data_7VVD # _model_server_result.job_id bYeFwScN1wY6Q4prOJ8OWg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-11 10:26:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7vvd # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":201}' # _entry.id 7VVD # _exptl.entry_id 7VVD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7VVD _cell.length_a 40.505 _cell.length_b 86.27 _cell.length_c 126.124 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7VVD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,I 1 1 C,D,G,H,J 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 B OD1 ASP 21 C ASP 20 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? metalc ? metalc2 B OD1 ASP 23 C ASP 22 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc3 B OD2 ASP 23 C ASP 22 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc4 B OD1 ASP 25 C ASP 24 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc5 B OD2 ASP 25 C ASP 24 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc6 B O THR 27 C THR 26 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc7 B OE1 GLU 32 C GLU 31 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc8 B OE2 GLU 32 C GLU 31 1_555 E CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc9 B OD1 ASP 57 C ASP 56 1_555 F CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc10 B OD1 ASP 59 C ASP 58 1_555 F CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.041 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 59 C ASP 58 1_555 F CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASN 61 C ASN 60 1_555 F CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc13 B O THR 63 C THR 62 1_555 F CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc14 B OE1 GLU 68 C GLU 67 1_555 F CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? metalc ? metalc15 B OE2 GLU 68 C GLU 67 1_555 F CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? metalc ? metalc16 D OD1 ASP 21 E ASP 20 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc17 D OD1 ASP 23 E ASP 22 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc18 D OD1 ASP 25 E ASP 24 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc19 D OD2 ASP 25 E ASP 24 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? metalc ? metalc20 D O THR 27 E THR 26 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc21 D OE1 GLU 32 E GLU 31 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc22 D OE2 GLU 32 E GLU 31 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc23 D OD1 ASP 57 E ASP 56 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? metalc ? metalc24 D OD1 ASP 59 E ASP 58 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? metalc ? metalc25 D OD1 ASN 61 E ASN 60 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc26 D O THR 63 E THR 62 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc27 D OE1 GLU 68 E GLU 67 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? metalc ? metalc28 D OE2 GLU 68 E GLU 67 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7VVD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.024688 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011592 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007929 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 CA C 1 201 201 CA CA . F 3 CA C 1 202 202 CA CA . G 3 CA E 1 201 1 CA CA . H 3 CA E 1 202 2 CA CA . I 4 HOH C 1 301 4 HOH HOH . J 4 HOH E 1 301 3 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -4.908 _atom_site.Cartn_y 24.631 _atom_site.Cartn_z -47.068 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 56.45 _atom_site.pdbx_formal_charge 2 _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 201 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 23 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 306 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #