data_7VAZ # _model_server_result.job_id p-ZDtvv6hxGpl9-n3R8h7w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 10:03:23' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7vaz # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":101}' # _entry.id 7VAZ # _exptl.entry_id 7VAZ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 4 _entity.src_method nat _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 107.69 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7VAZ _cell.length_a 46.558 _cell.length_b 226.62 _cell.length_c 71.071 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7VAZ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? trimeric 3 author_defined_assembly 1 ? trimeric 3 author_defined_assembly 2 ? trimeric 3 author_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,J,K,L 1 1 D,E,F,M 2 1 G,H,I 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id J _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 22 C CYS 22 1_555 A SG CYS 90 C CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 137 C CYS 137 1_555 A SG CYS 197 C CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 23 D CYS 23 1_555 B SG CYS 97 D CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 144 D CYS 144 1_555 B SG CYS 200 D CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf5 D SG CYS 22 A CYS 22 1_555 D SG CYS 90 A CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf6 D SG CYS 137 A CYS 137 1_555 D SG CYS 197 A CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? disulf ? disulf7 E SG CYS 23 B CYS 23 1_555 E SG CYS 97 B CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf8 E SG CYS 144 B CYS 144 1_555 E SG CYS 200 B CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf9 G SG CYS 22 F CYS 22 1_555 G SG CYS 90 F CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf10 G SG CYS 137 F CYS 137 1_555 G SG CYS 197 F CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf11 H SG CYS 23 H CYS 23 1_555 H SG CYS 97 H CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? disulf ? disulf12 H SG CYS 144 H CYS 144 1_555 H SG CYS 200 H CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NGA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-galactosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-D-galactose;2-acetamido-2-deoxy-galactose;N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NGA sing 237 n n C1 O1 NGA sing 238 n n C1 O5 NGA sing 239 n n C1 H1 NGA sing 240 n n C2 C3 NGA sing 241 n n C2 N2 NGA sing 242 n n C2 H2 NGA sing 243 n n C3 C4 NGA sing 244 n n C3 O3 NGA sing 245 n n C3 H3 NGA sing 246 n n C4 C5 NGA sing 247 n n C4 O4 NGA sing 248 n n C4 H4 NGA sing 249 n n C5 C6 NGA sing 250 n n C5 O5 NGA sing 251 n n C5 H5 NGA sing 252 n n C6 O6 NGA sing 253 n n C6 H61 NGA sing 254 n n C6 H62 NGA sing 255 n n C7 C8 NGA sing 256 n n C7 N2 NGA sing 257 n n C7 O7 NGA doub 258 n n C8 H81 NGA sing 259 n n C8 H82 NGA sing 260 n n C8 H83 NGA sing 261 n n N2 HN2 NGA sing 262 n n O1 HO1 NGA sing 263 n n O3 HO3 NGA sing 264 n n O4 HO4 NGA sing 265 n n O6 HO6 NGA sing 266 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NGA DGalpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NGA N-acetyl-b-D-galactopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NGA b-D-GalpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NGA GalNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 7VAZ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.021479 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.006851 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004413 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014769 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code J 4 NGA G 1 101 101 NGA NGA . K 5 HOH C 1 301 6 HOH HOH . K 5 HOH C 2 302 8 HOH HOH . K 5 HOH C 3 303 10 HOH HOH . L 5 HOH D 1 301 3 HOH HOH . L 5 HOH D 2 302 12 HOH HOH . M 5 HOH B 1 301 7 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NGA . . . J 4 -20.878 23.472 -14.927 1 37.31 ? C1 NGA 101 G 1 HETATM 2 C C2 NGA . . . J 4 -19.921 22.609 -14.121 1 36.05 ? C2 NGA 101 G 1 HETATM 3 C C3 NGA . . . J 4 -19.467 21.379 -14.917 1 37.26 ? C3 NGA 101 G 1 HETATM 4 C C4 NGA . . . J 4 -20.688 20.64 -15.451 1 38.17 ? C4 NGA 101 G 1 HETATM 5 C C5 NGA . . . J 4 -21.561 21.56 -16.29 1 38.27 ? C5 NGA 101 G 1 HETATM 6 C C6 NGA . . . J 4 -22.891 20.901 -16.635 1 36.94 ? C6 NGA 101 G 1 HETATM 7 C C7 NGA . . . J 4 -18.798 23.879 -12.361 1 32.11 ? C7 NGA 101 G 1 HETATM 8 C C8 NGA . . . J 4 -17.512 24.444 -11.841 1 28.93 ? C8 NGA 101 G 1 HETATM 9 N N2 NGA . . . J 4 -18.839 23.456 -13.632 1 33.79 ? N2 NGA 101 G 1 HETATM 10 O O3 NGA . . . J 4 -18.711 20.519 -14.093 1 36.67 ? O3 NGA 101 G 1 HETATM 11 O O4 NGA . . . J 4 -21.49 20.193 -14.381 1 39.54 ? O4 NGA 101 G 1 HETATM 12 O O5 NGA . . . J 4 -21.896 22.744 -15.597 1 39.14 ? O5 NGA 101 G 1 HETATM 13 O O6 NGA . . . J 4 -23.476 21.618 -17.698 1 37.27 ? O6 NGA 101 G 1 HETATM 14 O O7 NGA . . . J 4 -19.759 23.802 -11.594 1 34.15 ? O7 NGA 101 G 1 HETATM 15 H H1 NGA . . . J 4 -21.367 24.156 -14.233 1 44.77 ? H1 NGA 101 G 1 HETATM 16 H H2 NGA . . . J 4 -20.455 22.184 -13.272 1 43.26 ? H2 NGA 101 G 1 HETATM 17 H H3 NGA . . . J 4 -18.844 21.722 -15.743 1 44.72 ? H3 NGA 101 G 1 HETATM 18 H H4 NGA . . . J 4 -20.34 19.779 -16.022 1 45.8 ? H4 NGA 101 G 1 HETATM 19 H H5 NGA . . . J 4 -21.035 21.772 -17.221 1 45.92 ? H5 NGA 101 G 1 HETATM 20 H H61 NGA . . . J 4 -23.55 20.909 -15.768 1 44.33 ? H61 NGA 101 G 1 HETATM 21 H H62 NGA . . . J 4 -22.731 19.862 -16.926 1 44.33 ? H62 NGA 101 G 1 HETATM 22 H H81 NGA . . . J 4 -17.056 25.074 -12.605 1 34.72 ? H81 NGA 101 G 1 HETATM 23 H H82 NGA . . . J 4 -17.71 25.04 -10.95 1 34.72 ? H82 NGA 101 G 1 HETATM 24 H H83 NGA . . . J 4 -16.832 23.629 -11.589 1 34.72 ? H83 NGA 101 G 1 HETATM 25 H HN2 NGA . . . J 4 -18.109 23.724 -14.277 1 40.55 ? HN2 NGA 101 G 1 HETATM 26 H HO3 NGA . . . J 4 -18.496 19.7 -14.586 1 44 ? HO3 NGA 101 G 1 HETATM 27 H HO4 NGA . . . J 4 -21.999 19.404 -14.661 1 47.45 ? HO4 NGA 101 G 1 HETATM 28 H HO6 NGA . . . J 4 -24.411 21.344 -17.801 1 44.72 ? HO6 NGA 101 G 1 # _model_server_stats.io_time_ms 46 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 26 _model_server_stats.query_time_ms 246 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 28 #