data_7W2K # _model_server_result.job_id 5z2S4B1J8IKPlSbfnqm9vw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 12:23:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7w2k # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"BC","auth_seq_id":402}' # _entry.id 7W2K # _exptl.entry_id 7W2K _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 863.343 _entity.id 56 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'Coenzyme Q10,(2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7W2K _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7W2K _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 56 _struct_asym.id BC _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf2 T SG CYS 94 V CYS 95 1_555 T SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf3 BA SG CYS 112 d CYS 113 1_555 BA SG CYS 124 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf4 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 FA SG CYS 42 h CYS 43 1_555 FA SG CYS 55 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf6 RA SG CYS 69 v CYS 69 1_555 RA SG CYS 80 v CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? covale ? covale1 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 ZA S1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? covale ? covale2 F CB SER 44 G SER 112 1_555 CB O1 8Q1 . G 8Q1 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.548 ? covale ? covale3 P C HIS 84 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale4 P C 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 86 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 352 A CYS 379 1_555 TA FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 355 A CYS 382 1_555 TA FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 358 A CYS 385 1_555 TA FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 398 A CYS 425 1_555 TA FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 XA FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 XA FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 XA FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 XA FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 ZA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 ZA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 ZA FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 ZA FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc17 ZA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 P NE2 HIS 190 Q HIS 223 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 GB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 GB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 GB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc21 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 GB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc22 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 EB FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 EB FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc24 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 EB FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc25 L OE1 GLN 105 M GLN 133 1_555 HB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 EB FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 FB FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc28 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 FB FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc29 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 FB FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc30 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 FB FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc31 L O VAL 200 M VAL 228 1_555 HB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc32 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 HB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 IB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 IB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 IB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc36 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 IB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc37 R SG CYS 59 T CYS 86 1_555 KB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc38 R NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 KB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc39 R SG CYS 84 T CYS 111 1_555 KB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? # _chem_comp.formula 'C59 H90 O4' _chem_comp.formula_weight 863.343 _chem_comp.id UQ _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7W2K _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . UA 46 FMN A 1 502 502 FMN FMN . VA 47 NAI A 1 503 503 NAI NAI . WA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . XA 45 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . YA 48 PEE B 1 303 401 PEE PEE . ZA 45 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . AB 48 PEE C 1 302 311 PEE PEE . BB 49 PLX C 1 303 312 PLX PLX . CB 50 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . DB 51 NDP J 1 401 401 NDP NDP . EB 45 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . FB 45 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . GB 52 FES M 1 803 803 FES FES . HB 53 MG M 1 804 805 MG MG . IB 52 FES O 1 301 301 FES FES . JB 48 PEE Q 1 501 718 PEE PEE . KB 54 ZN T 1 201 150 ZN ZN . LB 50 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . MB 55 CDL a 1 201 201 CDL CDL . NB 49 PLX a 1 202 101 PLX PLX . OB 48 PEE b 1 201 720 PEE PEE . PB 49 PLX e 1 201 201 PLX PLX . QB 49 PLX g 1 201 705 PLX PLX . RB 55 CDL i 1 401 401 CDL CDL . SB 48 PEE j 1 201 101 PEE PEE . TB 49 PLX j 1 202 203 PLX PLX . UB 55 CDL l 1 701 712 CDL CDL . VB 55 CDL l 1 702 713 CDL CDL . WB 48 PEE l 1 703 719 PEE PEE . XB 48 PEE r 1 501 202 PEE PEE . YB 49 PLX r 1 502 205 PLX PLX . ZB 55 CDL r 1 503 714 CDL CDL . AC 48 PEE s 1 401 202 PEE PEE . BC 56 UQ s 1 402 403 UQ UQ . CC 55 CDL u 1 201 102 CDL CDL . DC 57 ADP w 1 401 401 ADP ADP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 UQ . . . BC 56 119.07 127.581 144.775 1 39.74 ? C1 UQ 402 s 1 HETATM 2 C C2 UQ . . . BC 56 119.801 127.02 146.005 1 43.64 ? C2 UQ 402 s 1 HETATM 3 C C3 UQ . . . BC 56 120.707 127.751 146.626 1 44.51 ? C3 UQ 402 s 1 HETATM 4 C C4 UQ . . . BC 56 121.024 129.164 146.119 1 45.22 ? C4 UQ 402 s 1 HETATM 5 C C5 UQ . . . BC 56 120.292 129.725 144.892 1 40.31 ? C5 UQ 402 s 1 HETATM 6 C C6 UQ . . . BC 56 119.387 128.998 144.272 1 33.9 ? C6 UQ 402 s 1 HETATM 7 C CM5 UQ . . . BC 56 120.608 131.138 144.383 1 38.66 ? CM5 UQ 402 s 1 HETATM 8 C CM3 UQ . . . BC 56 120.795 127.608 148.969 1 41.97 ? CM3 UQ 402 s 1 HETATM 9 C CM2 UQ . . . BC 56 120.359 124.749 145.914 1 42.78 ? CM2 UQ 402 s 1 HETATM 10 C C7 UQ . . . BC 56 118.673 129.573 143.041 1 37.73 ? C7 UQ 402 s 1 HETATM 11 C C8 UQ . . . BC 56 117.163 129.702 143.274 1 41.72 ? C8 UQ 402 s 1 HETATM 12 C C9 UQ . . . BC 56 116.372 129.511 141.967 1 39.52 ? C9 UQ 402 s 1 HETATM 13 C C10 UQ . . . BC 56 116.798 128.255 141.208 1 39.83 ? C10 UQ 402 s 1 HETATM 14 C C11 UQ . . . BC 56 116.384 130.781 141.111 1 36.69 ? C11 UQ 402 s 1 HETATM 15 C C12 UQ . . . BC 56 116.504 130.452 139.61 1 37.13 ? C12 UQ 402 s 1 HETATM 16 C C13 UQ . . . BC 56 116.1 131.694 138.792 1 41.57 ? C13 UQ 402 s 1 HETATM 17 C C14 UQ . . . BC 56 115.628 131.357 137.358 1 40.06 ? C14 UQ 402 s 1 HETATM 18 C C15 UQ . . . BC 56 116.608 130.464 136.615 1 38.45 ? C15 UQ 402 s 1 HETATM 19 C C16 UQ . . . BC 56 115.249 132.618 136.552 1 38.3 ? C16 UQ 402 s 1 HETATM 20 C C17 UQ . . . BC 56 113.818 132.461 135.964 1 40.76 ? C17 UQ 402 s 1 HETATM 21 C C18 UQ . . . BC 56 113.862 131.571 134.691 1 42.83 ? C18 UQ 402 s 1 HETATM 22 C C19 UQ . . . BC 56 113.542 132.347 133.381 1 42.56 ? C19 UQ 402 s 1 HETATM 23 C C20 UQ . . . BC 56 113.751 133.853 133.494 1 39.49 ? C20 UQ 402 s 1 HETATM 24 C C21 UQ . . . BC 56 112.159 131.976 132.787 1 40.44 ? C21 UQ 402 s 1 HETATM 25 O O2 UQ . . . BC 56 119.512 125.728 146.463 1 45.61 ? O2 UQ 402 s 1 HETATM 26 O O3 UQ . . . BC 56 121.376 127.243 147.746 1 45.8 ? O3 UQ 402 s 1 HETATM 27 O O4 UQ . . . BC 56 121.834 129.822 146.674 1 51.18 ? O4 UQ 402 s 1 HETATM 28 O O1 UQ . . . BC 56 118.257 126.925 144.219 1 43.66 ? O1 UQ 402 s 1 # _model_server_stats.io_time_ms 36 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 104 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 28 #