data_7W1Z # _model_server_result.job_id sTSxipiMFDHf2h3WbBCxIg _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 16:35:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7w1z # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"LC","auth_seq_id":401}' # _entry.id 7W1Z # _exptl.entry_id 7W1Z _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 427.201 _entity.id 58 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7W1Z _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7W1Z _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 58 _struct_asym.id LC _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf2 T SG CYS 17 V CYS 18 1_555 T SG CYS 74 V CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf3 BA SG CYS 112 d CYS 113 1_555 BA SG CYS 124 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf4 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 FA SG CYS 42 h CYS 43 1_555 FA SG CYS 55 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf6 QA SG CYS 45 u CYS 46 1_555 QA SG CYS 55 u CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf7 QA SG CYS 77 u CYS 78 1_555 QA SG CYS 109 u CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf8 QA SG CYS 87 u CYS 88 1_555 QA SG CYS 99 u CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? covale ? covale1 P C HIS 84 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale2 P C 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 86 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale3 V CB SER 44 X SER 112 1_555 SB O1 8Q1 . X 8Q1 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.482 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 TA FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 TA FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 TA FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 TA FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 XA FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 XA FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 XA FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 XA FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 ZA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 ZA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 ZA FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 ZA FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc17 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 JB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 JB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 JB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 JB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc21 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 HB FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc22 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 HB FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 HB FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc24 L OE1 GLN 105 M GLN 133 1_555 KB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 HB FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 IB FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 IB FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc28 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 IB FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc29 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 IB FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc30 L O VAL 200 M VAL 228 1_555 KB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc31 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 KB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc32 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 MB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 MB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 MB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 MB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc36 R SG CYS 59 T CYS 86 1_555 PB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc37 R NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 PB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc38 R SG CYS 84 T CYS 111 1_555 PB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O10 P2' _chem_comp.formula_weight 427.201 _chem_comp.id ADP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7W1Z _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . UA 46 FMN A 1 502 502 FMN FMN . VA 47 NAI A 1 503 503 NAI NAI . WA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . XA 45 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . YA 48 PEE B 1 303 401 PEE PEE . ZA 45 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . AB 48 PEE C 1 302 311 PEE PEE . BB 49 PLX C 1 303 312 PLX PLX . CB 50 UQ C 1 304 402 UQ UQ . DB 51 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . EB 52 NDP J 1 401 401 NDP NDP . FB 50 UQ J 1 402 402 UQ UQ . GB 49 PLX J 1 403 202 PLX PLX . HB 45 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . IB 45 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . JB 53 FES M 1 803 803 FES FES . KB 54 MG M 1 804 805 MG MG . LB 55 CDL N 1 201 202 CDL CDL . MB 53 FES O 1 301 301 FES FES . NB 56 970 Q 1 501 501 970 970 . OB 48 PEE Q 1 502 718 PEE PEE . PB 57 ZN T 1 201 150 ZN ZN . QB 55 CDL V 1 201 201 CDL CDL . RB 48 PEE W 1 201 202 PEE PEE . SB 51 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . TB 55 CDL a 1 201 201 CDL CDL . UB 49 PLX a 1 202 101 PLX PLX . VB 49 PLX g 1 201 705 PLX PLX . WB 55 CDL i 1 401 401 CDL CDL . XB 48 PEE j 1 201 101 PEE PEE . YB 48 PEE j 1 202 201 PEE PEE . ZB 49 PLX j 1 203 203 PLX PLX . AC 55 CDL k 1 101 101 CDL CDL . BC 55 CDL l 1 701 713 CDL CDL . CC 48 PEE l 1 702 719 PEE PEE . DC 48 PEE l 1 703 720 PEE PEE . EC 55 CDL o 1 201 203 CDL CDL . FC 48 PEE r 1 501 202 PEE PEE . GC 49 PLX r 1 502 205 PLX PLX . HC 49 PLX r 1 503 201 PLX PLX . IC 55 CDL r 1 504 714 CDL CDL . JC 55 CDL s 1 401 201 CDL CDL . KC 55 CDL u 1 201 102 CDL CDL . LC 58 ADP w 1 401 401 ADP ADP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB ADP . . . LC 58 196.947 138.574 175.146 0.6 47.94 ? PB ADP 401 w 1 HETATM 2 O O1B ADP . . . LC 58 196.432 138.326 173.761 0.6 40.07 ? O1B ADP 401 w 1 HETATM 3 O O2B ADP . . . LC 58 196.44 137.48 176.078 0.6 38.11 ? O2B ADP 401 w 1 HETATM 4 O O3B ADP . . . LC 58 198.452 138.56 175.125 0.6 38.63 ? O3B ADP 401 w 1 HETATM 5 P PA ADP . . . LC 58 195.425 141.038 174.817 0.6 37.67 ? PA ADP 401 w 1 HETATM 6 O O1A ADP . . . LC 58 194.388 140.224 174.103 0.6 40.24 ? O1A ADP 401 w 1 HETATM 7 O O2A ADP . . . LC 58 194.728 141.993 175.745 0.6 36.5 ? O2A ADP 401 w 1 HETATM 8 O O3A ADP . . . LC 58 196.417 140.031 175.687 0.6 36.95 ? O3A ADP 401 w 1 HETATM 9 O O5' ADP . . . LC 58 196.311 141.9 173.727 0.6 38.45 ? O5' ADP 401 w 1 HETATM 10 C C5' ADP . . . LC 58 197.572 142.391 174.122 0.6 36.75 ? C5' ADP 401 w 1 HETATM 11 C C4' ADP . . . LC 58 197.563 143.926 174.02 0.6 37.88 ? C4' ADP 401 w 1 HETATM 12 O O4' ADP . . . LC 58 196.875 144.387 172.63 0.6 40.58 ? O4' ADP 401 w 1 HETATM 13 C C3' ADP . . . LC 58 196.872 144.44 174.991 0.6 37.19 ? C3' ADP 401 w 1 HETATM 14 O O3' ADP . . . LC 58 197.673 145.506 175.676 0.6 36.77 ? O3' ADP 401 w 1 HETATM 15 C C2' ADP . . . LC 58 195.612 145.073 174.342 0.6 35.44 ? C2' ADP 401 w 1 HETATM 16 O O2' ADP . . . LC 58 195.3 146.223 174.967 0.6 39.19 ? O2' ADP 401 w 1 HETATM 17 C C1' ADP . . . LC 58 196.063 145.374 172.923 0.6 37.75 ? C1' ADP 401 w 1 HETATM 18 N N9 ADP . . . LC 58 194.903 145.387 171.975 0.6 36.93 ? N9 ADP 401 w 1 HETATM 19 C C8 ADP . . . LC 58 194.396 144.334 171.377 0.6 37.11 ? C8 ADP 401 w 1 HETATM 20 N N7 ADP . . . LC 58 193.38 144.721 170.602 0.6 34.1 ? N7 ADP 401 w 1 HETATM 21 C C5 ADP . . . LC 58 193.248 146.052 170.71 0.6 36.6 ? C5 ADP 401 w 1 HETATM 22 C C6 ADP . . . LC 58 192.362 147.009 170.133 0.6 33.94 ? C6 ADP 401 w 1 HETATM 23 N N6 ADP . . . LC 58 191.304 146.598 169.192 0.6 33.08 ? N6 ADP 401 w 1 HETATM 24 N N1 ADP . . . LC 58 192.514 148.288 170.472 0.6 35.71 ? N1 ADP 401 w 1 HETATM 25 C C2 ADP . . . LC 58 193.457 148.677 171.318 0.6 33.73 ? C2 ADP 401 w 1 HETATM 26 N N3 ADP . . . LC 58 194.303 147.805 171.872 0.6 36.92 ? N3 ADP 401 w 1 HETATM 27 C C4 ADP . . . LC 58 194.219 146.489 171.586 0.6 37.46 ? C4 ADP 401 w 1 # _model_server_stats.io_time_ms 132 _model_server_stats.parse_time_ms 30 _model_server_stats.create_model_time_ms 273 _model_server_stats.query_time_ms 1063 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 27 #