data_7VLI
#
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_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-21 11:44:05' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7vli 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    7VLI 
#
_exptl.entry_id    7VLI 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              611.737 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1-[(3~{S},6~{S},19~{R})-3,6-bis(4-azanylbutyl)-2,5,8,12,15,18-hexakis(oxidanylidene)-1,4,7,11,14,17-hexazacyclotricos-19-yl]guanidine 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            7VLI 
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_cell.length_c            215.734 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7VLI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        95 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      3 
_struct_asym.id                             C 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
_struct_conn.conn_type_id                   disulf 
_struct_conn.details                        ? 
_struct_conn.id                             disulf1 
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id            B 
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id            SG 
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id            CYS 
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id             144 
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id             B 
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id             CYS 
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id              143 
_struct_conn.ptnr1_symmetry                 1_555 
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id            B 
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id            SG 
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id            CYS 
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id             144 
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id             B 
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id             CYS 
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id              143 
_struct_conn.ptnr2_symmetry                 8_444 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id    ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id        ? 
_struct_conn.pdbx_PDB_id                    ? 
_struct_conn.pdbx_dist_value                2.038 
_struct_conn.pdbx_value_order               ? 
#
_chem_comp.formula           'C26 H49 N11 O6' 
_chem_comp.formula_weight    611.737 
_chem_comp.id                7QG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1-[(3~{S},6~{S},19~{R})-3,6-bis(4-azanylbutyl)-2,5,8,12,15,18-hexakis(oxidanylidene)-1,4,7,11,14,17-hexazacyclotricos-19-yl]guanidine 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N34 C33 7QG sing 1 n n 
N32 C33 7QG sing 2 n n 
N32 C31 7QG sing 3 n n 
N38 C39 7QG sing 4 n n 
N38 C36 7QG sing 5 n n 
O41 C40 7QG doub 6 n n 
C33 N35 7QG doub 7 n n 
C30 C29 7QG sing 8 n n 
C30 C31 7QG sing 9 n n 
C39 C40 7QG sing 10 n n 
C40 N42 7QG sing 11 n n 
C29 C28 7QG sing 12 n n 
C31 C36 7QG sing 13 n n 
C36 O37 7QG doub 14 n n 
O02 C01 7QG doub 15 n n 
N42 C43 7QG sing 16 n n 
C43 C01 7QG sing 17 n n 
C28 C27 7QG sing 18 n n 
C01 N03 7QG sing 19 n n 
C27 N26 7QG sing 20 n n 
N03 C04 7QG sing 21 n n 
O07 C06 7QG doub 22 n n 
N26 C24 7QG sing 23 n n 
C04 C05 7QG sing 24 n n 
O25 C24 7QG doub 25 n n 
C06 C05 7QG sing 26 n n 
C06 N08 7QG sing 27 n n 
C24 C18 7QG sing 28 n n 
O16 C15 7QG doub 29 n n 
C09 C15 7QG sing 30 n n 
C09 N08 7QG sing 31 n n 
C09 C10 7QG sing 32 n n 
C15 N17 7QG sing 33 n n 
C10 C11 7QG sing 34 n n 
N17 C18 7QG sing 35 n n 
C18 C19 7QG sing 36 n n 
C19 C20 7QG sing 37 n n 
C11 C12 7QG sing 38 n n 
C12 C13 7QG sing 39 n n 
C13 N14 7QG sing 40 n n 
C20 C21 7QG sing 41 n n 
C21 C22 7QG sing 42 n n 
C22 N23 7QG sing 43 n n 
C10 H101 7QG sing 44 n n 
C10 H102 7QG sing 45 n n 
C13 H131 7QG sing 46 n n 
C13 H132 7QG sing 47 n n 
C20 H201 7QG sing 48 n n 
C20 H202 7QG sing 49 n n 
C21 H212 7QG sing 50 n n 
C21 H211 7QG sing 51 n n 
C22 H221 7QG sing 52 n n 
C22 H222 7QG sing 53 n n 
C28 H282 7QG sing 54 n n 
C28 H281 7QG sing 55 n n 
C04 H042 7QG sing 56 n n 
C04 H041 7QG sing 57 n n 
C05 H052 7QG sing 58 n n 
C05 H051 7QG sing 59 n n 
C09 H1 7QG sing 60 n n 
C11 H112 7QG sing 61 n n 
C11 H111 7QG sing 62 n n 
C12 H122 7QG sing 63 n n 
C12 H121 7QG sing 64 n n 
C18 H181 7QG sing 65 n n 
C19 H191 7QG sing 66 n n 
C19 H192 7QG sing 67 n n 
C27 H271 7QG sing 68 n n 
C27 H272 7QG sing 69 n n 
C29 H292 7QG sing 70 n n 
C29 H291 7QG sing 71 n n 
C30 H302 7QG sing 72 n n 
C30 H301 7QG sing 73 n n 
C31 H311 7QG sing 74 n n 
C39 H392 7QG sing 75 n n 
C39 H391 7QG sing 76 n n 
C43 H431 7QG sing 77 n n 
C43 H432 7QG sing 78 n n 
N03 H031 7QG sing 79 n n 
N08 H081 7QG sing 80 n n 
N14 H2 7QG sing 81 n n 
N14 H141 7QG sing 82 n n 
N17 H171 7QG sing 83 n n 
N23 H232 7QG sing 84 n n 
N23 H3 7QG sing 85 n n 
N26 H261 7QG sing 86 n n 
N32 H321 7QG sing 87 n n 
N34 H341 7QG sing 88 n n 
N34 H4 7QG sing 89 n n 
N35 H352 7QG sing 90 n n 
N38 H381 7QG sing 91 n n 
N42 H421 7QG sing 92 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7VLI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.023557 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004635 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 3 7QG B 1 201 201 7QG LIG . 
D 4 SO4 B 1 202 301 SO4 SO4 . 
E 5 HOH A 1 101 8 HOH HOH . 
E 5 HOH A 2 102 7 HOH HOH . 
F 5 HOH B 1 301 4 HOH HOH . 
F 5 HOH B 2 302 1 HOH HOH . 
F 5 HOH B 3 303 2 HOH HOH . 
F 5 HOH B 4 304 5 HOH HOH . 
F 5 HOH B 5 305 6 HOH HOH . 
F 5 HOH B 6 306 3 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C10 7QG . . . C 3 -4.391 2.08 -13.463 1 58.17 ? C10 7QG 201 B 1 
HETATM 2 C C13 7QG . . . C 3 -2.117 1.031 -10.931 1 58.29 ? C13 7QG 201 B 1 
HETATM 3 C C15 7QG . . . C 3 -6.534 3.551 -13.758 1 57.51 ? C15 7QG 201 B 1 
HETATM 4 C C20 7QG . . . C 3 -8.148 5.422 -10.779 1 57.95 ? C20 7QG 201 B 1 
HETATM 5 C C21 7QG . . . C 3 -8.71 4.033 -10.46 1 58.09 ? C21 7QG 201 B 1 
HETATM 6 C C22 7QG . . . C 3 -8.018 3.466 -9.22 1 58.24 ? C22 7QG 201 B 1 
HETATM 7 C C24 7QG . . . C 3 -8.903 5.588 -14.542 1 57.31 ? C24 7QG 201 B 1 
HETATM 8 C C28 7QG . . . C 3 -8.379 5.502 -17.385 1 58.53 ? C28 7QG 201 B 1 
HETATM 9 C C01 7QG . . . C 3 -1.789 8.707 -17.142 1 62.06 ? C01 7QG 201 B 1 
HETATM 10 C C04 7QG . . . C 3 -1.699 6.876 -15.404 1 60.85 ? C04 7QG 201 B 1 
HETATM 11 C C05 7QG . . . C 3 -2.657 6.516 -14.268 1 60.13 ? C05 7QG 201 B 1 
HETATM 12 C C06 7QG . . . C 3 -3.509 5.293 -14.607 1 59.15 ? C06 7QG 201 B 1 
HETATM 13 C C09 7QG . . . C 3 -5.007 3.421 -13.865 1 58.02 ? C09 7QG 201 B 1 
HETATM 14 C C11 7QG . . . C 3 -4.132 2.089 -11.955 1 57.98 ? C11 7QG 201 B 1 
HETATM 15 C C12 7QG . . . C 3 -2.64 2.26 -11.673 1 58.07 ? C12 7QG 201 B 1 
HETATM 16 C C18 7QG . . . C 3 -8.566 5.041 -13.15 1 57.76 ? C18 7QG 201 B 1 
HETATM 17 C C19 7QG . . . C 3 -8.786 6.036 -12.029 1 57.9 ? C19 7QG 201 B 1 
HETATM 18 C C27 7QG . . . C 3 -9.81 5.335 -16.862 1 58.17 ? C27 7QG 201 B 1 
HETATM 19 C C29 7QG . . . C 3 -8.302 5.831 -18.868 1 58.99 ? C29 7QG 201 B 1 
HETATM 20 C C30 7QG . . . C 3 -7.114 5.096 -19.487 1 59.17 ? C30 7QG 201 B 1 
HETATM 21 C C31 7QG . . . C 3 -5.784 5.377 -18.78 1 59.41 ? C31 7QG 201 B 1 
HETATM 22 C C33 7QG . . . C 3 -3.334 5.003 -19.552 1 59.19 ? C33 7QG 201 B 1 
HETATM 23 C C36 7QG . . . C 3 -5.521 6.865 -18.559 1 60.01 ? C36 7QG 201 B 1 
HETATM 24 C C39 7QG . . . C 3 -5.496 9.264 -19.309 1 61.37 ? C39 7QG 201 B 1 
HETATM 25 C C40 7QG . . . C 3 -4.015 9.341 -18.934 1 61.92 ? C40 7QG 201 B 1 
HETATM 26 C C43 7QG . . . C 3 -2.121 10.157 -17.517 1 62.23 ? C43 7QG 201 B 1 
HETATM 27 N N03 7QG . . . C 3 -1.981 8.251 -15.778 1 61.53 ? N03 7QG 201 B 1 
HETATM 28 N N08 7QG . . . C 3 -4.201 4.582 -13.531 1 58.51 ? N08 7QG 201 B 1 
HETATM 29 N N14 7QG . . . C 3 -1.003 1.405 -10.078 1 58.65 ? N14 7QG 201 B 1 
HETATM 30 N N17 7QG . . . C 3 -7.127 4.788 -13.267 1 57.72 ? N17 7QG 201 B 1 
HETATM 31 N N23 7QG . . . C 3 -8.633 2.203 -8.848 1 58.1 ? N23 7QG 201 B 1 
HETATM 32 N N26 7QG . . . C 3 -9.581 4.768 -15.543 1 57.66 ? N26 7QG 201 B 1 
HETATM 33 N N32 7QG . . . C 3 -4.777 4.834 -19.693 1 59.15 ? N32 7QG 201 B 1 
HETATM 34 N N34 7QG . . . C 3 -2.558 4.52 -20.413 1 59.44 ? N34 7QG 201 B 1 
HETATM 35 N N35 7QG . . . C 3 -2.764 5.709 -18.423 1 59.16 ? N35 7QG 201 B 1 
HETATM 36 N N38 7QG . . . C 3 -5.789 7.864 -19.579 1 60.77 ? N38 7QG 201 B 1 
HETATM 37 N N42 7QG . . . C 3 -3.542 10.16 -17.831 1 62.19 ? N42 7QG 201 B 1 
HETATM 38 O O02 7QG . . . C 3 -1.401 7.945 -17.966 1 62.34 ? O02 7QG 201 B 1 
HETATM 39 O O07 7QG . . . C 3 -3.607 4.921 -15.733 1 58.74 ? O07 7QG 201 B 1 
HETATM 40 O O16 7QG . . . C 3 -7.228 2.638 -14.042 1 56.89 ? O16 7QG 201 B 1 
HETATM 41 O O25 7QG . . . C 3 -8.556 6.69 -14.824 1 57.01 ? O25 7QG 201 B 1 
HETATM 42 O O37 7QG . . . C 3 -5.079 7.184 -17.509 1 59.89 ? O37 7QG 201 B 1 
HETATM 43 O O41 7QG . . . C 3 -3.231 8.703 -19.555 1 62.14 ? O41 7QG 201 B 1 
HETATM 44 H H101 7QG . . . C 3 -3.554 1.951 -13.936 1 69.8 ? H101 7QG 201 B 1 
HETATM 45 H H102 7QG . . . C 3 -5.003 1.361 -13.685 1 69.8 ? H102 7QG 201 B 1 
HETATM 46 H H131 7QG . . . C 3 -1.822 0.368 -11.575 1 69.95 ? H131 7QG 201 B 1 
HETATM 47 H H132 7QG . . . C 3 -2.828 0.657 -10.386 1 69.95 ? H132 7QG 201 B 1 
HETATM 48 H H201 7QG . . . C 3 -8.315 6.008 -10.024 1 69.54 ? H201 7QG 201 B 1 
HETATM 49 H H202 7QG . . . C 3 -7.191 5.346 -10.923 1 69.54 ? H202 7QG 201 B 1 
HETATM 50 H H212 7QG . . . C 3 -8.557 3.442 -11.213 1 69.71 ? H212 7QG 201 B 1 
HETATM 51 H H211 7QG . . . C 3 -9.663 4.103 -10.292 1 69.71 ? H211 7QG 201 B 1 
HETATM 52 H H221 7QG . . . C 3 -8.104 4.095 -8.487 1 69.89 ? H221 7QG 201 B 1 
HETATM 53 H H222 7QG . . . C 3 -7.078 3.322 -9.414 1 69.89 ? H222 7QG 201 B 1 
HETATM 54 H H282 7QG . . . C 3 -7.954 6.219 -16.89 1 70.24 ? H282 7QG 201 B 1 
HETATM 55 H H281 7QG . . . C 3 -7.898 4.674 -17.23 1 70.24 ? H281 7QG 201 B 1 
HETATM 56 H H042 7QG . . . C 3 -0.78 6.795 -15.104 1 73.02 ? H042 7QG 201 B 1 
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HETATM 58 H H052 7QG . . . C 3 -3.244 7.271 -14.102 1 72.16 ? H052 7QG 201 B 1 
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