data_7W1T # _model_server_result.job_id mbWGC1NsYRTzGrVO8xa1bw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 17:16:26' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7w1t # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"EB","auth_seq_id":403}' # _entry.id 7W1T # _exptl.entry_id 7W1T _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 863.343 _entity.id 49 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'Coenzyme Q10,(2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7W1T _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7W1T _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 49 AB N N ? 49 EB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? disulf ? disulf2 T SG CYS 17 V CYS 18 1_555 T SG CYS 74 V CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf3 T SG CYS 94 V CYS 95 1_555 T SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf4 BA SG CYS 112 d CYS 113 1_555 BA SG CYS 124 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf5 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf6 FA SG CYS 42 h CYS 43 1_555 FA SG CYS 55 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf7 QA SG CYS 45 u CYS 46 1_555 QA SG CYS 55 u CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf8 QA SG CYS 77 u CYS 78 1_555 QA SG CYS 109 u CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf9 QA SG CYS 87 u CYS 88 1_555 QA SG CYS 99 u CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? covale ? covale1 P C HIS 84 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale2 P C 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 86 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 TA FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 TA FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 TA FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 TA FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 VA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 VA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 VA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 VA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 YA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 YA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 YA FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 YA FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc17 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 IB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 IB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 IB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 IB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc21 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 GB FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? metalc ? metalc22 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 GB FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 GB FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc24 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 GB FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 HB FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 HB FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 HB FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc28 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 JB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc29 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 HB FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc30 L O CYS 198 M CYS 226 1_555 JB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc31 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 JB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc32 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 MB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 MB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 MB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 MB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc36 R SG CYS 59 T CYS 86 1_555 NB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc37 R NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 NB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc38 R SG CYS 84 T CYS 111 1_555 NB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? # _chem_comp.formula 'C59 H90 O4' _chem_comp.formula_weight 863.343 _chem_comp.id UQ _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7W1T _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . UA 46 FMN A 1 502 502 FMN FMN . VA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . WA 45 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . XA 47 PEE B 1 303 401 PEE PEE . YA 45 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . ZA 48 970 C 1 302 501 970 970 . AB 49 UQ C 1 303 402 UQ UQ . BB 50 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . CB 47 PEE J 1 401 311 PEE PEE . DB 51 NDP J 1 402 401 NDP NDP . EB 49 UQ J 1 403 402 UQ UQ . FB 52 PLX J 1 404 202 PLX PLX . GB 45 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . HB 45 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . IB 53 FES M 1 803 803 FES FES . JB 54 MG M 1 804 805 MG MG . KB 52 PLX N 1 201 312 PLX PLX . LB 55 CDL N 1 202 202 CDL CDL . MB 53 FES O 1 301 301 FES FES . NB 56 ZN T 1 201 150 ZN ZN . OB 55 CDL V 1 201 201 CDL CDL . PB 55 CDL V 1 202 203 CDL CDL . QB 47 PEE W 1 201 202 PEE PEE . RB 50 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . SB 55 CDL a 1 201 201 CDL CDL . TB 52 PLX a 1 202 101 PLX PLX . UB 52 PLX e 1 201 201 PLX PLX . VB 47 PEE f 1 101 101 PEE PEE . WB 52 PLX g 1 201 705 PLX PLX . XB 47 PEE j 1 201 101 PEE PEE . YB 47 PEE j 1 202 201 PEE PEE . ZB 52 PLX j 1 203 203 PLX PLX . AC 55 CDL k 1 101 101 CDL CDL . BC 47 PEE l 1 701 207 PEE PEE . CC 55 CDL l 1 702 712 CDL CDL . DC 55 CDL l 1 703 713 CDL CDL . EC 47 PEE l 1 704 719 PEE PEE . FC 47 PEE l 1 705 720 PEE PEE . GC 55 CDL n 1 101 102 CDL CDL . HC 47 PEE r 1 501 202 PEE PEE . IC 52 PLX r 1 502 205 PLX PLX . JC 55 CDL r 1 503 714 CDL CDL . KC 47 PEE v 1 201 101 PEE PEE . LC 57 ADP w 1 401 401 ADP ADP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 UQ . . . EB 49 111.593 154.797 145.814 1 48.9 ? C1 UQ 403 J 1 HETATM 2 C C2 UQ . . . EB 49 111.58 154.787 147.352 1 48.9 ? C2 UQ 403 J 1 HETATM 3 C C3 UQ . . . EB 49 111.603 155.925 148.02 1 48.9 ? C3 UQ 403 J 1 HETATM 4 C C4 UQ . . . EB 49 111.644 157.257 147.263 1 48.9 ? C4 UQ 403 J 1 HETATM 5 C C5 UQ . . . EB 49 111.661 157.267 145.728 1 48.9 ? C5 UQ 403 J 1 HETATM 6 C C6 UQ . . . EB 49 111.644 156.137 145.049 1 48.9 ? C6 UQ 403 J 1 HETATM 7 C CM5 UQ . . . EB 49 111.704 158.609 144.981 1 48.9 ? CM5 UQ 403 J 1 HETATM 8 C CM3 UQ . . . EB 49 112.853 155.977 150.014 1 48.9 ? CM3 UQ 403 J 1 HETATM 9 C CM2 UQ . . . EB 49 112.741 152.846 148.042 1 48.9 ? CM2 UQ 403 J 1 HETATM 10 C C7 UQ . . . EB 49 111.653 156.21 143.508 1 48.9 ? C7 UQ 403 J 1 HETATM 11 C C8 UQ . . . EB 49 112.475 155.098 142.836 1 48.9 ? C8 UQ 403 J 1 HETATM 12 C C9 UQ . . . EB 49 113.852 155.573 142.348 1 48.9 ? C9 UQ 403 J 1 HETATM 13 C C10 UQ . . . EB 49 114.86 155.642 143.492 1 48.9 ? C10 UQ 403 J 1 HETATM 14 C C11 UQ . . . EB 49 114.366 154.77 141.152 1 48.9 ? C11 UQ 403 J 1 HETATM 15 C C12 UQ . . . EB 49 114.772 155.738 140.026 1 48.9 ? C12 UQ 403 J 1 HETATM 16 C C13 UQ . . . EB 49 115.243 154.941 138.794 1 48.9 ? C13 UQ 403 J 1 HETATM 17 C C14 UQ . . . EB 49 115.625 155.836 137.589 1 48.9 ? C14 UQ 403 J 1 HETATM 18 C C15 UQ . . . EB 49 115.25 157.295 137.773 1 48.9 ? C15 UQ 403 J 1 HETATM 19 C C16 UQ . . . EB 49 115.147 155.263 136.237 1 48.9 ? C16 UQ 403 J 1 HETATM 20 C C17 UQ . . . EB 49 115.333 156.327 135.118 1 48.9 ? C17 UQ 403 J 1 HETATM 21 C C18 UQ . . . EB 49 116.586 155.987 134.264 1 48.9 ? C18 UQ 403 J 1 HETATM 22 C C19 UQ . . . EB 49 116.251 155.593 132.796 1 48.9 ? C19 UQ 403 J 1 HETATM 23 C C20 UQ . . . EB 49 114.827 155.086 132.601 1 48.9 ? C20 UQ 403 J 1 HETATM 24 C C21 UQ . . . EB 49 117.316 154.663 132.161 1 48.9 ? C21 UQ 403 J 1 HETATM 25 C C22 UQ . . . EB 49 117.703 155.195 130.767 1 48.9 ? C22 UQ 403 J 1 HETATM 26 C C23 UQ . . . EB 49 118.2 156.652 130.88 1 48.9 ? C23 UQ 403 J 1 HETATM 27 C C24 UQ . . . EB 49 117.209 157.673 130.277 1 48.9 ? C24 UQ 403 J 1 HETATM 28 C C25 UQ . . . EB 49 117.831 159.047 130.053 1 48.9 ? C25 UQ 403 J 1 HETATM 29 C C26 UQ . . . EB 49 116.458 157.141 129.037 1 48.9 ? C26 UQ 403 J 1 HETATM 30 O O2 UQ . . . EB 49 111.534 153.57 148.049 1 48.9 ? O2 UQ 403 J 1 HETATM 31 O O3 UQ . . . EB 49 111.585 155.919 149.42 1 48.9 ? O3 UQ 403 J 1 HETATM 32 O O4 UQ . . . EB 49 111.666 158.273 147.865 1 48.9 ? O4 UQ 403 J 1 HETATM 33 O O1 UQ . . . EB 49 111.567 153.762 145.235 1 48.9 ? O1 UQ 403 J 1 # _model_server_stats.io_time_ms 22 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 101 _model_server_stats.query_time_ms 250 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 33 #