data_7VMJ
#
_model_server_result.job_id            ACax33T3WPOV-_4APA9HHw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-23 06:48:56' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7vmj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    7VMJ 
#
_exptl.entry_id    7VMJ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7VMJ 
_cell.length_a            104.976 
_cell.length_b            157.934 
_cell.length_c            182.334 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7VMJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? 
metalc ? metalc7 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc8 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? 
metalc ? metalc9 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? 
metalc ? metalc10 K O1A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc12 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? 
metalc ? metalc13 C O THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc14 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc15 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc16 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
metalc ? metalc17 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? 
metalc ? metalc18 P O1G GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
metalc ? metalc19 P O1B GTP . C GTP 501 1_555 Q MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 225 n n 
PG O2G GTP sing 226 n n 
PG O3G GTP sing 227 n n 
PG O3B GTP sing 228 n n 
O2G HOG2 GTP sing 229 n n 
O3G HOG3 GTP sing 230 n n 
O3B PB GTP sing 231 n n 
PB O1B GTP doub 232 n n 
PB O2B GTP sing 233 n n 
PB O3A GTP sing 234 n n 
O2B HOB2 GTP sing 235 n n 
O3A PA GTP sing 236 n n 
PA O1A GTP doub 237 n n 
PA O2A GTP sing 238 n n 
PA O5' GTP sing 239 n n 
O2A HOA2 GTP sing 240 n n 
O5' C5' GTP sing 241 n n 
C5' C4' GTP sing 242 n n 
C5' H5' GTP sing 243 n n 
C5' "H5''" GTP sing 244 n n 
C4' O4' GTP sing 245 n n 
C4' C3' GTP sing 246 n n 
C4' H4' GTP sing 247 n n 
O4' C1' GTP sing 248 n n 
C3' O3' GTP sing 249 n n 
C3' C2' GTP sing 250 n n 
C3' H3' GTP sing 251 n n 
O3' HO3' GTP sing 252 n n 
C2' O2' GTP sing 253 n n 
C2' C1' GTP sing 254 n n 
C2' H2' GTP sing 255 n n 
O2' HO2' GTP sing 256 n n 
C1' N9 GTP sing 257 n n 
C1' H1' GTP sing 258 n n 
N9 C8 GTP sing 259 n y 
N9 C4 GTP sing 260 n y 
C8 N7 GTP doub 261 n y 
C8 H8 GTP sing 262 n n 
N7 C5 GTP sing 263 n y 
C5 C6 GTP sing 264 n n 
C5 C4 GTP doub 265 n y 
C6 O6 GTP doub 266 n n 
C6 N1 GTP sing 267 n n 
N1 C2 GTP sing 268 n n 
N1 HN1 GTP sing 269 n n 
C2 N2 GTP sing 270 n n 
C2 N3 GTP doub 271 n n 
N2 HN21 GTP sing 272 n n 
N2 HN22 GTP sing 273 n n 
N3 C4 GTP sing 274 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7VMJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009526 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006332 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005484 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 CL A 1 504 504 CL CL . 
K 9 GDP B 1 501 499 GDP GDP . 
L 6 MG B 1 502 500 MG MG . 
M 10 MES B 1 503 502 MES MES . 
N 10 MES B 1 504 503 MES MES . 
O 11 7PU B 1 505 504 7PU LIG . 
P 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
Q 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
R 7 CA C 1 503 503 CA CA . 
S 9 GDP D 1 501 598 GDP GDP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . P 5 20.823 18.712 -16.777 1 38.28 ? PG GTP 501 C 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . P 5 19.962 19.358 -17.917 1 40.33 ? O1G GTP 501 C 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . P 5 22.311 18.827 -17.06 1 37.52 ? O2G GTP 501 C 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . P 5 20.557 17.266 -16.545 1 29.54 ? O3G GTP 501 C 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . P 5 20.501 19.556 -15.414 1 43.33 ? O3B GTP 501 C 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . P 5 19.23 20.562 -15.315 1 42.45 ? PB GTP 501 C 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . P 5 18.867 21.2 -16.67 1 44.92 ? O1B GTP 501 C 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . P 5 19.5 21.475 -14.18 1 37.44 ? O2B GTP 501 C 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . P 5 18.074 19.552 -14.844 1 43.85 ? O3A GTP 501 C 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . P 5 16.635 19.967 -14.277 1 34.74 ? PA GTP 501 C 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . P 5 15.632 19.88 -15.373 1 35.35 ? O1A GTP 501 C 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . P 5 16.61 21.333 -13.601 1 42 ? O2A GTP 501 C 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . P 5 16.423 18.733 -13.273 1 36.51 ? O5' GTP 501 C 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . P 5 15.229 17.997 -13.294 1 42.14 ? C5' GTP 501 C 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . P 5 14.478 18.205 -11.983 1 38.3 ? C4' GTP 501 C 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . P 5 13.968 19.52 -11.938 1 32.88 ? O4' GTP 501 C 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . P 5 13.308 17.272 -11.99 1 38.49 ? C3' GTP 501 C 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . P 5 13.04 16.849 -10.674 1 38.59 ? O3' GTP 501 C 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . P 5 12.203 18.142 -12.552 1 33.98 ? C2' GTP 501 C 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . P 5 10.951 17.717 -12.077 1 48 ? O2' GTP 501 C 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . P 5 12.569 19.507 -12.029 1 32.41 ? C1' GTP 501 C 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . P 5 12.183 20.564 -12.973 1 35.26 ? N9 GTP 501 C 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . P 5 12.62 20.758 -14.25 1 33.63 ? C8 GTP 501 C 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . P 5 12.007 21.867 -14.715 1 34.41 ? N7 GTP 501 C 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . P 5 11.205 22.387 -13.762 1 30.45 ? C5 GTP 501 C 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . P 5 10.364 23.483 -13.708 1 34.09 ? C6 GTP 501 C 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . P 5 10.241 24.245 -14.669 1 37.3 ? O6 GTP 501 C 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . P 5 9.663 23.734 -12.55 1 36.51 ? N1 GTP 501 C 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . P 5 9.795 22.916 -11.453 1 41.08 ? C2 GTP 501 C 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . P 5 9.136 23.153 -10.315 1 37.34 ? N2 GTP 501 C 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . P 5 10.619 21.82 -11.534 1 36.48 ? N3 GTP 501 C 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . P 5 11.31 21.571 -12.667 1 31.5 ? C4 GTP 501 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              13 
_model_server_stats.parse_time_ms           19 
_model_server_stats.create_model_time_ms    24 
_model_server_stats.query_time_ms           244 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           32 
#