data_7W4M # _model_server_result.job_id UoqQIiP82BaQbDVNHz2OMQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 01:31:31' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7w4m # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"EB","auth_seq_id":802}' # _entry.id 7W4M # _exptl.entry_id 7W4M _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 45 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7W4M _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7W4M _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 45 TA N N ? 45 WA N N ? 45 XA N N ? 45 YA N N ? 45 DB N N ? 45 EB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 11 F CYS 24 1_555 E SG CYS 45 F CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf2 T SG CYS 94 V CYS 95 1_555 T SG CYS 114 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.803 ? disulf ? disulf3 BA SG CYS 112 d CYS 113 1_555 BA SG CYS 124 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf4 FA SG CYS 32 h CYS 33 1_555 FA SG CYS 65 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 FA SG CYS 42 h CYS 43 1_555 FA SG CYS 55 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf6 QA SG CYS 87 u CYS 88 1_555 QA SG CYS 99 u CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf7 RA SG CYS 68 v CYS 69 1_555 RA SG CYS 79 v CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? covale ? covale1 P C HIS 84 Q HIS 117 1_555 P N 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale2 P C 2MR 85 Q 2MR 118 1_555 P N GLY 86 Q GLY 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 354 A CYS 379 1_555 TA FE4 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 357 A CYS 382 1_555 TA FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 360 A CYS 385 1_555 TA FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 400 A CYS 425 1_555 TA FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 77 B CYS 113 1_555 WA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 80 B CYS 116 1_555 WA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 83 B CYS 119 1_555 WA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 87 B CYS 123 1_555 XA FE1 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc9 B SG CYS 116 B CYS 152 1_555 XA FE2 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc10 B SG CYS 119 B CYS 155 1_555 XA FE4 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 122 B CYS 158 1_555 XA FE3 SF4 . B SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 126 B CYS 162 1_555 WA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 31 C CYS 71 1_555 YA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 32 C CYS 72 1_555 YA FE2 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 96 C CYS 136 1_555 YA FE4 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 126 C CYS 166 1_555 YA FE1 SF4 . C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc17 YA FE3 SF4 . C SF4 301 1_555 P NE2 HIS 190 Q HIS 223 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc18 L SG CYS 36 M CYS 64 1_555 FB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc19 L SG CYS 47 M CYS 75 1_555 FB FE2 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc20 L SG CYS 50 M CYS 78 1_555 FB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc21 L SG CYS 64 M CYS 92 1_555 FB FE1 FES . M FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc22 L NE2 HIS 96 M HIS 124 1_555 DB FE3 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? metalc ? metalc23 L SG CYS 100 M CYS 128 1_555 DB FE2 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc24 L SG CYS 103 M CYS 131 1_555 DB FE1 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc25 L OE1 GLN 105 M GLN 133 1_555 GB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? metalc ? metalc26 L SG CYS 109 M CYS 137 1_555 DB FE4 SF4 . M SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc27 L SG CYS 148 M CYS 176 1_555 EB FE4 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc28 L SG CYS 151 M CYS 179 1_555 EB FE1 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc29 L SG CYS 154 M CYS 182 1_555 EB FE3 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc30 L O ILE 195 M ILE 223 1_555 GB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? metalc ? metalc31 L SG CYS 198 M CYS 226 1_555 EB FE2 SF4 . M SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc32 L O CYS 198 M CYS 226 1_555 GB MG MG . M MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? metalc ? metalc33 N SG CYS 103 O CYS 135 1_555 HB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc34 N SG CYS 108 O CYS 140 1_555 HB FE1 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc35 N SG CYS 144 O CYS 176 1_555 HB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc36 N SG CYS 148 O CYS 180 1_555 HB FE2 FES . O FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc37 R SG CYS 59 T CYS 86 1_555 JB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc38 R NE2 HIS 68 T HIS 95 1_555 JB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc39 R SG CYS 84 T CYS 111 1_555 JB ZN ZN . T ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7W4M _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 A 1 501 501 SF4 SF4 . UA 46 FMN A 1 502 502 FMN FMN . VA 47 NAI A 1 503 503 NAI NAI . WA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . XA 45 SF4 B 1 302 302 SF4 SF4 . YA 45 SF4 C 1 301 301 SF4 SF4 . ZA 48 PLX C 1 302 312 PLX PLX . AB 49 8Q1 G 1 201 201 8Q1 8Q1 . BB 50 CDL I 1 201 202 CDL CDL . CB 51 NDP J 1 401 401 NDP NDP . DB 45 SF4 M 1 801 801 SF4 SF4 . EB 45 SF4 M 1 802 802 SF4 SF4 . FB 52 FES M 1 803 803 FES FES . GB 53 MG M 1 804 805 MG MG . HB 52 FES O 1 301 301 FES FES . IB 54 PEE Q 1 501 401 PEE PEE . JB 55 ZN T 1 201 150 ZN ZN . KB 54 PEE U 1 101 101 PEE PEE . LB 49 8Q1 X 1 201 201 8Q1 8Q1 . MB 50 CDL a 1 201 201 CDL CDL . NB 48 PLX a 1 202 101 PLX PLX . OB 54 PEE b 1 201 720 PEE PEE . PB 48 PLX g 1 201 705 PLX PLX . QB 50 CDL g 1 202 714 CDL CDL . RB 50 CDL i 1 401 401 CDL CDL . SB 54 PEE i 1 402 718 PEE PEE . TB 54 PEE j 1 201 311 PEE PEE . UB 48 PLX j 1 202 203 PLX PLX . VB 54 PEE l 1 701 719 PEE PEE . WB 54 PEE m 1 201 202 PEE PEE . XB 54 PEE r 1 501 202 PEE PEE . YB 48 PLX r 1 502 201 PLX PLX . ZB 56 UQ s 1 401 403 UQ UQ . AC 57 ADP w 1 401 401 ADP ADP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . EB 45 108.465 107.003 235.201 1 32.39 ? FE1 SF4 802 M 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . EB 45 107.065 108.39 233.31 1 9.8 ? FE2 SF4 802 M 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . EB 45 106.119 108.235 235.869 1 17.11 ? FE3 SF4 802 M 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . EB 45 106.092 106.023 234.264 1 11.41 ? FE4 SF4 802 M 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . EB 45 104.924 107.952 233.948 1 22.04 ? S1 SF4 802 M 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . EB 45 106.763 106.127 236.437 1 14.17 ? S2 SF4 802 M 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . EB 45 108.008 106.331 233.075 1 13.56 ? S3 SF4 802 M 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . EB 45 108.042 109.24 235.182 1 20.44 ? S4 SF4 802 M 1 # _model_server_stats.io_time_ms 31 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 69 _model_server_stats.query_time_ms 254 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 8 #