data_7V2R
#
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_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-21 16:19:59' 
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_model_server_result.query_name        ligand 
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#
_model_server_params.name     atom_site 
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#
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#
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_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.pdbx_description            CARDIOLIPIN 
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_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
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_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
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_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
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_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
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_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      45 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 52 DB N N 
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? 52 XB N N 
? 52 EC N N 
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? 52 KC N N 
? 52 MC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf2 T SG CYS 17 V CYS 18 1_555 T SG CYS 74 V CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf3 T SG CYS 94 V CYS 95 1_555 T SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf4 BA SG CYS 112 d CYS 113 1_555 BA SG CYS 124 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf5 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf6 FA SG CYS 42 h CYS 43 1_555 FA SG CYS 55 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
disulf ? disulf7 QA SG CYS 45 u CYS 46 1_555 QA SG CYS 55 u CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf8 QA SG CYS 77 u CYS 78 1_555 QA SG CYS 109 u CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf9 QA SG CYS 87 u CYS 88 1_555 QA SG CYS 99 u CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
covale ? covale1 P C HIS 84 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale2 P C 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 86 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 TA FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 TA FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 TA FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 TA FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 XA FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 XA FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 XA FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 XA FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 YA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 YA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 YA FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 YA FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc17 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 KB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc18 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 KB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc19 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 KB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc20 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 KB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc21 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 IB FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc22 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 IB FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc23 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 IB FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc24 L OE1 GLN 105 M GLN 133 1_555 LB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? 
metalc ? metalc25 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 IB FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc26 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 JB FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
metalc ? metalc27 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 JB FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc28 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 LB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.973 ? 
metalc ? metalc29 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 JB FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc30 L O CYS 198 M CYS 226 1_555 LB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? 
metalc ? metalc31 L O VAL 200 M VAL 228 1_555 LB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc32 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 LB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc33 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 MB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc34 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 MB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? 
metalc ? metalc35 R SG CYS 59 T CYS 86 1_555 QB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc36 R NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 QB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc37 R SG CYS 84 T CYS 111 1_555 QB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
#
_chem_comp.formula           'C81 H156 O17 P2 -2' 
_chem_comp.formula_weight    1464.043 
_chem_comp.id                CDL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              CARDIOLIPIN 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     "DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL;BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL" 
#
_atom_sites.entry_id                     7V2R 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
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_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
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loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
TA 45 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . 
UA 46 FMN A 1 502 502 FMN FMN . 
VA 47 NAI A 1 503 503 NAI NAI . 
WA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . 
XA 45 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . 
YA 45 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . 
ZA 48 PEE C 1 302 311 PEE PEE . 
AB 49 PLX C 1 303 312 PLX PLX . 
BB 50 UQ C 1 304 402 UQ UQ . 
CB 51 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . 
DB 52 CDL I 1 201 202 CDL CDL . 
EB 53 NDP J 1 401 401 NDP NDP . 
FB 50 UQ J 1 402 402 UQ UQ . 
GB 49 PLX J 1 403 202 PLX PLX . 
HB 52 CDL J 1 404 201 CDL CDL . 
IB 45 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . 
JB 45 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . 
KB 54 FES M 1 803 803 FES FES . 
LB 55 MG M 1 804 805 MG MG . 
MB 54 FES O 1 301 301 FES FES . 
NB 56 UQ1 Q 1 501 501 UQ1 UQ1 . 
OB 56 UQ1 Q 1 502 502 UQ1 UQ1 . 
PB 48 PEE Q 1 503 718 PEE PEE . 
QB 57 ZN T 1 201 150 ZN ZN . 
RB 52 CDL V 1 201 201 CDL CDL . 
SB 48 PEE V 1 202 202 PEE PEE . 
TB 52 CDL V 1 203 203 CDL CDL . 
UB 48 PEE V 1 204 207 PEE PEE . 
VB 48 PEE W 1 201 202 PEE PEE . 
WB 51 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . 
XB 52 CDL a 1 201 201 CDL CDL . 
YB 49 PLX a 1 202 101 PLX PLX . 
ZB 49 PLX e 1 201 201 PLX PLX . 
AC 49 PLX g 1 201 705 PLX PLX . 
BC 48 PEE j 1 201 101 PEE PEE . 
CC 48 PEE j 1 202 201 PEE PEE . 
DC 49 PLX j 1 203 203 PLX PLX . 
EC 52 CDL k 1 101 101 CDL CDL . 
FC 52 CDL l 1 701 712 CDL CDL . 
GC 52 CDL l 1 702 713 CDL CDL . 
HC 48 PEE l 1 703 719 PEE PEE . 
IC 48 PEE l 1 704 720 PEE PEE . 
JC 49 PLX r 1 501 205 PLX PLX . 
KC 52 CDL r 1 502 714 CDL CDL . 
LC 48 PEE s 1 401 401 PEE PEE . 
MC 52 CDL u 1 201 102 CDL CDL . 
NC 58 ADP w 1 401 401 ADP ADP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 CDL . . . MC 52 210.322 154.55 112.244 1 73.13 ? C1 CDL 201 u 1 
HETATM 2 O O1 CDL . . . MC 52 210.195 154.367 113.66 1 73.13 ? O1 CDL 201 u 1 
HETATM 3 C CA2 CDL . . . MC 52 210.136 153.214 111.536 1 73.13 ? CA2 CDL 201 u 1 
HETATM 4 O OA2 CDL . . . MC 52 210.724 152.169 112.3 1 73.13 ? OA2 CDL 201 u 1 
HETATM 5 P PA1 CDL . . . MC 52 210.832 150.681 111.703 1 73.13 ? PA1 CDL 201 u 1 
HETATM 6 O OA3 CDL . . . MC 52 209.801 150.534 110.611 1 73.13 ? OA3 CDL 201 u 1 
HETATM 7 O OA4 CDL . . . MC 52 212.28 150.378 111.42 1 73.13 ? OA4 CDL 201 u 1 
HETATM 8 O OA5 CDL . . . MC 52 210.378 149.809 112.974 1 73.13 ? OA5 CDL 201 u 1 
HETATM 9 C CA3 CDL . . . MC 52 211.16 148.719 113.445 1 73.13 ? CA3 CDL 201 u 1 
HETATM 10 C CA4 CDL . . . MC 52 211.03 148.734 114.958 1 73.13 ? CA4 CDL 201 u 1 
HETATM 11 O OA6 CDL . . . MC 52 211.412 150.038 115.393 1 73.13 ? OA6 CDL 201 u 1 
HETATM 12 C CA5 CDL . . . MC 52 210.963 150.359 116.735 1 73.13 ? CA5 CDL 201 u 1 
HETATM 13 O OA7 CDL . . . MC 52 210.188 149.611 117.301 1 73.13 ? OA7 CDL 201 u 1 
HETATM 14 C C11 CDL . . . MC 52 211.456 151.62 117.403 1 73.13 ? C11 CDL 201 u 1 
HETATM 15 C C12 CDL . . . MC 52 210.867 151.739 118.802 1 73.13 ? C12 CDL 201 u 1 
HETATM 16 C C13 CDL . . . MC 52 209.381 152.064 118.745 1 73.13 ? C13 CDL 201 u 1 
HETATM 17 C CA6 CDL . . . MC 52 211.949 147.675 115.556 1 73.13 ? CA6 CDL 201 u 1 
HETATM 18 O OA8 CDL . . . MC 52 212.018 147.863 116.966 1 73.13 ? OA8 CDL 201 u 1 
HETATM 19 C CA7 CDL . . . MC 52 212.544 146.833 117.849 1 73.13 ? CA7 CDL 201 u 1 
HETATM 20 O OA9 CDL . . . MC 52 212.773 145.719 117.409 1 73.13 ? OA9 CDL 201 u 1 
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HETATM 23 C CB2 CDL . . . MC 52 209.225 155.487 111.758 1 73.13 ? CB2 CDL 201 u 1 
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HETATM 43 C C60 CDL . . . MC 52 200.731 160.285 124.016 1 73.13 ? C60 CDL 201 u 1 
HETATM 44 C CB6 CDL . . . MC 52 202.615 153.801 114.471 1 73.13 ? CB6 CDL 201 u 1 
HETATM 45 O OB8 CDL . . . MC 52 203.26 153.623 115.728 1 73.13 ? OB8 CDL 201 u 1 
HETATM 46 C CB7 CDL . . . MC 52 202.422 153.545 116.905 1 73.13 ? CB7 CDL 201 u 1 
HETATM 47 O OB9 CDL . . . MC 52 201.245 153.81 116.771 1 73.13 ? OB9 CDL 201 u 1 
HETATM 48 C C71 CDL . . . MC 52 202.975 153.156 118.256 1 73.13 ? C71 CDL 201 u 1 
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