data_7VLH
#
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_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 02:07:41' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7vlh 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    7VLH 
#
_exptl.entry_id    7VLH 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              597.711 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1-[(3~{S},6~{R},18~{R})-3,6-bis(4-azanylbutyl)-2,5,8,11,14,17-hexakis(oxidanylidene)-1,4,7,10,13,16-hexazacyclodocos-18-yl]guanidine 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.length_c            214.435 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7VLH 
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_symmetry.Int_Tables_number        95 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      3 
_struct_asym.id                             C 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
_struct_conn.conn_type_id                   disulf 
_struct_conn.details                        ? 
_struct_conn.id                             disulf1 
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id            B 
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id            SG 
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id            CYS 
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id             144 
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id             B 
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id             CYS 
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id              143 
_struct_conn.ptnr1_symmetry                 1_555 
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id            B 
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id            SG 
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id            CYS 
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id             144 
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id             B 
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id             CYS 
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id              143 
_struct_conn.ptnr2_symmetry                 8_444 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id    ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id        ? 
_struct_conn.pdbx_PDB_id                    ? 
_struct_conn.pdbx_dist_value                2.038 
_struct_conn.pdbx_value_order               ? 
#
_chem_comp.formula           'C25 H47 N11 O6' 
_chem_comp.formula_weight    597.711 
_chem_comp.id                7Q3 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1-[(3~{S},6~{R},18~{R})-3,6-bis(4-azanylbutyl)-2,5,8,11,14,17-hexakis(oxidanylidene)-1,4,7,10,13,16-hexazacyclodocos-18-yl]guanidine 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N21 C19 7Q3 doub 1 n n 
O16 C15 7Q3 doub 2 n n 
C19 N18 7Q3 sing 3 n n 
C19 N20 7Q3 sing 4 n n 
N18 C17 7Q3 sing 5 n n 
C22 C17 7Q3 sing 6 n n 
C22 C23 7Q3 sing 7 n n 
C15 C17 7Q3 sing 8 n n 
C15 N14 7Q3 sing 9 n n 
O12 C11 7Q3 doub 10 n n 
C13 N14 7Q3 sing 11 n n 
C13 C11 7Q3 sing 12 n n 
C24 C23 7Q3 sing 13 n n 
C24 C25 7Q3 sing 14 n n 
C11 N10 7Q3 sing 15 n n 
C25 N26 7Q3 sing 16 n n 
N10 C09 7Q3 sing 17 n n 
C09 C07 7Q3 sing 18 n n 
N06 C07 7Q3 sing 19 n n 
N06 C05 7Q3 sing 20 n n 
C07 O08 7Q3 doub 21 n n 
N26 C27 7Q3 sing 22 n n 
C05 C03 7Q3 sing 23 n n 
O28 C27 7Q3 doub 24 n n 
C27 C29 7Q3 sing 25 n n 
C03 N02 7Q3 sing 26 n n 
C03 O04 7Q3 doub 27 n n 
N02 C01 7Q3 sing 28 n n 
O37 C36 7Q3 doub 29 n n 
C29 N35 7Q3 sing 30 n n 
C29 C30 7Q3 sing 31 n n 
C36 N35 7Q3 sing 32 n n 
C36 C01 7Q3 sing 33 n n 
C01 C38 7Q3 sing 34 n n 
C38 C39 7Q3 sing 35 n n 
C30 C31 7Q3 sing 36 n n 
C39 C40 7Q3 sing 37 n n 
C31 C32 7Q3 sing 38 n n 
C41 C40 7Q3 sing 39 n n 
C41 N42 7Q3 sing 40 n n 
C32 C33 7Q3 sing 41 n n 
C33 N34 7Q3 sing 42 n n 
C13 H131 7Q3 sing 43 n n 
C13 H132 7Q3 sing 44 n n 
C17 H171 7Q3 sing 45 n n 
C22 H222 7Q3 sing 46 n n 
C22 H221 7Q3 sing 47 n n 
C24 H241 7Q3 sing 48 n n 
C24 H242 7Q3 sing 49 n n 
C01 H011 7Q3 sing 50 n n 
C05 H052 7Q3 sing 51 n n 
C05 H051 7Q3 sing 52 n n 
C09 H091 7Q3 sing 53 n n 
C09 H092 7Q3 sing 54 n n 
C23 H231 7Q3 sing 55 n n 
C23 H232 7Q3 sing 56 n n 
C25 H252 7Q3 sing 57 n n 
C25 H251 7Q3 sing 58 n n 
C29 H1 7Q3 sing 59 n n 
C30 H302 7Q3 sing 60 n n 
C30 H301 7Q3 sing 61 n n 
C31 H311 7Q3 sing 62 n n 
C31 H312 7Q3 sing 63 n n 
C32 H322 7Q3 sing 64 n n 
C32 H321 7Q3 sing 65 n n 
C33 H331 7Q3 sing 66 n n 
C33 H332 7Q3 sing 67 n n 
C38 H382 7Q3 sing 68 n n 
C38 H381 7Q3 sing 69 n n 
C39 H392 7Q3 sing 70 n n 
C39 H391 7Q3 sing 71 n n 
C40 H401 7Q3 sing 72 n n 
C40 H402 7Q3 sing 73 n n 
C41 H411 7Q3 sing 74 n n 
C41 H412 7Q3 sing 75 n n 
N02 H021 7Q3 sing 76 n n 
N06 H061 7Q3 sing 77 n n 
N10 H101 7Q3 sing 78 n n 
N14 H141 7Q3 sing 79 n n 
N18 H181 7Q3 sing 80 n n 
N20 H2 7Q3 sing 81 n n 
N20 H201 7Q3 sing 82 n n 
N21 H211 7Q3 sing 83 n n 
N26 H261 7Q3 sing 84 n n 
N34 H341 7Q3 sing 85 n n 
N34 H342 7Q3 sing 86 n n 
N35 H351 7Q3 sing 87 n n 
N42 H421 7Q3 sing 88 n n 
N42 H4 7Q3 sing 89 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7VLH 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.024395 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.024395 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004663 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 3 7Q3 B 1 201 201 7Q3 LIG . 
D 4 SO4 B 1 202 301 SO4 SO4 . 
E 5 HOH B 1 301 2 HOH HOH . 
E 5 HOH B 2 302 1 HOH HOH . 
E 5 HOH B 3 303 3 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C13 7Q3 . . . C 3 -4.535 8.919 -18.118 1 81.57 ? C13 7Q3 201 B 1 
HETATM 2 C C15 7Q3 . . . C 3 -4.155 6.538 -18.815 1 81.29 ? C15 7Q3 201 B 1 
HETATM 3 C C17 7Q3 . . . C 3 -4.319 5.031 -18.625 1 79.99 ? C17 7Q3 201 B 1 
HETATM 4 C C22 7Q3 . . . C 3 -5.756 4.6 -18.901 1 77.62 ? C22 7Q3 201 B 1 
HETATM 5 C C24 7Q3 . . . C 3 -8.077 4.459 -18.079 1 74.31 ? C24 7Q3 201 B 1 
HETATM 6 C C01 7Q3 . . . C 3 -3.751 3.376 -13.06 1 72.05 ? C01 7Q3 201 B 1 
HETATM 7 C C03 7Q3 . . . C 3 -2.355 4.891 -14.438 1 77.46 ? C03 7Q3 201 B 1 
HETATM 8 C C05 7Q3 . . . C 3 -1.514 5.201 -15.671 1 79.19 ? C05 7Q3 201 B 1 
HETATM 9 C C07 7Q3 . . . C 3 -0.754 7.638 -15.816 1 81.4 ? C07 7Q3 201 B 1 
HETATM 10 C C09 7Q3 . . . C 3 -1.099 9.072 -16.246 1 82.12 ? C09 7Q3 201 B 1 
HETATM 11 C C11 7Q3 . . . C 3 -3.025 9.031 -17.89 1 81.75 ? C11 7Q3 201 B 1 
HETATM 12 C C19 7Q3 . . . C 3 -2.018 4.486 -19.662 1 82.74 ? C19 7Q3 201 B 1 
HETATM 13 C C23 7Q3 . . . C 3 -6.639 4.776 -17.67 1 75.45 ? C23 7Q3 201 B 1 
HETATM 14 C C25 7Q3 . . . C 3 -9.028 4.731 -16.916 1 73.8 ? C25 7Q3 201 B 1 
HETATM 15 C C27 7Q3 . . . C 3 -8.08 4.906 -14.592 1 70.43 ? C27 7Q3 201 B 1 
HETATM 16 C C29 7Q3 . . . C 3 -7.549 4.223 -13.34 1 68.93 ? C29 7Q3 201 B 1 
HETATM 17 C C30 7Q3 . . . C 3 -8.232 4.718 -12.063 1 67.71 ? C30 7Q3 201 B 1 
HETATM 18 C C31 7Q3 . . . C 3 -7.568 4.117 -10.821 1 66.61 ? C31 7Q3 201 B 1 
HETATM 19 C C32 7Q3 . . . C 3 -8.073 2.69 -10.612 1 66.47 ? C32 7Q3 201 B 1 
HETATM 20 C C33 7Q3 . . . C 3 -7.15 1.941 -9.653 1 66.02 ? C33 7Q3 201 B 1 
HETATM 21 C C36 7Q3 . . . C 3 -5.255 3.216 -13.266 1 69.77 ? C36 7Q3 201 B 1 
HETATM 22 C C38 7Q3 . . . C 3 -3.308 2.092 -12.342 1 71.87 ? C38 7Q3 201 B 1 
HETATM 23 C C39 7Q3 . . . C 3 -1.92 2.26 -11.733 1 72.62 ? C39 7Q3 201 B 1 
HETATM 24 C C40 7Q3 . . . C 3 -1.81 1.457 -10.438 1 73.44 ? C40 7Q3 201 B 1 
HETATM 25 C C41 7Q3 . . . C 3 -0.926 0.232 -10.661 1 73.85 ? C41 7Q3 201 B 1 
HETATM 26 N N02 7Q3 . . . C 3 -2.984 3.588 -14.265 1 74.72 ? N02 7Q3 201 B 1 
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HETATM 31 N N20 7Q3 . . . C 3 -1.381 5.276 -18.929 1 83.48 ? N20 7Q3 201 B 1 
HETATM 32 N N21 7Q3 . . . C 3 -1.279 3.716 -20.646 1 83.16 ? N21 7Q3 201 B 1 
HETATM 33 N N26 7Q3 . . . C 3 -8.519 4.098 -15.714 1 72.39 ? N26 7Q3 201 B 1 
HETATM 34 N N34 7Q3 . . . C 3 -7.646 2.071 -8.294 1 66.05 ? N34 7Q3 201 B 1 
HETATM 35 N N35 7Q3 . . . C 3 -6.114 4.379 -13.199 1 69.25 ? N35 7Q3 201 B 1 
HETATM 36 N N42 7Q3 . . . C 3 -0.545 -0.319 -9.373 1 73.97 ? N42 7Q3 201 B 1 
HETATM 37 O O04 7Q3 . . . C 3 -2.488 5.748 -13.625 1 78.55 ? O04 7Q3 201 B 1 
HETATM 38 O O08 7Q3 . . . C 3 0.284 7.389 -15.301 1 80.93 ? O08 7Q3 201 B 1 
HETATM 39 O O12 7Q3 . . . C 3 -2.274 9.076 -18.807 1 82.3 ? O12 7Q3 201 B 1 
HETATM 40 O O16 7Q3 . . . C 3 -3.489 6.935 -19.71 1 82.52 ? O16 7Q3 201 B 1 
HETATM 41 O O28 7Q3 . . . C 3 -8.138 6.088 -14.636 1 70.32 ? O28 7Q3 201 B 1 
HETATM 42 O O37 7Q3 . . . C 3 -5.723 2.14 -13.445 1 68.31 ? O37 7Q3 201 B 1 
HETATM 43 H H131 7Q3 . . . C 3 -5.028 9.457 -17.479 1 98.23 ? H131 7Q3 201 B 1 
HETATM 44 H H132 7Q3 . . . C 3 -4.775 9.186 -19.019 1 98.23 ? H132 7Q3 201 B 1 
HETATM 45 H H171 7Q3 . . . C 3 -4.078 4.828 -17.708 1 96.33 ? H171 7Q3 201 B 1 
HETATM 46 H H222 7Q3 . . . C 3 -5.76 3.666 -19.161 1 93.49 ? H222 7Q3 201 B 1 
HETATM 47 H H221 7Q3 . . . C 3 -6.113 5.139 -19.625 1 93.49 ? H221 7Q3 201 B 1 
HETATM 48 H H241 7Q3 . . . C 3 -8.139 3.525 -18.332 1 89.52 ? H241 7Q3 201 B 1 
HETATM 49 H H242 7Q3 . . . C 3 -8.326 5.016 -18.833 1 89.52 ? H242 7Q3 201 B 1 
HETATM 50 H H011 7Q3 . . . C 3 -3.583 4.184 -12.55 1 86.8 ? H011 7Q3 201 B 1 
HETATM 51 H H052 7Q3 . . . C 3 -0.575 5.066 -15.47 1 95.38 ? H052 7Q3 201 B 1 
HETATM 52 H H051 7Q3 . . . C 3 -1.775 4.617 -16.401 1 95.38 ? H051 7Q3 201 B 1 
HETATM 53 H H091 7Q3 . . . C 3 -0.908 9.7 -15.532 1 98.89 ? H091 7Q3 201 B 1 
HETATM 54 H H092 7Q3 . . . C 3 -0.6 9.323 -17.039 1 98.89 ? H092 7Q3 201 B 1 
HETATM 55 H H231 7Q3 . . . C 3 -6.581 5.69 -17.35 1 90.88 ? H231 7Q3 201 B 1 
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HETATM 75 H H021 7Q3 . . . C 3 -2.901 2.97 -14.857 1 90.01 ? H021 7Q3 201 B 1 
HETATM 76 H H061 7Q3 . . . C 3 -2.49 6.797 -16.415 1 97.16 ? H061 7Q3 201 B 1 
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HETATM 78 H H141 7Q3 . . . C 3 -5.27 7.225 -17.259 1 97.95 ? H141 7Q3 201 B 1 
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HETATM 82 H H261 7Q3 . . . C 3 -8.477 3.24 -15.667 1 87.22 ? H261 7Q3 201 B 1 
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