data_7VD2
#
_model_server_result.job_id            1bxgjRdtT5soSQI633c3gQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-05 14:12:17' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7vd2 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"EA","auth_seq_id":102}' 
#
_entry.id    7VD2 
#
_exptl.entry_id    7VD2 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              156.308 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            UNDECANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    16 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7VD2 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7VD2 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    decameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      10 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 K N N 
? 6 M N N 
? 6 O N N 
? 6 Q N N 
? 6 S N N 
? 6 Z N N 
? 6 CA N N 
? 6 EA N N 
? 6 KA N N 
? 6 MA N N 
? 6 OA N N 
? 6 QA N N 
? 6 UA N N 
? 6 VA N N 
? 6 XA N N 
? 6 YA N N 
#
_chem_comp.formula           'C11 H24' 
_chem_comp.formula_weight    156.308 
_chem_comp.id                UND 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              UNDECANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'LIPID FRAGMENT' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 UND sing 497 n n 
C1 H11 UND sing 498 n n 
C1 H12 UND sing 499 n n 
C1 H13 UND sing 500 n n 
C2 C3 UND sing 501 n n 
C2 H21 UND sing 502 n n 
C2 H22 UND sing 503 n n 
C3 C4 UND sing 504 n n 
C3 H31 UND sing 505 n n 
C3 H32 UND sing 506 n n 
C4 C5 UND sing 507 n n 
C4 H41 UND sing 508 n n 
C4 H42 UND sing 509 n n 
C5 C6 UND sing 510 n n 
C5 H51 UND sing 511 n n 
C5 H52 UND sing 512 n n 
C6 C7 UND sing 513 n n 
C6 H61 UND sing 514 n n 
C6 H62 UND sing 515 n n 
C7 C8 UND sing 516 n n 
C7 H71 UND sing 517 n n 
C7 H72 UND sing 518 n n 
C8 C9 UND sing 519 n n 
C8 H81 UND sing 520 n n 
C8 H82 UND sing 521 n n 
C9 C10 UND sing 522 n n 
C9 H91 UND sing 523 n n 
C9 H92 UND sing 524 n n 
C10 C11 UND sing 525 n n 
C10 H101 UND sing 526 n n 
C10 H102 UND sing 527 n n 
C11 H111 UND sing 528 n n 
C11 H112 UND sing 529 n n 
C11 H113 UND sing 530 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7VD2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
K 6 UND A 1 101 71 UND UND . 
L 7 PC1 A 1 102 82 PC1 PC1 . 
M 6 UND A 1 103 290 UND UND . 
N 7 PC1 A 1 104 421 PC1 PC1 . 
O 6 UND F 1 101 70 UND UND . 
P 7 PC1 F 1 102 305 PC1 PC1 . 
Q 6 UND F 1 103 406 UND UND . 
R 7 PC1 G 1 101 76 PC1 PC1 . 
S 6 UND G 1 102 77 UND UND . 
T 7 PC1 G 1 103 78 PC1 PC1 . 
U 7 PC1 G 1 104 79 PC1 PC1 . 
V 7 PC1 G 1 105 83 PC1 PC1 . 
W 7 PC1 H 1 201 30 PC1 PC1 . 
X 7 PC1 H 1 202 31 PC1 PC1 . 
Y 7 PC1 H 1 203 298 PC1 PC1 . 
Z 6 UND H 1 204 299 UND UND . 
AA 7 PC1 C 1 201 80 PC1 PC1 . 
BA 7 PC1 C 1 202 81 PC1 PC1 . 
CA 6 UND C 1 203 85 UND UND . 
DA 7 PC1 J 1 101 72 PC1 PC1 . 
EA 6 UND J 1 102 73 UND UND . 
FA 7 PC1 J 1 103 74 PC1 PC1 . 
GA 7 PC1 J 1 104 75 PC1 PC1 . 
HA 7 PC1 J 1 105 84 PC1 PC1 . 
IA 7 PC1 B 1 401 296 PC1 PC1 . 
JA 7 PC1 B 1 402 297 PC1 PC1 . 
KA 6 UND B 1 403 300 UND UND . 
LA 7 PC1 B 1 404 401 PC1 PC1 . 
MA 6 UND B 1 405 402 UND UND . 
NA 7 PC1 B 1 406 403 PC1 PC1 . 
OA 6 UND B 1 407 407 UND UND . 
PA 7 PC1 B 1 408 423 PC1 PC1 . 
QA 6 UND B 1 409 424 UND UND . 
RA 7 PC1 I 1 401 285 PC1 PC1 . 
SA 7 PC1 I 1 402 287 PC1 PC1 . 
TA 7 PC1 I 1 403 288 PC1 PC1 . 
UA 6 UND I 1 404 289 UND UND . 
VA 6 UND I 1 405 291 UND UND . 
WA 7 PC1 I 1 406 307 PC1 PC1 . 
XA 6 UND I 1 407 308 UND UND . 
YA 6 UND I 1 408 404 UND UND . 
ZA 7 PC1 I 1 409 405 PC1 PC1 . 
AB 7 PC1 I 1 410 408 PC1 PC1 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 UND . . . EA 6 123.737 93.19 133.843 1 20 ? C1 UND 102 J 1 
HETATM 2 C C2 UND . . . EA 6 123.92 92.836 132.388 1 20 ? C2 UND 102 J 1 
HETATM 3 C C3 UND . . . EA 6 125.128 91.974 132.127 1 20 ? C3 UND 102 J 1 
HETATM 4 C C4 UND . . . EA 6 125.045 91.103 130.897 1 20 ? C4 UND 102 J 1 
HETATM 5 C C5 UND . . . EA 6 124.883 91.854 129.599 1 20 ? C5 UND 102 J 1 
HETATM 6 C C6 UND . . . EA 6 125.276 91.061 128.382 1 20 ? C6 UND 102 J 1 
HETATM 7 C C7 UND . . . EA 6 124.815 91.657 127.082 1 20 ? C7 UND 102 J 1 
HETATM 8 C C8 UND . . . EA 6 125.488 91.071 125.867 1 20 ? C8 UND 102 J 1 
HETATM 9 C C9 UND . . . EA 6 124.787 91.364 124.563 1 20 ? C9 UND 102 J 1 
HETATM 10 C C10 UND . . . EA 6 123.701 90.388 124.183 1 20 ? C10 UND 102 J 1 
HETATM 11 C C11 UND . . . EA 6 124.191 89.209 123.377 1 20 ? C11 UND 102 J 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              7 
_model_server_stats.parse_time_ms           7 
_model_server_stats.create_model_time_ms    8 
_model_server_stats.query_time_ms           265 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           11 
#