data_7VZV # _model_server_result.job_id V1vtSXnCtDTVPH3sdyyPMg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 17:12:29' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7vzv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"DB","auth_seq_id":402}' # _entry.id 7VZV # _exptl.entry_id 7VZV _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 863.343 _entity.id 49 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'Coenzyme Q10,(2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7VZV _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7VZV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 49 AB N N ? 49 DB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf2 T SG CYS 17 V CYS 18 1_555 T SG CYS 74 V CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 T SG CYS 94 V CYS 95 1_555 T SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf4 BA SG CYS 112 d CYS 113 1_555 BA SG CYS 124 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf5 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf6 FA SG CYS 42 h CYS 43 1_555 FA SG CYS 55 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf7 QA SG CYS 35 u CYS 36 1_555 QA SG CYS 65 u CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? disulf ? disulf8 QA SG CYS 77 u CYS 78 1_555 QA SG CYS 109 u CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf9 QA SG CYS 87 u CYS 88 1_555 QA SG CYS 99 u CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? covale ? covale1 F CB SER 44 G SER 112 1_555 BB O1 8Q1 . G 8Q1 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? covale ? covale2 P C HIS 84 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale3 P C 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 86 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 TA FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 TA FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 TA FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 TA FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 VA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 VA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 VA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 VA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 XA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 XA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 XA FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 XA FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc17 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 HB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 HB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 HB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 HB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc21 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 FB FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc22 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 FB FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 FB FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc24 L OE1 GLN 105 M GLN 133 1_555 IB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 FB FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 GB FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 GB FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc28 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 GB FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc29 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 IB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc30 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 GB FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc31 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 IB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc32 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 LB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 LB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 LB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 LB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc36 R SG CYS 59 T CYS 86 1_555 OB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc37 R NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 OB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc38 R SG CYS 84 T CYS 111 1_555 OB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? # _chem_comp.formula 'C59 H90 O4' _chem_comp.formula_weight 863.343 _chem_comp.id UQ _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7VZV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . UA 46 FMN A 1 502 502 FMN FMN . VA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . WA 45 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . XA 45 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . YA 47 PEE C 1 302 311 PEE PEE . ZA 48 PLX C 1 303 312 PLX PLX . AB 49 UQ C 1 304 501 UQ UQ . BB 50 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . CB 51 NDP J 1 401 401 NDP NDP . DB 49 UQ J 1 402 402 UQ UQ . EB 48 PLX J 1 403 202 PLX PLX . FB 45 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . GB 45 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . HB 52 FES M 1 803 803 FES FES . IB 53 MG M 1 804 805 MG MG . JB 48 PLX N 1 201 201 PLX PLX . KB 54 CDL N 1 202 202 CDL CDL . LB 52 FES O 1 301 301 FES FES . MB 47 PEE Q 1 501 718 PEE PEE . NB 47 PEE Q 1 502 401 PEE PEE . OB 55 ZN T 1 201 150 ZN ZN . PB 54 CDL V 1 201 201 CDL CDL . QB 54 CDL V 1 202 203 CDL CDL . RB 47 PEE W 1 201 202 PEE PEE . SB 50 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . TB 54 CDL a 1 201 201 CDL CDL . UB 48 PLX a 1 202 101 PLX PLX . VB 47 PEE b 1 201 720 PEE PEE . WB 48 PLX g 1 201 705 PLX PLX . XB 47 PEE j 1 201 101 PEE PEE . YB 47 PEE j 1 202 201 PEE PEE . ZB 48 PLX j 1 203 203 PLX PLX . AC 47 PEE l 1 701 207 PEE PEE . BC 54 CDL l 1 702 712 CDL CDL . CC 54 CDL l 1 703 713 CDL CDL . DC 47 PEE l 1 704 719 PEE PEE . EC 54 CDL m 1 201 101 CDL CDL . FC 54 CDL n 1 101 102 CDL CDL . GC 47 PEE r 1 501 202 PEE PEE . HC 48 PLX r 1 502 201 PLX PLX . IC 54 CDL r 1 503 714 CDL CDL . JC 54 CDL s 1 401 201 CDL CDL . KC 56 ADP w 1 401 401 ADP ADP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 UQ . . . DB 49 122.456 167.368 165.592 1 96.95 ? C1 UQ 402 J 1 HETATM 2 C C2 UQ . . . DB 49 122.381 167.303 167.125 1 101.76 ? C2 UQ 402 J 1 HETATM 3 C C3 UQ . . . DB 49 122.289 168.417 167.828 1 104.07 ? C3 UQ 402 J 1 HETATM 4 C C4 UQ . . . DB 49 122.257 169.774 167.112 1 100.77 ? C4 UQ 402 J 1 HETATM 5 C C5 UQ . . . DB 49 122.333 169.84 165.58 1 100.4 ? C5 UQ 402 J 1 HETATM 6 C C6 UQ . . . DB 49 122.427 168.727 164.874 1 98.99 ? C6 UQ 402 J 1 HETATM 7 C CM5 UQ . . . DB 49 122.302 171.206 164.877 1 95.39 ? CM5 UQ 402 J 1 HETATM 8 C CM3 UQ . . . DB 49 123.448 168.541 169.872 1 97.21 ? CM3 UQ 402 J 1 HETATM 9 C CM2 UQ . . . DB 49 123.677 165.458 167.812 1 96.79 ? CM2 UQ 402 J 1 HETATM 10 C C7 UQ . . . DB 49 122.502 168.783 163.34 1 97.57 ? C7 UQ 402 J 1 HETATM 11 C C8 UQ . . . DB 49 123.869 168.268 162.863 1 97.01 ? C8 UQ 402 J 1 HETATM 12 C C9 UQ . . . DB 49 123.765 167.274 161.69 1 97.35 ? C9 UQ 402 J 1 HETATM 13 C C10 UQ . . . DB 49 123.918 165.817 162.122 1 95.72 ? C10 UQ 402 J 1 HETATM 14 C C11 UQ . . . DB 49 124.639 167.673 160.497 1 98.87 ? C11 UQ 402 J 1 HETATM 15 C C12 UQ . . . DB 49 125.523 166.5 160.025 1 95.96 ? C12 UQ 402 J 1 HETATM 16 C C13 UQ . . . DB 49 125.244 166.221 158.535 1 98.06 ? C13 UQ 402 J 1 HETATM 17 C C14 UQ . . . DB 49 125.251 167.507 157.675 1 99.96 ? C14 UQ 402 J 1 HETATM 18 C C15 UQ . . . DB 49 124.033 167.62 156.775 1 97.02 ? C15 UQ 402 J 1 HETATM 19 C C16 UQ . . . DB 49 126.584 167.726 156.926 1 97.71 ? C16 UQ 402 J 1 HETATM 20 C C17 UQ . . . DB 49 126.487 167.138 155.49 1 98.48 ? C17 UQ 402 J 1 HETATM 21 C C18 UQ . . . DB 49 126.723 168.271 154.452 1 98.64 ? C18 UQ 402 J 1 HETATM 22 C C19 UQ . . . DB 49 126.593 167.792 152.977 1 100.28 ? C19 UQ 402 J 1 HETATM 23 C C20 UQ . . . DB 49 125.61 166.639 152.812 1 97.22 ? C20 UQ 402 J 1 HETATM 24 C C21 UQ . . . DB 49 127.972 167.51 152.326 1 99.57 ? C21 UQ 402 J 1 HETATM 25 C C22 UQ . . . DB 49 127.779 166.814 150.965 1 98.98 ? C22 UQ 402 J 1 HETATM 26 C C23 UQ . . . DB 49 128.14 167.796 149.831 1 99.27 ? C23 UQ 402 J 1 HETATM 27 C C24 UQ . . . DB 49 126.971 168.732 149.453 1 101.09 ? C24 UQ 402 J 1 HETATM 28 C C25 UQ . . . DB 49 127.293 169.644 148.274 1 97.6 ? C25 UQ 402 J 1 HETATM 29 C C26 UQ . . . DB 49 125.629 167.988 149.29 1 100.12 ? C26 UQ 402 J 1 HETATM 30 O O2 UQ . . . DB 49 122.408 166.062 167.776 1 100.56 ? O2 UQ 402 J 1 HETATM 31 O O3 UQ . . . DB 49 122.217 168.363 169.225 1 103.48 ? O3 UQ 402 J 1 HETATM 32 O O4 UQ . . . DB 49 122.174 170.77 167.742 1 97.75 ? O4 UQ 402 J 1 HETATM 33 O O1 UQ . . . DB 49 122.538 166.368 164.962 1 95.93 ? O1 UQ 402 J 1 # _model_server_stats.io_time_ms 31 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 94 _model_server_stats.query_time_ms 269 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 33 #