data_7W4E # _model_server_result.job_id ZmSjGN6oAVXJn3R2A6eILQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-10 23:29:25' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7w4e # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"LB","auth_seq_id":501}' # _entry.id 7W4E # _exptl.entry_id 7W4E _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 250.29 _entity.id 56 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description UBIQUINONE-1 _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7W4E _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7W4E _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 56 _struct_asym.id LB _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf2 T SG CYS 17 V CYS 18 1_555 T SG CYS 74 V CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 T SG CYS 94 V CYS 95 1_555 T SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf4 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 FA SG CYS 42 h CYS 43 1_555 FA SG CYS 55 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf6 QA SG CYS 45 u CYS 46 1_555 QA SG CYS 55 u CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf7 QA SG CYS 77 u CYS 78 1_555 QA SG CYS 109 u CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf8 QA SG CYS 87 u CYS 88 1_555 QA SG CYS 99 u CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? covale ? covale1 F CB SER 44 G SER 112 1_555 CB O1 8Q1 . G 8Q1 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? covale ? covale2 P C HIS 84 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale3 P C 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 86 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 TA FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 TA FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 TA FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 TA FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 XA FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 XA FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 XA FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 XA FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 ZA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 ZA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 ZA FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 ZA FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc17 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 IB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 IB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 IB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 IB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc21 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 GB FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc22 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 GB FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 GB FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc24 L OE1 GLN 105 M GLN 133 1_555 JB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? metalc ? metalc25 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 GB FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 HB FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 HB FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc28 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 HB FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc29 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 JB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc30 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 HB FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc31 L O VAL 200 M VAL 228 1_555 JB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? metalc ? metalc32 L O LEU 203 M LEU 231 1_555 JB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 KB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 KB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 KB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc36 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 KB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc37 R SG CYS 59 T CYS 86 1_555 OB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc38 R NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 OB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc39 R SG CYS 84 T CYS 111 1_555 OB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? # _chem_comp.formula 'C14 H18 O4' _chem_comp.formula_weight 250.29 _chem_comp.id UQ1 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name UBIQUINONE-1 _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7W4E _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . UA 46 FMN A 1 502 502 FMN FMN . VA 47 NAI A 1 503 503 NAI NAI . WA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . XA 45 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . YA 48 PEE B 1 303 401 PEE PEE . ZA 45 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . AB 49 PLX C 1 302 312 PLX PLX . BB 50 UQ C 1 303 402 UQ UQ . CB 51 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . DB 52 NDP J 1 401 401 NDP NDP . EB 50 UQ J 1 402 402 UQ UQ . FB 53 CDL J 1 403 201 CDL CDL . GB 45 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . HB 45 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . IB 54 FES M 1 803 803 FES FES . JB 55 MG M 1 804 805 MG MG . KB 54 FES O 1 301 301 FES FES . LB 56 UQ1 Q 1 501 501 UQ1 UQ1 . MB 48 PEE Q 1 502 718 PEE PEE . NB 53 CDL S 1 101 202 CDL CDL . OB 57 ZN T 1 201 150 ZN ZN . PB 53 CDL V 1 201 201 CDL CDL . QB 53 CDL V 1 202 203 CDL CDL . RB 48 PEE V 1 203 207 PEE PEE . SB 53 CDL V 1 204 101 CDL CDL . TB 48 PEE W 1 201 202 PEE PEE . UB 51 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . VB 53 CDL a 1 201 201 CDL CDL . WB 49 PLX a 1 202 101 PLX PLX . XB 49 PLX g 1 201 705 PLX PLX . YB 48 PEE j 1 201 311 PEE PEE . ZB 49 PLX j 1 202 202 PLX PLX . AC 53 CDL l 1 701 712 CDL CDL . BC 53 CDL l 1 702 713 CDL CDL . CC 48 PEE l 1 703 719 PEE PEE . DC 48 PEE l 1 704 720 PEE PEE . EC 49 PLX m 1 201 203 PLX PLX . FC 48 PEE r 1 501 202 PEE PEE . GC 49 PLX r 1 502 205 PLX PLX . HC 49 PLX r 1 503 201 PLX PLX . IC 53 CDL r 1 504 714 CDL CDL . JC 48 PEE s 1 401 101 PEE PEE . KC 48 PEE s 1 402 201 PEE PEE . LC 53 CDL u 1 201 102 CDL CDL . MC 58 ADP w 1 401 401 ADP ADP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 UQ1 . . . LB 56 129.361 118.87 174.532 1 26.1 ? C1 UQ1 501 Q 1 HETATM 2 O O1 UQ1 . . . LB 56 129.549 118.888 173.364 1 25.86 ? O1 UQ1 501 Q 1 HETATM 3 C C2 UQ1 . . . LB 56 130.137 117.848 175.358 1 25.03 ? C2 UQ1 501 Q 1 HETATM 4 O O2 UQ1 . . . LB 56 131.024 116.98 174.721 1 21.99 ? O2 UQ1 501 Q 1 HETATM 5 C CM2 UQ1 . . . LB 56 130.385 115.909 174.099 1 22.62 ? CM2 UQ1 501 Q 1 HETATM 6 C C3 UQ1 . . . LB 56 129.978 117.779 176.661 1 23.2 ? C3 UQ1 501 Q 1 HETATM 7 O O3 UQ1 . . . LB 56 130.686 116.843 177.418 1 32.55 ? O3 UQ1 501 Q 1 HETATM 8 C CM3 UQ1 . . . LB 56 129.936 115.712 177.761 1 15.93 ? CM3 UQ1 501 Q 1 HETATM 9 C C4 UQ1 . . . LB 56 129.009 118.728 177.348 1 24.33 ? C4 UQ1 501 Q 1 HETATM 10 O O4 UQ1 . . . LB 56 128.859 118.677 178.52 1 26.08 ? O4 UQ1 501 Q 1 HETATM 11 C C5 UQ1 . . . LB 56 128.232 119.75 176.528 1 21.6 ? C5 UQ1 501 Q 1 HETATM 12 C CM5 UQ1 . . . LB 56 127.279 120.686 177.261 1 26.28 ? CM5 UQ1 501 Q 1 HETATM 13 C C6 UQ1 . . . LB 56 128.382 119.833 175.219 1 16.67 ? C6 UQ1 501 Q 1 HETATM 14 C C7 UQ1 . . . LB 56 127.552 120.896 174.479 1 19.42 ? C7 UQ1 501 Q 1 HETATM 15 C C8 UQ1 . . . LB 56 127.475 120.764 172.956 1 21.9 ? C8 UQ1 501 Q 1 HETATM 16 C C9 UQ1 . . . LB 56 126.306 119.944 172.406 1 18.94 ? C9 UQ1 501 Q 1 HETATM 17 C C10 UQ1 . . . LB 56 125.273 120.778 171.659 1 22.51 ? C10 UQ1 501 Q 1 HETATM 18 C C11 UQ1 . . . LB 56 125.671 118.973 173.394 1 20.73 ? C11 UQ1 501 Q 1 # _model_server_stats.io_time_ms 37 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 89 _model_server_stats.query_time_ms 259 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 18 #