data_7VYF
#
_model_server_result.job_id            pYMNsRU_lnBykFuIj-6ZOw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-14 17:21:11' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7vyf 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":302}' 
#
_entry.id    7VYF 
#
_exptl.entry_id    7VYF 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          19 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            7VYF 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7VYF 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      18 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 19 S N N 
? 19 U N N 
? 19 V N N 
? 19 W N N 
? 19 CA N N 
? 19 DA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
covale ? covale1 P C HIS 40 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 41 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale2 P C 2MR 41 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 42 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 S FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 S FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 S FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 S FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 U FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 U FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 U FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 V FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 V FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 V FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 V FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 U FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 W FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 W FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 W FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 W FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc17 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 EA FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc18 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 EA FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc19 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 EA FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc20 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 EA FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc21 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 CA FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc22 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 CA FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc23 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 CA FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc24 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 CA FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc25 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 DA FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc26 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 DA FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc27 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 DA FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc28 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 FA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? 
metalc ? metalc29 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 DA FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc30 L O CYS 198 M CYS 226 1_555 FA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? 
metalc ? metalc31 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 FA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc32 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 HA FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc33 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 HA FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc34 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 HA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc35 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 HA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc36 Q SG CYS 59 T CYS 86 1_555 IA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc37 Q NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 IA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc38 Q SG CYS 84 T CYS 111 1_555 IA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7VYF 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
S 19 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . 
T 20 FMN A 1 502 502 FMN FMN . 
U 19 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . 
V 19 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . 
W 19 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . 
X 21 970 C 1 302 501 970 970 . 
Y 22 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . 
Z 23 PEE J 1 401 311 PEE PEE . 
AA 24 NDP J 1 402 401 NDP NDP . 
BA 25 UQ J 1 403 402 UQ UQ . 
CA 19 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . 
DA 19 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . 
EA 26 FES M 1 803 803 FES FES . 
FA 27 MG M 1 804 805 MG MG . 
GA 28 CDL N 1 201 202 CDL CDL . 
HA 26 FES O 1 301 301 FES FES . 
IA 29 ZN T 1 201 150 ZN ZN . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . V 19 113.62 120.24 187.436 1 11.23 ? FE1 SF4 302 B 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . V 19 112.998 119.612 184.849 1 11.23 ? FE2 SF4 302 B 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . V 19 112.181 117.976 186.885 1 11.23 ? FE3 SF4 302 B 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . V 19 114.832 118.113 186.214 1 11.23 ? FE4 SF4 302 B 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . V 19 113.128 117.337 184.915 1 11.23 ? S1 SF4 302 B 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . V 19 113.946 118.163 188.314 1 11.23 ? S2 SF4 302 B 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . V 19 115.019 120.309 185.639 1 11.23 ? S3 SF4 302 B 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . V 19 111.538 120.134 186.517 1 11.23 ? S4 SF4 302 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              17 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    43 
_model_server_stats.query_time_ms           316 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           8 
#