data_7VXP # _model_server_result.job_id D6XLHneiJRmHNJPZLY_MmA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 17:32:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7vxp # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":401}' # _entry.id 7VXP # _exptl.entry_id 7VXP _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 745.421 _entity.id 24 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 24 _struct_asym.id AA _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? covale ? covale1 F CB SER 44 G SER 112 1_555 Z O1 8Q1 . G 8Q1 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.499 ? covale ? covale2 P C HIS 40 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 41 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale3 P C 2MR 41 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 42 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 S FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 S FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 S FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 S FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 U FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 U FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 U FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 V FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 V FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 V FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 V FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 U FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 W FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 W FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 W FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 W FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc17 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 EA FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 EA FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 EA FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 EA FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc21 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 CA FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? metalc ? metalc22 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 CA FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 CA FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc24 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 CA FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 DA FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 DA FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 DA FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc28 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 FA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc29 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 DA FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc30 L O CYS 198 M CYS 226 1_555 FA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? metalc ? metalc31 L O VAL 200 M VAL 228 1_555 FA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? metalc ? metalc32 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 FA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 IA FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 IA FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 IA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc36 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 IA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc37 Q SG CYS 59 T CYS 86 1_555 KA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc38 Q NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 KA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc39 Q SG CYS 84 T CYS 111 1_555 KA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? # _chem_comp.formula 'C21 H30 N7 O17 P3' _chem_comp.formula_weight 745.421 _chem_comp.id NDP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7VXP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code S 19 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . T 20 FMN A 1 502 502 FMN FMN . U 19 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . V 19 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . W 19 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . X 21 PEE C 1 302 311 PEE PEE . Y 22 PLX C 1 303 312 PLX PLX . Z 23 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . AA 24 NDP J 1 401 401 NDP NDP . BA 25 UQ J 1 402 402 UQ UQ . CA 19 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . DA 19 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . EA 26 FES M 1 803 803 FES FES . FA 27 MG M 1 804 805 MG MG . GA 22 PLX N 1 201 201 PLX PLX . HA 28 CDL N 1 202 202 CDL CDL . IA 26 FES O 1 301 301 FES FES . JA 25 UQ Q 1 501 501 UQ UQ . KA 29 ZN T 1 201 150 ZN ZN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA NDP . . . AA 24 114.518 167.824 179.211 1 52.74 ? PA NDP 401 J 1 HETATM 2 O O1A NDP . . . AA 24 113.974 167.689 177.817 1 49.06 ? O1A NDP 401 J 1 HETATM 3 O O2A NDP . . . AA 24 115.91 167.248 179.267 1 52.8 ? O2A NDP 401 J 1 HETATM 4 O O5B NDP . . . AA 24 113.522 166.983 180.258 1 48.57 ? O5B NDP 401 J 1 HETATM 5 C C5B NDP . . . AA 24 112.173 166.748 179.834 1 43.31 ? C5B NDP 401 J 1 HETATM 6 C C4B NDP . . . AA 24 111.464 165.902 180.89 1 43.42 ? C4B NDP 401 J 1 HETATM 7 O O4B NDP . . . AA 24 110.227 166.19 180.902 1 49.67 ? O4B NDP 401 J 1 HETATM 8 C C3B NDP . . . AA 24 111.601 164.304 180.461 1 45.05 ? C3B NDP 401 J 1 HETATM 9 O O3B NDP . . . AA 24 111.611 163.463 181.652 1 55.31 ? O3B NDP 401 J 1 HETATM 10 C C2B NDP . . . AA 24 110.597 164.073 179.779 1 44.21 ? C2B NDP 401 J 1 HETATM 11 O O2B NDP . . . AA 24 110.235 162.598 179.842 1 41.88 ? O2B NDP 401 J 1 HETATM 12 C C1B NDP . . . AA 24 109.489 164.924 180.48 1 47.13 ? C1B NDP 401 J 1 HETATM 13 N N9A NDP . . . AA 24 108.511 165.193 179.617 1 44.16 ? N9A NDP 401 J 1 HETATM 14 C C8A NDP . . . AA 24 108.607 165.95 178.544 1 42.32 ? C8A NDP 401 J 1 HETATM 15 N N7A NDP . . . AA 24 107.432 165.987 177.92 1 43.68 ? N7A NDP 401 J 1 HETATM 16 C C5A NDP . . . AA 24 106.573 165.238 178.606 1 41.9 ? C5A NDP 401 J 1 HETATM 17 C C6A NDP . . . AA 24 105.212 164.897 178.448 1 46.1 ? C6A NDP 401 J 1 HETATM 18 N N6A NDP . . . AA 24 104.436 165.424 177.297 1 50.61 ? N6A NDP 401 J 1 HETATM 19 N N1A NDP . . . AA 24 104.642 164.106 179.335 1 48.15 ? N1A NDP 401 J 1 HETATM 20 C C2A NDP . . . AA 24 105.34 163.636 180.368 1 42.82 ? C2A NDP 401 J 1 HETATM 21 N N3A NDP . . . AA 24 106.615 163.933 180.549 1 42.59 ? N3A NDP 401 J 1 HETATM 22 C C4A NDP . . . AA 24 107.259 164.727 179.691 1 43.84 ? C4A NDP 401 J 1 HETATM 23 O O3 NDP . . . AA 24 114.547 169.416 179.644 1 40.3 ? O3 NDP 401 J 1 HETATM 24 P PN NDP . . . AA 24 115.544 170.04 180.816 1 56.74 ? PN NDP 401 J 1 HETATM 25 O O1N NDP . . . AA 24 116.006 168.934 181.737 1 50.56 ? O1N NDP 401 J 1 HETATM 26 O O2N NDP . . . AA 24 116.747 170.694 180.165 1 48.76 ? O2N NDP 401 J 1 HETATM 27 O O5D NDP . . . AA 24 114.716 171.166 181.706 1 57.28 ? O5D NDP 401 J 1 HETATM 28 C C5D NDP . . . AA 24 113.531 170.766 182.36 1 46.31 ? C5D NDP 401 J 1 HETATM 29 C C4D NDP . . . AA 24 112.607 171.946 182.467 1 42.47 ? C4D NDP 401 J 1 HETATM 30 O O4D NDP . . . AA 24 113.49 173.336 182.804 1 49.87 ? O4D NDP 401 J 1 HETATM 31 C C3D NDP . . . AA 24 111.997 172.139 181.368 1 44.35 ? C3D NDP 401 J 1 HETATM 32 O O3D NDP . . . AA 24 110.57 172.495 181.646 1 50.69 ? O3D NDP 401 J 1 HETATM 33 C C2D NDP . . . AA 24 112.719 173.378 180.681 1 44.52 ? C2D NDP 401 J 1 HETATM 34 O O2D NDP . . . AA 24 111.848 174.07 179.957 1 55.81 ? O2D NDP 401 J 1 HETATM 35 C C1D NDP . . . AA 24 113.2 174.214 181.89 1 43.32 ? C1D NDP 401 J 1 HETATM 36 N N1N NDP . . . AA 24 114.428 175.022 181.587 1 46.41 ? N1N NDP 401 J 1 HETATM 37 C C2N NDP . . . AA 24 115.334 174.297 180.647 1 48.71 ? C2N NDP 401 J 1 HETATM 38 C C3N NDP . . . AA 24 116.63 175.116 180.424 1 40 ? C3N NDP 401 J 1 HETATM 39 C C7N NDP . . . AA 24 117.528 174.369 179.41 1 52.67 ? C7N NDP 401 J 1 HETATM 40 O O7N NDP . . . AA 24 118.289 174.978 178.73 1 60.43 ? O7N NDP 401 J 1 HETATM 41 N N7N NDP . . . AA 24 117.444 172.937 179.294 1 50.43 ? N7N NDP 401 J 1 HETATM 42 C C4N NDP . . . AA 24 116.333 176.478 179.91 1 40.79 ? C4N NDP 401 J 1 HETATM 43 C C5N NDP . . . AA 24 115.321 177.221 180.742 1 45.46 ? C5N NDP 401 J 1 HETATM 44 C C6N NDP . . . AA 24 114.068 176.38 181.098 1 44.12 ? C6N NDP 401 J 1 HETATM 45 P P2B NDP . . . AA 24 110.834 161.58 178.629 1 56.11 ? P2B NDP 401 J 1 HETATM 46 O O1X NDP . . . AA 24 112.316 161.837 178.434 1 49.48 ? O1X NDP 401 J 1 HETATM 47 O O2X NDP . . . AA 24 110.623 160.154 179.057 1 56.4 ? O2X NDP 401 J 1 HETATM 48 O O3X NDP . . . AA 24 110.1 161.837 177.333 1 53.21 ? O3X NDP 401 J 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 35 _model_server_stats.query_time_ms 328 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 48 #