data_7VAC
#
_model_server_result.job_id            mpxspZIBOmsfEr3onq_MOQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 23:15:21' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7vac 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    7VAC 
#
_exptl.entry_id    7VAC 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              221.208 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7VAC 
_cell.length_a            42.92 
_cell.length_b            206.848 
_cell.length_c            225.405 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7VAC 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,G,J,K 1 1 
C,D,H,L,M 2 1 
E,F,I,N,O 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 J N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 22 A CYS 22 1_555 A SG CYS 90 A CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 137 A CYS 137 1_555 A SG CYS 197 A CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 217 A CYS 217 1_555 B SG CYS 220 B CYS 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 23 B CYS 23 1_555 B SG CYS 97 B CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 144 B CYS 144 1_555 B SG CYS 200 B CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf6 C SG CYS 22 C CYS 22 1_555 C SG CYS 90 C CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf7 C SG CYS 137 C CYS 137 1_555 C SG CYS 197 C CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf8 D SG CYS 23 D CYS 23 1_555 D SG CYS 97 D CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf9 D SG CYS 144 D CYS 144 1_555 D SG CYS 200 D CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf10 E SG CYS 22 E CYS 22 1_555 E SG CYS 90 E CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf11 E SG CYS 137 E CYS 137 1_555 E SG CYS 197 E CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf12 F SG CYS 23 F CYS 23 1_555 F SG CYS 97 F CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
disulf ? disulf13 F SG CYS 144 F CYS 144 1_555 F SG CYS 200 F CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
covale ? covale1 I OG1 THR 7 I THR 7 1_555 O C1 NGA . I NGA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H15 N O6' 
_chem_comp.formula_weight    221.208 
_chem_comp.id                NGA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-acetyl-beta-D-galactosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-galactose;N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 NGA sing 235 n n 
C1 O1 NGA sing 236 n n 
C1 O5 NGA sing 237 n n 
C1 H1 NGA sing 238 n n 
C2 C3 NGA sing 239 n n 
C2 N2 NGA sing 240 n n 
C2 H2 NGA sing 241 n n 
C3 C4 NGA sing 242 n n 
C3 O3 NGA sing 243 n n 
C3 H3 NGA sing 244 n n 
C4 C5 NGA sing 245 n n 
C4 O4 NGA sing 246 n n 
C4 H4 NGA sing 247 n n 
C5 C6 NGA sing 248 n n 
C5 O5 NGA sing 249 n n 
C5 H5 NGA sing 250 n n 
C6 O6 NGA sing 251 n n 
C6 H61 NGA sing 252 n n 
C6 H62 NGA sing 253 n n 
C7 C8 NGA sing 254 n n 
C7 N2 NGA sing 255 n n 
C7 O7 NGA doub 256 n n 
C8 H81 NGA sing 257 n n 
C8 H82 NGA sing 258 n n 
C8 H83 NGA sing 259 n n 
N2 HN2 NGA sing 260 n n 
O1 HO1 NGA sing 261 n n 
O3 HO3 NGA sing 262 n n 
O4 HO4 NGA sing 263 n n 
O6 HO6 NGA sing 264 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
NGA DGalpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
NGA N-acetyl-b-D-galactopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 
NGA b-D-GalpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
NGA GalNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     7VAC 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.023299 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004834 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004436 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
J 4 NGA G 1 201 201 NGA NGA . 
K 4 NGA G 1 202 301 NGA NGA . 
L 4 NGA H 1 201 201 NGA NGA . 
M 4 NGA H 1 202 301 NGA NGA . 
N 4 NGA I 1 201 201 NGA NGA . 
O 4 NGA I 1 202 301 NGA NGA . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 NGA . . . L 4 41.522 -93.242 -8.35 1 68.35 ? C1 NGA 201 H 1 
HETATM 2 C C2 NGA . . . L 4 40.756 -92.593 -7.214 1 70.55 ? C2 NGA 201 H 1 
HETATM 3 C C3 NGA . . . L 4 40.392 -93.593 -6.137 1 72.19 ? C3 NGA 201 H 1 
HETATM 4 C C4 NGA . . . L 4 39.988 -94.944 -6.729 1 81.04 ? C4 NGA 201 H 1 
HETATM 5 C C5 NGA . . . L 4 41.003 -95.426 -7.75 1 75.45 ? C5 NGA 201 H 1 
HETATM 6 C C6 NGA . . . L 4 40.678 -96.794 -8.326 1 78.44 ? C6 NGA 201 H 1 
HETATM 7 C C7 NGA . . . L 4 42.16 -90.596 -7.345 1 63.81 ? C7 NGA 201 H 1 
HETATM 8 C C8 NGA . . . L 4 43.335 -89.899 -6.721 1 79.77 ? C8 NGA 201 H 1 
HETATM 9 N N2 NGA . . . L 4 41.718 -91.659 -6.669 1 66.17 ? N2 NGA 201 H 1 
HETATM 10 O O3 NGA . . . L 4 39.288 -93.07 -5.423 1 71.69 ? O3 NGA 201 H 1 
HETATM 11 O O4 NGA . . . L 4 38.751 -94.823 -7.406 1 89.11 ? O4 NGA 201 H 1 
HETATM 12 O O5 NGA . . . L 4 41.008 -94.473 -8.791 1 75.65 ? O5 NGA 201 H 1 
HETATM 13 O O6 NGA . . . L 4 40.795 -97.783 -7.331 1 80.67 ? O6 NGA 201 H 1 
HETATM 14 O O7 NGA . . . L 4 41.737 -90.205 -8.436 1 56.91 ? O7 NGA 201 H 1 
HETATM 15 H H1 NGA . . . L 4 41.482 -92.556 -9.197 1 82.23 ? H1 NGA 201 H 1 
HETATM 16 H H2 NGA . . . L 4 39.867 -92.08 -7.58 1 84.87 ? H2 NGA 201 H 1 
HETATM 17 H H3 NGA . . . L 4 41.243 -93.726 -5.47 1 86.84 ? H3 NGA 201 H 1 
HETATM 18 H H4 NGA . . . L 4 39.882 -95.656 -5.911 1 97.46 ? H4 NGA 201 H 1 
HETATM 19 H H5 NGA . . . L 4 41.963 -95.508 -7.241 1 90.75 ? H5 NGA 201 H 1 
HETATM 20 H H61 NGA . . . L 4 41.36 -97.017 -9.147 1 94.34 ? H61 NGA 201 H 1 
HETATM 21 H H62 NGA . . . L 4 39.664 -96.792 -8.725 1 94.34 ? H62 NGA 201 H 1 
HETATM 22 H H81 NGA . . . L 4 44.22 -90.53 -6.808 1 95.93 ? H81 NGA 201 H 1 
HETATM 23 H H82 NGA . . . L 4 43.127 -89.708 -5.668 1 95.93 ? H82 NGA 201 H 1 
HETATM 24 H H83 NGA . . . L 4 43.512 -88.954 -7.234 1 95.93 ? H83 NGA 201 H 1 
HETATM 25 H HN2 NGA . . . L 4 42.062 -91.83 -5.735 1 79.62 ? HN2 NGA 201 H 1 
HETATM 26 H HO3 NGA . . . L 4 38.946 -93.75 -4.806 1 86.25 ? HO3 NGA 201 H 1 
HETATM 27 H HO4 NGA . . . L 4 38.357 -95.712 -7.527 1 107.14 ? HO4 NGA 201 H 1 
HETATM 28 H HO6 NGA . . . L 4 40.135 -98.489 -7.493 1 97.01 ? HO6 NGA 201 H 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              83 
_model_server_stats.parse_time_ms           15 
_model_server_stats.create_model_time_ms    25 
_model_server_stats.query_time_ms           311 
_model_server_stats.encode_time_ms          1 
_model_server_stats.element_count           28 
#