 49 PLX e 1 201 201 PLX PLX . VB 55 CDL i 1 401 401 CDL CDL . WB 49 PLX i 1 705 705 PLX PLX . XB 48 PEE j 1 201 201 PEE PEE . YB 49 PLX j 1 202 202 PLX PLX . ZB 49 PLX j 1 203 203 PLX PLX . AC 55 CDL k 1 101 101 CDL CDL . BC 55 CDL l 1 712 712 CDL CDL . CC 55 CDL l 1 713 713 CDL CDL . DC 48 PEE l 1 718 718 PEE PEE . EC 48 PEE l 1 719 719 PEE PEE . FC 48 PEE l 1 720 720 PEE PEE . GC 55 CDL m 1 201 201 CDL CDL . HC 48 PEE m 1 202 202 PEE PEE . IC 49 PLX n 1 101 101 PLX PLX . JC 55 CDL n 1 102 102 CDL CDL . KC 55 CDL r 1 714 714 CDL CDL . LC 48 PEE s 1 401 401 PEE PEE . MC 52 UQ s 1 402 402 UQ UQ . NC 58 ADP w 1 401 401 ADP ADP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 FMN . . . UA 46 113.521 99.379 253.855 1 22.2 ? N1 FMN 502 A 1 HETATM 2 C C2 FMN . . . UA 46 112.587 99.003 254.798 1 22.2 ? C2 FMN 502 A 1 HETATM 3 O O2 FMN . . . UA 46 112.949 98.714 255.935 1 22.2 ? O2 FMN 502 A 1 HETATM 4 N N3 FMN . . . UA 46 111.25 98.95 254.47 1 22.2 ? N3 FMN 502 A 1 HETATM 5 C C4 FMN . . . UA 46 110.846 99.276 253.194 1 22.2 ? C4 FMN 502 A 1 HETATM 6 O O4 FMN . . . UA 46 109.656 99.23 252.892 1 22.2 ? O4 FMN 502 A 1 HETATM 7 C C4A FMN . . . UA 46 111.782 99.656 252.245 1 22.2 ? C4A FMN 502 A 1 HETATM 8 N N5 FMN . . . UA 46 111.365 99.977 250.973 1 22.2 ? N5 FMN 502 A 1 HETATM 9 C C5A FMN . . . UA 46 112.285 100.358 250.025 1 22.2 ? C5A FMN 502 A 1 HETATM 10 C C6 FMN . . . UA 46 111.855 100.681 248.746 1 22.2 ? C6 FMN 502 A 1 HETATM 11 C C7 FMN . . . UA 46 112.776 101.06 247.783 1 22.2 ? C7 FMN 502 A 1 HETATM 12 C C7M FMN . . . UA 46 112.305 101.409 246.403 1 22.2 ? C7M FMN 502 A 1 HETATM 13 C C8 FMN . . . UA 46 114.127 101.118 248.102 1 22.2 ? C8 FMN 502 A 1 HETATM 14 C C8M FMN . . . UA 46 115.125 101.531 247.064 1 22.2 ? C8M FMN 502 A 1 HETATM 15 C C9 FMN . . . UA 46 114.557 100.795 249.384 1 22.2 ? C9 FMN 502 A 1 HETATM 16 C C9A FMN . . . UA 46 113.634 100.412 250.348 1 22.2 ? C9A FMN 502 A 1 HETATM 17 N N10 FMN . . . UA 46 114.056 100.091 251.622 1 22.2 ? N10 FMN 502 A 1 HETATM 18 C C10 FMN . . . UA 46 113.129 99.71 252.575 1 22.2 ? C10 FMN 502 A 1 HETATM 19 C C1' FMN . . . UA 46 115.52 100.155 251.945 1 22.2 ? C1' FMN 502 A 1 HETATM 20 C C2' FMN . . . UA 46 115.845 101.35 252.832 1 22.2 ? C2' FMN 502 A 1 HETATM 21 O O2' FMN . . . UA 46 116.78 102.182 252.185 1 22.2 ? O2' FMN 502 A 1 HETATM 22 C C3' FMN . . . UA 46 116.42 100.867 254.157 1 22.2 ? C3' FMN 502 A 1 HETATM 23 O O3' FMN . . . UA 46 115.417 100.209 254.897 1 22.2 ? O3' FMN 502 A 1 HETATM 24 C C4' FMN . . . UA 46 116.965 102.017 254.987 1 22.2 ? C4' FMN 502 A 1 HETATM 25 O O4' FMN . . . UA 46 118.187 102.445 254.43 1 22.2 ? O4' FMN 502 A 1 HETATM 26 C C5' FMN . . . UA 46 117.195 101.545 256.414 1 22.2 ? C5' FMN 502 A 1 HETATM 27 O O5' FMN . . . UA 46 118.49 101.001 256.517 1 22.2 ? O5' FMN 502 A 1 HETATM 28 P P FMN . . . UA 46 118.801 99.785 257.523 1 22.2 ? P FMN 502 A 1 HETATM 29 O O1P FMN . . . UA 46 118.643 98.496 256.757 1 22.2 ? O1P FMN 502 A 1 HETATM 30 O O2P FMN . . . UA 46 120.207 99.905 258.055 1 22.2 ? O2P FMN 502 A 1 HETATM 31 O O3P FMN . . . UA 46 117.824 99.802 258.671 1 22.2 ? O3P FMN 502 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 32 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 111 _model_server_stats.query_time_ms 550 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 31 #