data_7VY9 # _model_server_result.job_id cDt4uUBRVt4uT6jQ0GCkyQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-30 17:01:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7vy9 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"HA","auth_seq_id":201}' # _entry.id 7VY9 # _exptl.entry_id 7VY9 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 540.651 _entity.id 32 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7VY9 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7VY9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 29-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 29 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 32 _struct_asym.id HA _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 D SG CYS 17 V CYS 18 1_555 D SG CYS 74 V CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 D SG CYS 94 V CYS 95 1_555 D SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf3 L SG CYS 112 d CYS 113 1_555 L SG CYS 124 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf4 P SG CYS 32 h CYS 33 1_555 P SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 AA SG CYS 45 u CYS 46 1_555 AA SG CYS 55 u CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf6 AA SG CYS 77 u CYS 78 1_555 AA SG CYS 109 u CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf7 AA SG CYS 87 u CYS 88 1_555 AA SG CYS 99 u CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? # _chem_comp.formula 'C23 H45 N2 O8 P S' _chem_comp.formula_weight 540.651 _chem_comp.id 8Q1 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms "S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine" # _atom_sites.entry_id 7VY9 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code DA 30 PEE Q 1 101 718 PEE PEE . EA 31 CDL V 1 201 201 CDL CDL . FA 31 CDL V 1 202 203 CDL CDL . GA 30 PEE W 1 201 202 PEE PEE . HA 32 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . IA 31 CDL a 1 201 201 CDL CDL . JA 33 PLX a 1 202 101 PLX PLX . KA 33 PLX g 1 201 705 PLX PLX . LA 31 CDL g 1 202 714 CDL CDL . MA 30 PEE j 1 201 101 PEE PEE . NA 33 PLX j 1 202 202 PLX PLX . OA 33 PLX j 1 203 203 PLX PLX . PA 31 CDL k 1 101 101 CDL CDL . QA 30 PEE l 1 701 207 PEE PEE . RA 31 CDL l 1 702 712 CDL CDL . SA 31 CDL l 1 703 713 CDL CDL . TA 30 PEE l 1 704 719 PEE PEE . UA 30 PEE l 1 705 720 PEE PEE . VA 31 CDL n 1 101 102 CDL CDL . WA 30 PEE r 1 501 202 PEE PEE . XA 33 PLX r 1 502 205 PLX PLX . YA 33 PLX r 1 503 201 PLX PLX . ZA 30 PEE s 1 401 201 PEE PEE . AB 31 CDL s 1 402 201 CDL CDL . BB 30 PEE s 1 403 401 PEE PEE . CB 34 UQ s 1 404 402 UQ UQ . DB 35 ADP w 1 401 401 ADP ADP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O4 8Q1 . . . HA 32 206.564 224.527 163.381 1 62.06 ? O4 8Q1 201 X 1 HETATM 2 C C16 8Q1 . . . HA 32 212.284 222.603 152.049 1 51.52 ? C16 8Q1 201 X 1 HETATM 3 O O3 8Q1 . . . HA 32 213.064 217.403 173.196 1 57.85 ? O3 8Q1 201 X 1 HETATM 4 C C15 8Q1 . . . HA 32 211.477 222.119 153.25 1 54.5 ? C15 8Q1 201 X 1 HETATM 5 C C14 8Q1 . . . HA 32 210.09 222.748 153.295 1 52.57 ? C14 8Q1 201 X 1 HETATM 6 C C13 8Q1 . . . HA 32 209.362 222.459 154.603 1 53.02 ? C13 8Q1 201 X 1 HETATM 7 O O2 8Q1 . . . HA 32 212.16 215.147 172.809 1 68.19 ? O2 8Q1 201 X 1 HETATM 8 C C12 8Q1 . . . HA 32 210.038 223.112 155.804 1 57.64 ? C12 8Q1 201 X 1 HETATM 9 C C11 8Q1 . . . HA 32 209.027 223.613 156.832 1 55.08 ? C11 8Q1 201 X 1 HETATM 10 C C10 8Q1 . . . HA 32 208.415 222.476 157.643 1 50.2 ? C10 8Q1 201 X 1 HETATM 11 C C9 8Q1 . . . HA 32 207.781 222.964 158.942 1 53.28 ? C9 8Q1 201 X 1 HETATM 12 C C8 8Q1 . . . HA 32 208.724 223.845 159.757 1 54.77 ? C8 8Q1 201 X 1 HETATM 13 C C7 8Q1 . . . HA 32 208.086 224.319 161.06 1 54.35 ? C7 8Q1 201 X 1 HETATM 14 C C6 8Q1 . . . HA 32 208.039 223.219 162.116 1 54.68 ? C6 8Q1 201 X 1 HETATM 15 C C1 8Q1 . . . HA 32 206.904 223.429 163.114 1 56.66 ? C1 8Q1 201 X 1 HETATM 16 C C28 8Q1 . . . HA 32 210.952 218.198 171.527 1 52.79 ? C28 8Q1 201 X 1 HETATM 17 C C29 8Q1 . . . HA 32 209.48 218.227 171.105 1 55.88 ? C29 8Q1 201 X 1 HETATM 18 C C30 8Q1 . . . HA 32 209.28 219.345 170.086 1 51.32 ? C30 8Q1 201 X 1 HETATM 19 C C31 8Q1 . . . HA 32 209.04 216.904 170.484 1 51.99 ? C31 8Q1 201 X 1 HETATM 20 C C32 8Q1 . . . HA 32 208.635 218.507 172.349 1 60.32 ? C32 8Q1 201 X 1 HETATM 21 C C34 8Q1 . . . HA 32 207.148 218.617 172.012 1 57.62 ? C34 8Q1 201 X 1 HETATM 22 C C37 8Q1 . . . HA 32 205.196 219.918 171.143 1 53.67 ? C37 8Q1 201 X 1 HETATM 23 C C38 8Q1 . . . HA 32 204.938 220.987 170.086 1 55.03 ? C38 8Q1 201 X 1 HETATM 24 C C39 8Q1 . . . HA 32 205.618 220.815 168.732 1 57.04 ? C39 8Q1 201 X 1 HETATM 25 C C42 8Q1 . . . HA 32 205.532 220.798 166.231 1 57.05 ? C42 8Q1 201 X 1 HETATM 26 C C43 8Q1 . . . HA 32 206.086 222.111 165.686 1 57.53 ? C43 8Q1 201 X 1 HETATM 27 N N36 8Q1 . . . HA 32 206.611 219.837 171.446 1 54.74 ? N36 8Q1 201 X 1 HETATM 28 N N41 8Q1 . . . HA 32 204.862 220.976 167.506 1 54.93 ? N41 8Q1 201 X 1 HETATM 29 O O27 8Q1 . . . HA 32 211.592 217.019 171.13 1 60.58 ? O27 8Q1 201 X 1 HETATM 30 O O33 8Q1 . . . HA 32 209.059 219.704 172.937 1 60.98 ? O33 8Q1 201 X 1 HETATM 31 O O35 8Q1 . . . HA 32 206.422 217.707 172.222 1 57.32 ? O35 8Q1 201 X 1 HETATM 32 O O40 8Q1 . . . HA 32 206.767 220.546 168.682 1 56.56 ? O40 8Q1 201 X 1 HETATM 33 P P24 8Q1 . . . HA 32 212.72 216.379 172.146 1 79.09 ? P24 8Q1 201 X 1 HETATM 34 S S44 8Q1 . . . HA 32 206.075 222.005 163.874 1 61.02 ? S44 8Q1 201 X 1 HETATM 35 O O1 8Q1 . . . HA 32 213.975 216.011 171.394 1 61.16 ? O1 8Q1 201 X 1 # _model_server_stats.io_time_ms 124 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 53 _model_server_stats.query_time_ms 253 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 35 #