data_7V2K # _model_server_result.job_id yN0C3QuSIl38jZHssfeaXw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 16:24:33' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7v2k # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"XA","auth_seq_id":302}' # _entry.id 7V2K # _exptl.entry_id 7V2K _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 45 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7V2K _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7V2K _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 45 TA N N ? 45 WA N N ? 45 XA N N ? 45 YA N N ? 45 DB N N ? 45 EB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf2 T SG CYS 94 V CYS 95 1_555 T SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? disulf ? disulf3 BA SG CYS 112 d CYS 113 1_555 BA SG CYS 124 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf4 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 QA SG CYS 87 u CYS 88 1_555 QA SG CYS 99 u CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf6 RA SG CYS 69 v CYS 69 1_555 RA SG CYS 80 v CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 P C HIS 84 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale2 P C 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 86 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 352 A CYS 379 1_555 TA FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 355 A CYS 382 1_555 TA FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 358 A CYS 385 1_555 TA FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 398 A CYS 425 1_555 TA FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 XA FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 XA FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 XA FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 XA FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 YA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 YA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 YA FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc16 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 FB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc17 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 FB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 FB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc19 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 DB FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 DB FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc21 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 DB FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc22 L OE1 GLN 105 M GLN 133 1_555 GB MG MG . M MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 DB FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc24 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 EB FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 EB FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 EB FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 EB FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc28 L O CYS 198 M CYS 226 1_555 GB MG MG . M MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? metalc ? metalc29 L O VAL 200 M VAL 228 1_555 GB MG MG . M MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc30 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 GB MG MG . M MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc31 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 IB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc32 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 IB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 IB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 IB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? metalc ? metalc35 R SG CYS 59 T CYS 86 1_555 JB ZN ZN . T ZN 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc36 R NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 JB ZN ZN . T ZN 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc37 R SG CYS 84 T CYS 111 1_555 JB ZN ZN . T ZN 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7V2K _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . UA 46 FMN A 1 502 502 FMN FMN . VA 47 NAI A 1 503 503 NAI NAI . WA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . XA 45 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . YA 45 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . ZA 48 PEE C 1 311 311 PEE PEE . AB 49 PLX C 1 312 312 PLX PLX . BB 50 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . CB 51 NDP J 1 401 401 NDP NDP . DB 45 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . EB 45 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . FB 52 FES M 1 803 803 FES FES . GB 53 MG M 1 805 805 MG MG . HB 54 CDL N 1 202 202 CDL CDL . IB 52 FES O 1 301 301 FES FES . JB 55 ZN T 1 150 150 ZN ZN . KB 48 PEE U 1 101 101 PEE PEE . LB 48 PEE V 1 202 202 PEE PEE . MB 49 PLX V 1 205 205 PLX PLX . NB 50 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . OB 54 CDL a 1 201 201 CDL CDL . PB 49 PLX e 1 201 201 PLX PLX . QB 54 CDL i 1 401 401 CDL CDL . RB 49 PLX i 1 705 705 PLX PLX . SB 49 PLX j 1 203 203 PLX PLX . TB 54 CDL l 1 712 712 CDL CDL . UB 54 CDL l 1 713 713 CDL CDL . VB 48 PEE l 1 718 718 PEE PEE . WB 48 PEE l 1 719 719 PEE PEE . XB 48 PEE l 1 720 720 PEE PEE . YB 48 PEE m 1 202 202 PEE PEE . ZB 49 PLX n 1 101 101 PLX PLX . AC 54 CDL n 1 102 102 CDL CDL . BC 54 CDL r 1 714 714 CDL CDL . CC 48 PEE s 1 401 401 PEE PEE . DC 56 UQ s 1 403 403 UQ UQ . EC 57 ADP w 1 401 401 ADP ADP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . XA 45 114.766 123.851 196.352 1 23.25 ? FE1 SF4 302 B 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . XA 45 113.967 123.271 193.801 1 23.25 ? FE2 SF4 302 B 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . XA 45 113.096 121.729 195.889 1 23.25 ? FE3 SF4 302 B 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . XA 45 115.713 121.611 195.096 1 23.25 ? FE4 SF4 302 B 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . XA 45 113.884 120.995 193.881 1 23.25 ? S1 SF4 302 B 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . XA 45 114.937 121.757 197.235 1 23.25 ? S2 SF4 302 B 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . XA 45 116.08 123.776 194.49 1 23.25 ? S3 SF4 302 B 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . XA 45 112.64 123.936 195.531 1 23.25 ? S4 SF4 302 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 36 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 508 _model_server_stats.query_time_ms 338 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 8 #