data_7VYH # _model_server_result.job_id 3ELXJN45EDe2S36yqUzNBw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 22:55:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7vyh # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"FA","auth_seq_id":201}' # _entry.id 7VYH # _exptl.entry_id 7VYH _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 1464.043 _entity.id 27 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description CARDIOLIPIN _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7VYH _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7VYH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 27 _struct_asym.id FA _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? covale ? covale1 F CB SER 44 G SER 112 1_555 Z O1 8Q1 . G 8Q1 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.395 ? covale ? covale2 P C HIS 39 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 40 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale3 P C 2MR 40 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 41 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 352 A CYS 379 1_555 S FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 355 A CYS 382 1_555 S FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 358 A CYS 385 1_555 S FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 398 A CYS 425 1_555 S FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 U FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 U FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 U FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 V FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 V FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 V FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 V FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 U FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 W FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 W FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 W FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc16 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 DA FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc17 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 DA FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 DA FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 DA FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc20 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 BA FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc21 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 BA FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc22 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 BA FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc23 L OE1 GLN 105 M GLN 133 1_555 EA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? metalc ? metalc24 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 BA FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 CA FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 CA FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 CA FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc28 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 EA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc29 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 CA FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc30 L O VAL 200 M VAL 228 1_555 EA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? metalc ? metalc31 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 EA MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? metalc ? metalc32 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 GA FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 GA FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 GA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 GA FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc36 Q SG CYS 59 T CYS 86 1_555 HA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc37 Q NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 HA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc38 Q SG CYS 84 T CYS 111 1_555 HA ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? # _chem_comp.formula 'C81 H156 O17 P2 -2' _chem_comp.formula_weight 1464.043 _chem_comp.id CDL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name CARDIOLIPIN _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms "DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL;BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL" # _atom_sites.entry_id 7VYH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code S 19 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . T 20 FMN A 1 502 502 FMN FMN . U 19 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . V 19 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . W 19 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . X 21 PEE C 1 302 311 PEE PEE . Y 22 PLX C 1 303 312 PLX PLX . Z 23 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . AA 24 NDP J 1 401 401 NDP NDP . BA 19 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . CA 19 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . DA 25 FES M 1 803 803 FES FES . EA 26 MG M 1 804 805 MG MG . FA 27 CDL N 1 201 202 CDL CDL . GA 25 FES O 1 301 301 FES FES . HA 28 ZN T 1 201 150 ZN ZN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 CDL . . . FA 27 110.983 95.493 146.396 1 56.76 ? C1 CDL 201 N 1 HETATM 2 O O1 CDL . . . FA 27 110.794 94.39 145.563 1 56.76 ? O1 CDL 201 N 1 HETATM 3 C CA2 CDL . . . FA 27 112.38 96.085 146.099 1 56.76 ? CA2 CDL 201 N 1 HETATM 4 O OA2 CDL . . . FA 27 113.032 95.224 145.182 1 56.76 ? OA2 CDL 201 N 1 HETATM 5 P PA1 CDL . . . FA 27 114.425 95.76 144.472 1 56.76 ? PA1 CDL 201 N 1 HETATM 6 O OA3 CDL . . . FA 27 114.653 97.202 144.84 1 56.76 ? OA3 CDL 201 N 1 HETATM 7 O OA4 CDL . . . FA 27 115.58 94.933 144.943 1 56.76 ? OA4 CDL 201 N 1 HETATM 8 O OA5 CDL . . . FA 27 114.261 95.627 142.826 1 56.76 ? OA5 CDL 201 N 1 HETATM 9 C CA3 CDL . . . FA 27 112.97 95.818 142.273 1 56.76 ? CA3 CDL 201 N 1 HETATM 10 C CA4 CDL . . . FA 27 113.128 96.028 140.777 1 56.76 ? CA4 CDL 201 N 1 HETATM 11 O OA6 CDL . . . FA 27 114.414 95.625 140.394 1 56.76 ? OA6 CDL 201 N 1 HETATM 12 C CA5 CDL . . . FA 27 114.463 94.972 139.134 1 56.76 ? CA5 CDL 201 N 1 HETATM 13 O OA7 CDL . . . FA 27 113.454 94.675 138.575 1 56.76 ? OA7 CDL 201 N 1 HETATM 14 C C11 CDL . . . FA 27 115.842 94.644 138.483 1 56.76 ? C11 CDL 201 N 1 HETATM 15 C C12 CDL . . . FA 27 116.298 95.724 137.498 1 56.76 ? C12 CDL 201 N 1 HETATM 16 C C13 CDL . . . FA 27 117.818 95.763 137.354 1 56.76 ? C13 CDL 201 N 1 HETATM 17 C C14 CDL . . . FA 27 118.383 97.19 137.496 1 56.76 ? C14 CDL 201 N 1 HETATM 18 C C15 CDL . . . FA 27 119.908 97.2 137.798 1 56.76 ? C15 CDL 201 N 1 HETATM 19 C CA6 CDL . . . FA 27 112.933 97.521 140.45 1 56.76 ? CA6 CDL 201 N 1 HETATM 20 O OA8 CDL . . . FA 27 112.39 97.63 139.15 1 56.76 ? OA8 CDL 201 N 1 HETATM 21 C CA7 CDL . . . FA 27 112.799 98.806 138.447 1 56.76 ? CA7 CDL 201 N 1 HETATM 22 O OA9 CDL . . . FA 27 113.197 99.743 139.046 1 56.76 ? OA9 CDL 201 N 1 HETATM 23 C C31 CDL . . . FA 27 112.724 98.855 136.91 1 56.76 ? C31 CDL 201 N 1 HETATM 24 C C32 CDL . . . FA 27 113.246 100.176 136.354 1 56.76 ? C32 CDL 201 N 1 HETATM 25 C C33 CDL . . . FA 27 114.1 99.991 135.09 1 56.76 ? C33 CDL 201 N 1 HETATM 26 C C34 CDL . . . FA 27 115.616 100.026 135.389 1 56.76 ? C34 CDL 201 N 1 HETATM 27 C CB2 CDL . . . FA 27 109.843 96.524 146.102 1 56.76 ? CB2 CDL 201 N 1 HETATM 28 O OB2 CDL . . . FA 27 108.611 95.82 146.083 1 56.76 ? OB2 CDL 201 N 1 HETATM 29 P PB2 CDL . . . FA 27 107.255 96.613 146.662 1 56.76 ? PB2 CDL 201 N 1 HETATM 30 O OB3 CDL . . . FA 27 107.687 97.726 147.6 1 56.76 ? OB3 CDL 201 N 1 HETATM 31 O OB4 CDL . . . FA 27 106.38 95.628 147.401 1 56.76 ? OB4 CDL 201 N 1 HETATM 32 O OB5 CDL . . . FA 27 106.411 97.269 145.373 1 56.76 ? OB5 CDL 201 N 1 HETATM 33 C CB3 CDL . . . FA 27 106.482 98.675 145.197 1 56.76 ? CB3 CDL 201 N 1 HETATM 34 C CB4 CDL . . . FA 27 106.193 99 143.73 1 56.76 ? CB4 CDL 201 N 1 HETATM 35 O OB6 CDL . . . FA 27 107.405 99.169 143.034 1 56.76 ? OB6 CDL 201 N 1 HETATM 36 C CB5 CDL . . . FA 27 107.325 98.814 141.658 1 56.76 ? CB5 CDL 201 N 1 HETATM 37 O OB7 CDL . . . FA 27 106.795 97.804 141.339 1 56.76 ? OB7 CDL 201 N 1 HETATM 38 C C51 CDL . . . FA 27 107.917 99.742 140.58 1 56.76 ? C51 CDL 201 N 1 HETATM 39 C C52 CDL . . . FA 27 109.448 99.632 140.493 1 56.76 ? C52 CDL 201 N 1 HETATM 40 C C53 CDL . . . FA 27 110.048 100.641 139.502 1 56.76 ? C53 CDL 201 N 1 HETATM 41 C C54 CDL . . . FA 27 109.473 100.489 138.079 1 56.76 ? C54 CDL 201 N 1 HETATM 42 C C55 CDL . . . FA 27 109.034 101.834 137.48 1 56.76 ? C55 CDL 201 N 1 HETATM 43 C CB6 CDL . . . FA 27 105.383 100.289 143.668 1 56.76 ? CB6 CDL 201 N 1 HETATM 44 O OB8 CDL . . . FA 27 106.078 101.296 144.397 1 56.76 ? OB8 CDL 201 N 1 HETATM 45 C CB7 CDL . . . FA 27 105.888 102.601 143.882 1 56.76 ? CB7 CDL 201 N 1 HETATM 46 O OB9 CDL . . . FA 27 104.835 103.132 143.988 1 56.76 ? OB9 CDL 201 N 1 HETATM 47 C C71 CDL . . . FA 27 107.052 103.335 143.178 1 56.76 ? C71 CDL 201 N 1 HETATM 48 C C72 CDL . . . FA 27 107.051 103.105 141.661 1 56.76 ? C72 CDL 201 N 1 HETATM 49 C C73 CDL . . . FA 27 106.977 104.417 140.862 1 56.76 ? C73 CDL 201 N 1 HETATM 50 C C74 CDL . . . FA 27 108.036 104.471 139.751 1 56.76 ? C74 CDL 201 N 1 HETATM 51 C C75 CDL . . . FA 27 107.894 105.736 138.863 1 56.76 ? C75 CDL 201 N 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 34 _model_server_stats.query_time_ms 367 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 51 #