data_7VAC
#
_model_server_result.job_id            '_klmShpYkPtK12SdYH6V2Q' 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 23:18:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7vac 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":202}' 
#
_entry.id    7VAC 
#
_exptl.entry_id    7VAC 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              221.208 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7VAC 
_cell.length_a            42.92 
_cell.length_b            206.848 
_cell.length_c            225.405 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7VAC 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,G,J,K 1 1 
C,D,H,L,M 2 1 
E,F,I,N,O 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 J N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 22 A CYS 22 1_555 A SG CYS 90 A CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 137 A CYS 137 1_555 A SG CYS 197 A CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 217 A CYS 217 1_555 B SG CYS 220 B CYS 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 23 B CYS 23 1_555 B SG CYS 97 B CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 144 B CYS 144 1_555 B SG CYS 200 B CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf6 C SG CYS 22 C CYS 22 1_555 C SG CYS 90 C CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf7 C SG CYS 137 C CYS 137 1_555 C SG CYS 197 C CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf8 D SG CYS 23 D CYS 23 1_555 D SG CYS 97 D CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf9 D SG CYS 144 D CYS 144 1_555 D SG CYS 200 D CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf10 E SG CYS 22 E CYS 22 1_555 E SG CYS 90 E CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf11 E SG CYS 137 E CYS 137 1_555 E SG CYS 197 E CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf12 F SG CYS 23 F CYS 23 1_555 F SG CYS 97 F CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
disulf ? disulf13 F SG CYS 144 F CYS 144 1_555 F SG CYS 200 F CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
covale ? covale1 I OG1 THR 7 I THR 7 1_555 O C1 NGA . I NGA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H15 N O6' 
_chem_comp.formula_weight    221.208 
_chem_comp.id                NGA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-acetyl-beta-D-galactosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-galactose;N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 NGA sing 235 n n 
C1 O1 NGA sing 236 n n 
C1 O5 NGA sing 237 n n 
C1 H1 NGA sing 238 n n 
C2 C3 NGA sing 239 n n 
C2 N2 NGA sing 240 n n 
C2 H2 NGA sing 241 n n 
C3 C4 NGA sing 242 n n 
C3 O3 NGA sing 243 n n 
C3 H3 NGA sing 244 n n 
C4 C5 NGA sing 245 n n 
C4 O4 NGA sing 246 n n 
C4 H4 NGA sing 247 n n 
C5 C6 NGA sing 248 n n 
C5 O5 NGA sing 249 n n 
C5 H5 NGA sing 250 n n 
C6 O6 NGA sing 251 n n 
C6 H61 NGA sing 252 n n 
C6 H62 NGA sing 253 n n 
C7 C8 NGA sing 254 n n 
C7 N2 NGA sing 255 n n 
C7 O7 NGA doub 256 n n 
C8 H81 NGA sing 257 n n 
C8 H82 NGA sing 258 n n 
C8 H83 NGA sing 259 n n 
N2 HN2 NGA sing 260 n n 
O1 HO1 NGA sing 261 n n 
O3 HO3 NGA sing 262 n n 
O4 HO4 NGA sing 263 n n 
O6 HO6 NGA sing 264 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
NGA DGalpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
NGA N-acetyl-b-D-galactopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 
NGA b-D-GalpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
NGA GalNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     7VAC 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.023299 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004834 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004436 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
J 4 NGA G 1 201 201 NGA NGA . 
K 4 NGA G 1 202 301 NGA NGA . 
L 4 NGA H 1 201 201 NGA NGA . 
M 4 NGA H 1 202 301 NGA NGA . 
N 4 NGA I 1 201 201 NGA NGA . 
O 4 NGA I 1 202 301 NGA NGA . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 NGA . . . M 4 49.742 -91.047 -9.896 1 117.58 ? C1 NGA 202 H 1 
HETATM 2 C C2 NGA . . . M 4 50.405 -90.704 -11.234 1 124.39 ? C2 NGA 202 H 1 
HETATM 3 C C3 NGA . . . M 4 51.935 -90.631 -11.137 1 126.85 ? C3 NGA 202 H 1 
HETATM 4 C C4 NGA . . . M 4 52.383 -89.888 -9.883 1 130.24 ? C4 NGA 202 H 1 
HETATM 5 C C5 NGA . . . M 4 51.589 -90.356 -8.673 1 127 ? C5 NGA 202 H 1 
HETATM 6 C C6 NGA . . . M 4 52.009 -89.571 -7.434 1 128.66 ? C6 NGA 202 H 1 
HETATM 7 C C7 NGA . . . M 4 48.89 -91.319 -13.018 1 127.49 ? C7 NGA 202 H 1 
HETATM 8 C C8 NGA . . . M 4 48.155 -92.479 -13.622 1 129.67 ? C8 NGA 202 H 1 
HETATM 9 N N2 NGA . . . M 4 49.985 -91.589 -12.309 1 127.69 ? N2 NGA 202 H 1 
HETATM 10 O O3 NGA . . . M 4 52.475 -89.994 -12.275 1 123.05 ? O3 NGA 202 H 1 
HETATM 11 O O4 NGA . . . M 4 52.193 -88.499 -10.055 1 129.01 ? O4 NGA 202 H 1 
HETATM 12 O O5 NGA . . . M 4 50.219 -90.144 -8.921 1 116.31 ? O5 NGA 202 H 1 
HETATM 13 O O6 NGA . . . M 4 51.343 -90.055 -6.29 1 125.31 ? O6 NGA 202 H 1 
HETATM 14 O O7 NGA . . . M 4 48.478 -90.172 -13.192 1 126.66 ? O7 NGA 202 H 1 
HETATM 15 H H1 NGA . . . M 4 48.659 -90.961 -9.984 1 141.31 ? H1 NGA 202 H 1 
HETATM 16 H H2 NGA . . . M 4 50.094 -89.694 -11.501 1 149.48 ? H2 NGA 202 H 1 
HETATM 17 H H3 NGA . . . M 4 52.316 -91.651 -11.087 1 152.43 ? H3 NGA 202 H 1 
HETATM 18 H H4 NGA . . . M 4 53.443 -90.091 -9.728 1 156.5 ? H4 NGA 202 H 1 
HETATM 19 H H5 NGA . . . M 4 51.799 -91.412 -8.505 1 152.62 ? H5 NGA 202 H 1 
HETATM 20 H H61 NGA . . . M 4 51.776 -88.516 -7.574 1 154.6 ? H61 NGA 202 H 1 
HETATM 21 H H62 NGA . . . M 4 53.087 -89.66 -7.294 1 154.6 ? H62 NGA 202 H 1 
HETATM 22 H H81 NGA . . . M 4 48.033 -93.262 -12.873 1 155.81 ? H81 NGA 202 H 1 
HETATM 23 H H82 NGA . . . M 4 48.724 -92.869 -14.466 1 155.81 ? H82 NGA 202 H 1 
HETATM 24 H H83 NGA . . . M 4 47.175 -92.149 -13.966 1 155.81 ? H83 NGA 202 H 1 
HETATM 25 H HN2 NGA . . . M 4 50.536 -92.411 -12.509 1 153.43 ? HN2 NGA 202 H 1 
HETATM 26 H HO3 NGA . . . M 4 53.441 -90.156 -12.313 1 147.88 ? HO3 NGA 202 H 1 
HETATM 27 H HO4 NGA . . . M 4 52.604 -88.018 -9.307 1 155.02 ? HO4 NGA 202 H 1 
HETATM 28 H HO6 NGA . . . M 4 51.533 -89.468 -5.529 1 150.59 ? HO6 NGA 202 H 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              27 
_model_server_stats.parse_time_ms           25 
_model_server_stats.create_model_time_ms    11 
_model_server_stats.query_time_ms           300 
_model_server_stats.encode_time_ms          1 
_model_server_stats.element_count           28 
#