data_7VY8 # _model_server_result.job_id WySrrMefLfvM_dpSGCWVvw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 16:55:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7vy8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":402}' # _entry.id 7VY8 # _exptl.entry_id 7VY8 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 863.343 _entity.id 27 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'Coenzyme Q10,(2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7VY8 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7VY8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 27 _struct_asym.id DA _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? covale ? covale1 F CB SER 44 G SER 112 1_555 AA O1 8Q1 . G 8Q1 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.479 ? covale ? covale2 P C HIS 40 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 41 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale3 P C 2MR 41 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 42 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 S FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 S FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 S FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 S FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 V FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 V FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 V FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 W FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 W FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 W FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 W FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 V FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 X FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 X FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 X FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 X FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc17 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 GA FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 GA FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 GA FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 GA FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc21 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 EA FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? metalc ? metalc22 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 EA FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 EA FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc24 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 EA FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 FA FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 FA FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 FA FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc28 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 HA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? metalc ? metalc29 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 FA FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc30 L O CYS 198 M CYS 226 1_555 HA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.661 ? metalc ? metalc31 L O VAL 200 M VAL 228 1_555 HA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? metalc ? metalc32 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 HA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 IA FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 IA FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 IA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc36 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 IA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc37 Q SG CYS 59 T CYS 86 1_555 JA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc38 Q NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 JA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc39 Q SG CYS 84 T CYS 111 1_555 JA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? # _chem_comp.formula 'C59 H90 O4' _chem_comp.formula_weight 863.343 _chem_comp.id UQ _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7VY8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code S 19 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . T 20 FMN A 1 502 502 FMN FMN . U 21 NAI A 1 503 503 NAI NAI . V 19 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . W 19 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . X 19 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . Y 22 PEE C 1 302 311 PEE PEE . Z 23 PLX C 1 303 312 PLX PLX . AA 24 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . BA 25 CDL I 1 201 202 CDL CDL . CA 26 NDP J 1 401 401 NDP NDP . DA 27 UQ J 1 402 402 UQ UQ . EA 19 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . FA 19 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . GA 28 FES M 1 803 803 FES FES . HA 29 MG M 1 804 805 MG MG . IA 28 FES O 1 301 301 FES FES . JA 30 ZN T 1 201 150 ZN ZN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 UQ . . . DA 27 107.401 146.392 150.552 1 52.88 ? C1 UQ 402 J 1 HETATM 2 C C2 UQ . . . DA 27 107.403 146.274 152.085 1 53.44 ? C2 UQ 402 J 1 HETATM 3 C C3 UQ . . . DA 27 107.407 147.364 152.828 1 53.14 ? C3 UQ 402 J 1 HETATM 4 C C4 UQ . . . DA 27 107.413 148.744 152.16 1 53.46 ? C4 UQ 402 J 1 HETATM 5 C C5 UQ . . . DA 27 107.414 148.863 150.628 1 55.06 ? C5 UQ 402 J 1 HETATM 6 C C6 UQ . . . DA 27 107.41 147.774 149.879 1 52.35 ? C6 UQ 402 J 1 HETATM 7 C CM5 UQ . . . DA 27 107.42 150.256 149.981 1 54.28 ? CM5 UQ 402 J 1 HETATM 8 C CM3 UQ . . . DA 27 108.67 147.351 154.819 1 54.55 ? CM3 UQ 402 J 1 HETATM 9 C CM2 UQ . . . DA 27 108.616 144.32 152.633 1 51.37 ? CM2 UQ 402 J 1 HETATM 10 C C7 UQ . . . DA 27 107.41 147.867 148.343 1 52.66 ? C7 UQ 402 J 1 HETATM 11 C C8 UQ . . . DA 27 108.78 147.442 147.786 1 52.54 ? C8 UQ 402 J 1 HETATM 12 C C9 UQ . . . DA 27 108.796 146.009 147.213 1 55.72 ? C9 UQ 402 J 1 HETATM 13 C C10 UQ . . . DA 27 109.839 145.113 147.878 1 52.76 ? C10 UQ 402 J 1 HETATM 14 C C11 UQ . . . DA 27 108.884 145.961 145.687 1 53.06 ? C11 UQ 402 J 1 HETATM 15 C C12 UQ . . . DA 27 110.355 146.095 145.243 1 51.9 ? C12 UQ 402 J 1 HETATM 16 C C13 UQ . . . DA 27 110.563 145.435 143.864 1 50.11 ? C13 UQ 402 J 1 HETATM 17 C C14 UQ . . . DA 27 110.488 146.424 142.673 1 51.68 ? C14 UQ 402 J 1 HETATM 18 C C15 UQ . . . DA 27 110.441 147.886 143.081 1 54.21 ? C15 UQ 402 J 1 HETATM 19 C C16 UQ . . . DA 27 109.389 146.065 141.652 1 52.5 ? C16 UQ 402 J 1 HETATM 20 C C17 UQ . . . DA 27 109.441 147.07 140.465 1 55.46 ? C17 UQ 402 J 1 HETATM 21 C C18 UQ . . . DA 27 110.794 146.933 139.708 1 54.51 ? C18 UQ 402 J 1 HETATM 22 C C19 UQ . . . DA 27 110.622 146.673 138.184 1 54.71 ? C19 UQ 402 J 1 HETATM 23 C C20 UQ . . . DA 27 109.302 145.994 137.836 1 53.03 ? C20 UQ 402 J 1 HETATM 24 C C21 UQ . . . DA 27 111.846 145.983 137.532 1 54.03 ? C21 UQ 402 J 1 HETATM 25 C C22 UQ . . . DA 27 111.521 145.645 136.064 1 54.86 ? C22 UQ 402 J 1 HETATM 26 C C23 UQ . . . DA 27 112.43 146.47 135.131 1 55.74 ? C23 UQ 402 J 1 HETATM 27 C C24 UQ . . . DA 27 111.691 147.641 134.448 1 57.82 ? C24 UQ 402 J 1 HETATM 28 C C25 UQ . . . DA 27 112.534 148.334 133.382 1 50.97 ? C25 UQ 402 J 1 HETATM 29 C C26 UQ . . . DA 27 110.283 147.258 133.943 1 54.88 ? C26 UQ 402 J 1 HETATM 30 O O2 UQ . . . DA 27 107.392 145.01 152.694 1 53.91 ? O2 UQ 402 J 1 HETATM 31 O O3 UQ . . . DA 27 107.403 147.263 154.225 1 57.39 ? O3 UQ 402 J 1 HETATM 32 O O4 UQ . . . DA 27 107.418 149.719 152.827 1 52.74 ? O4 UQ 402 J 1 HETATM 33 O O1 UQ . . . DA 27 107.393 145.416 149.88 1 53.8 ? O1 UQ 402 J 1 # _model_server_stats.io_time_ms 28 _model_server_stats.parse_time_ms 29 _model_server_stats.create_model_time_ms 76 _model_server_stats.query_time_ms 347 _model_server_stats.encode_time_ms 10 _model_server_stats.element_count 33 #