data_7VYF # _model_server_result.job_id buxSrIQlKEHdSqsQ6qsUkQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 16:39:33' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7vyf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"GA","auth_seq_id":201}' # _entry.id 7VYF # _exptl.entry_id 7VYF _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 1464.043 _entity.id 28 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description CARDIOLIPIN _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7VYF _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7VYF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 28 _struct_asym.id GA _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? covale ? covale1 P C HIS 40 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 41 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale2 P C 2MR 41 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 42 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 S FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 S FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 S FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 S FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 U FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 U FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 U FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 V FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 V FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 V FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 V FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 U FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 W FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 W FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 W FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 W FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc17 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 EA FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 EA FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 EA FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 EA FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc21 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 CA FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? metalc ? metalc22 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 CA FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 CA FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc24 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 CA FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 DA FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 DA FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 DA FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc28 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 FA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc29 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 DA FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc30 L O CYS 198 M CYS 226 1_555 FA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc31 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 FA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc32 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 HA FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 HA FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 HA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 HA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc36 Q SG CYS 59 T CYS 86 1_555 IA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc37 Q NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 IA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc38 Q SG CYS 84 T CYS 111 1_555 IA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? # _chem_comp.formula 'C81 H156 O17 P2 -2' _chem_comp.formula_weight 1464.043 _chem_comp.id CDL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name CARDIOLIPIN _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms "DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL;BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL" # _atom_sites.entry_id 7VYF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code S 19 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . T 20 FMN A 1 502 502 FMN FMN . U 19 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . V 19 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . W 19 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . X 21 970 C 1 302 501 970 970 . Y 22 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . Z 23 PEE J 1 401 311 PEE PEE . AA 24 NDP J 1 402 401 NDP NDP . BA 25 UQ J 1 403 402 UQ UQ . CA 19 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . DA 19 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . EA 26 FES M 1 803 803 FES FES . FA 27 MG M 1 804 805 MG MG . GA 28 CDL N 1 201 202 CDL CDL . HA 26 FES O 1 301 301 FES FES . IA 29 ZN T 1 201 150 ZN ZN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 CDL . . . GA 28 112.617 95.622 146.683 1 74.86 ? C1 CDL 201 N 1 HETATM 2 O O1 CDL . . . GA 28 112.415 94.362 146.115 1 74.86 ? O1 CDL 201 N 1 HETATM 3 C CA2 CDL . . . GA 28 113.954 96.169 146.132 1 74.86 ? CA2 CDL 201 N 1 HETATM 4 O OA2 CDL . . . GA 28 114.438 95.204 145.213 1 74.86 ? OA2 CDL 201 N 1 HETATM 5 P PA1 CDL . . . GA 28 115.417 95.716 143.983 1 74.86 ? PA1 CDL 201 N 1 HETATM 6 O OA3 CDL . . . GA 28 115.096 97.15 143.65 1 74.86 ? OA3 CDL 201 N 1 HETATM 7 O OA4 CDL . . . GA 28 116.848 95.604 144.406 1 74.86 ? OA4 CDL 201 N 1 HETATM 8 O OA5 CDL . . . GA 28 115.144 94.775 142.647 1 74.86 ? OA5 CDL 201 N 1 HETATM 9 C CA3 CDL . . . GA 28 115.78 95.146 141.439 1 74.86 ? CA3 CDL 201 N 1 HETATM 10 C CA4 CDL . . . GA 28 114.718 95.448 140.394 1 74.86 ? CA4 CDL 201 N 1 HETATM 11 O OA6 CDL . . . GA 28 114.949 94.65 139.256 1 74.86 ? OA6 CDL 201 N 1 HETATM 12 C CA5 CDL . . . GA 28 115.871 95.13 138.278 1 74.86 ? CA5 CDL 201 N 1 HETATM 13 O OA7 CDL . . . GA 28 115.491 95.805 137.371 1 74.86 ? OA7 CDL 201 N 1 HETATM 14 C C11 CDL . . . GA 28 117.387 94.764 138.363 1 74.86 ? C11 CDL 201 N 1 HETATM 15 C C12 CDL . . . GA 28 118.129 95.108 137.068 1 74.86 ? C12 CDL 201 N 1 HETATM 16 C C13 CDL . . . GA 28 119.644 95.152 137.259 1 74.86 ? C13 CDL 201 N 1 HETATM 17 C C14 CDL . . . GA 28 120.256 96.482 136.778 1 74.86 ? C14 CDL 201 N 1 HETATM 18 C C15 CDL . . . GA 28 121.494 96.893 137.624 1 74.86 ? C15 CDL 201 N 1 HETATM 19 C CA6 CDL . . . GA 28 114.747 96.959 140.086 1 74.86 ? CA6 CDL 201 N 1 HETATM 20 O OA8 CDL . . . GA 28 113.756 97.263 139.127 1 74.86 ? OA8 CDL 201 N 1 HETATM 21 C CA7 CDL . . . GA 28 114.07 98.413 138.34 1 74.86 ? CA7 CDL 201 N 1 HETATM 22 O OA9 CDL . . . GA 28 114.708 99.289 138.81 1 74.86 ? OA9 CDL 201 N 1 HETATM 23 C C31 CDL . . . GA 28 113.587 98.514 136.879 1 74.86 ? C31 CDL 201 N 1 HETATM 24 C C32 CDL . . . GA 28 114.251 99.669 136.134 1 74.86 ? C32 CDL 201 N 1 HETATM 25 C C33 CDL . . . GA 28 114.931 99.213 134.835 1 74.86 ? C33 CDL 201 N 1 HETATM 26 C C34 CDL . . . GA 28 116.418 98.847 135.053 1 74.86 ? C34 CDL 201 N 1 HETATM 27 C CB2 CDL . . . GA 28 111.405 96.529 146.28 1 74.86 ? CB2 CDL 201 N 1 HETATM 28 O OB2 CDL . . . GA 28 110.278 95.693 146.062 1 74.86 ? OB2 CDL 201 N 1 HETATM 29 P PB2 CDL . . . GA 28 108.787 96.233 146.602 1 74.86 ? PB2 CDL 201 N 1 HETATM 30 O OB3 CDL . . . GA 28 109.001 97.289 147.669 1 74.86 ? OB3 CDL 201 N 1 HETATM 31 O OB4 CDL . . . GA 28 108.015 95.075 147.186 1 74.86 ? OB4 CDL 201 N 1 HETATM 32 O OB5 CDL . . . GA 28 107.937 96.898 145.318 1 74.86 ? OB5 CDL 201 N 1 HETATM 33 C CB3 CDL . . . GA 28 107.869 98.315 145.224 1 74.86 ? CB3 CDL 201 N 1 HETATM 34 C CB4 CDL . . . GA 28 107.294 98.682 143.85 1 74.86 ? CB4 CDL 201 N 1 HETATM 35 O OB6 CDL . . . GA 28 108.339 98.798 142.916 1 74.86 ? OB6 CDL 201 N 1 HETATM 36 C CB5 CDL . . . GA 28 107.946 98.46 141.592 1 74.86 ? CB5 CDL 201 N 1 HETATM 37 O OB7 CDL . . . GA 28 106.998 97.771 141.419 1 74.86 ? OB7 CDL 201 N 1 HETATM 38 C C51 CDL . . . GA 28 108.738 98.992 140.382 1 74.86 ? C51 CDL 201 N 1 HETATM 39 C C52 CDL . . . GA 28 110.24 98.684 140.475 1 74.86 ? C52 CDL 201 N 1 HETATM 40 C C53 CDL . . . GA 28 111.076 99.621 139.59 1 74.86 ? C53 CDL 201 N 1 HETATM 41 C C54 CDL . . . GA 28 110.439 99.855 138.204 1 74.86 ? C54 CDL 201 N 1 HETATM 42 C C55 CDL . . . GA 28 110.691 101.275 137.67 1 74.86 ? C55 CDL 201 N 1 HETATM 43 C CB6 CDL . . . GA 28 106.537 100.004 143.943 1 74.86 ? CB6 CDL 201 N 1 HETATM 44 O OB8 CDL . . . GA 28 107.421 101.082 143.644 1 74.86 ? OB8 CDL 201 N 1 HETATM 45 C CB7 CDL . . . GA 28 106.969 101.931 142.601 1 74.86 ? CB7 CDL 201 N 1 HETATM 46 O OB9 CDL . . . GA 28 105.862 101.829 142.189 1 74.86 ? OB9 CDL 201 N 1 HETATM 47 C C71 CDL . . . GA 28 107.91 103.006 142.011 1 74.86 ? C71 CDL 201 N 1 HETATM 48 C C72 CDL . . . GA 28 108.528 102.59 140.669 1 74.86 ? C72 CDL 201 N 1 HETATM 49 C C73 CDL . . . GA 28 108.245 103.608 139.553 1 74.86 ? C73 CDL 201 N 1 HETATM 50 C C74 CDL . . . GA 28 109.503 104.39 139.143 1 74.86 ? C74 CDL 201 N 1 HETATM 51 C C75 CDL . . . GA 28 109.276 105.241 137.865 1 74.86 ? C75 CDL 201 N 1 # _model_server_stats.io_time_ms 65 _model_server_stats.parse_time_ms 34 _model_server_stats.create_model_time_ms 145 _model_server_stats.query_time_ms 1499 _model_server_stats.encode_time_ms 15 _model_server_stats.element_count 51 #