data_7VM9 # _model_server_result.job_id Zk3N0Yei44djpSC0uKvYug _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 03:45:10' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7vm9 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":104}' # _entry.id 7VM9 # _exptl.entry_id 7VM9 _exptl.method 'SOLUTION NMR' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OP1 DT 2 A DT 2 1_555 D NA NA . A NA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc2 A OP2 DT 2 A DT 2 1_555 D NA NA . A NA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc3 A O2 DT 3 A DT 3 1_555 G NA NA . A NA 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc4 A OP2 DT 3 A DT 3 1_555 J NA NA . A NA 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc5 A O4' DT 4 A DT 4 1_555 G NA NA . A NA 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.915 ? metalc ? metalc6 A O2 DT 4 A DT 4 1_555 G NA NA . A NA 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? metalc ? metalc7 A OP1 DT 4 A DT 4 1_555 I NA NA . A NA 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc8 A OP1 DG 5 A DG 5 1_555 B NA NA . A NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc9 A OP2 DG 5 A DG 5 1_555 B NA NA . A NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? metalc ? metalc10 A O6 DG 5 A DG 5 1_555 G NA NA . A NA 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? metalc ? metalc11 A OP1 DG 5 A DG 5 1_555 I NA NA . A NA 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc12 A O5' DG 5 A DG 5 1_555 I NA NA . A NA 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? metalc ? metalc13 A OP1 DC 6 A DC 6 1_555 C NA NA . A NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc14 A OP1 DT 7 A DT 7 1_555 C NA NA . A NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.857 ? metalc ? metalc15 A OP2 DT 7 A DT 7 1_555 C NA NA . A NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? metalc ? metalc16 A O4' DT 7 A DT 7 1_555 H NA NA . A NA 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc17 A O2 DT 7 A DT 7 1_555 H NA NA . A NA 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc18 A O2 DT 8 A DT 8 1_555 E NA NA . A NA 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? metalc ? metalc19 A OP1 DT 8 A DT 8 1_555 H NA NA . A NA 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc20 A OP2 DT 9 A DT 9 1_555 E NA NA . A NA 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc21 A O3' DT 9 A DT 9 1_555 F NA NA . A NA 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? metalc ? metalc22 A OP1 DG 10 A DG 10 1_555 E NA NA . A NA 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc23 A OP2 DG 10 A DG 10 1_555 F NA NA . A NA 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc24 A O4' DG 10 A DG 10 1_555 F NA NA . A NA 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DC 1 A DC 1 1_555 A N1 DG 5 A DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 DC 1 A DC 1 1_555 A O6 DG 5 A DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 DC 1 A DC 1 1_555 A N2 DG 5 A DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 DC 6 A DC 6 1_555 A N1 DG 10 A DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 DC 6 A DC 6 1_555 A O6 DG 10 A DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 DC 6 A DC 6 1_555 A N2 DG 10 A DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7VM9 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 NA A 1 101 101 NA NA . C 2 NA A 1 102 102 NA NA . D 2 NA A 1 103 103 NA NA . E 2 NA A 1 104 104 NA NA . F 2 NA A 1 105 105 NA NA . G 2 NA A 1 106 106 NA NA . H 2 NA A 1 107 107 NA NA . I 2 NA A 1 108 108 NA NA . J 2 NA A 1 109 109 NA NA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id E _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -8.797 _atom_site.Cartn_y -2.133 _atom_site.Cartn_z 20.259 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 0 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 104 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 5 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 2564 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #