data_7W85 # _model_server_result.job_id eRU_bS46X0zwjlRGUnuWlQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 17:28:46' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7w85 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"NB","auth_seq_id":502}' # _entry.id 7W85 # _exptl.entry_id 7W85 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 58.693 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'NICKEL (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 42 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7W85 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7W85 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 24-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 24 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 Y N N ? 2 Z N N ? 2 AA N N ? 2 BA N N ? 2 CA N N ? 2 DA N N ? 2 EA N N ? 2 FA N N ? 2 GA N N ? 2 HA N N ? 2 IA N N ? 2 JA N N ? 2 KA N N ? 2 LA N N ? 2 MA N N ? 2 NA N N ? 2 OA N N ? 2 PA N N ? 2 QA N N ? 2 RA N N ? 2 SA N N ? 2 TA N N ? 2 UA N N ? 2 VA N N ? 2 WA N N ? 2 XA N N ? 2 YA N N ? 2 ZA N N ? 2 AB N N ? 2 BB N N ? 2 CB N N ? 2 DB N N ? 2 EB N N ? 2 FB N N ? 2 GB N N ? 2 HB N N ? 2 IB N N ? 2 JB N N ? 2 KB N N ? 2 LB N N ? 2 MB N N ? 2 NB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLU 130 A GLU 130 1_555 Z NI NI . A NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? metalc ? metalc2 A ND1 HIS 270 A HIS 270 1_555 Z NI NI . A NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 358 A GLU 358 1_555 Z NI NI . A NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? metalc ? metalc4 B OE1 GLU 130 B GLU 130 1_555 BA NI NI . B NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc5 B ND1 HIS 270 B HIS 270 1_555 BA NI NI . B NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc6 B OE1 GLU 358 B GLU 358 1_555 BA NI NI . B NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc7 C OE1 GLU 130 C GLU 130 1_555 DA NI NI . C NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc8 C ND1 HIS 270 C HIS 270 1_555 DA NI NI . C NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc9 C OE1 GLU 358 C GLU 358 1_555 DA NI NI . C NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc10 D OE1 GLU 130 D GLU 130 1_555 FA NI NI . D NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc11 D ND1 HIS 270 D HIS 270 1_555 FA NI NI . D NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc12 D OE1 GLU 358 D GLU 358 1_555 FA NI NI . D NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc13 E OE1 GLU 130 E GLU 130 1_555 HA NI NI . E NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc14 E ND1 HIS 270 E HIS 270 1_555 HA NI NI . E NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc15 E OE1 GLU 358 E GLU 358 1_555 HA NI NI . E NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc16 F OE1 GLU 130 F GLU 130 1_555 JA NI NI . F NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc17 F ND1 HIS 270 F HIS 270 1_555 JA NI NI . F NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc18 F OE1 GLU 358 F GLU 358 1_555 JA NI NI . F NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc19 G OE1 GLU 130 G GLU 130 1_555 KA NI NI . G NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc20 G ND1 HIS 270 G HIS 270 1_555 KA NI NI . G NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc21 G OE1 GLU 358 G GLU 358 1_555 KA NI NI . G NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc22 H OE1 GLU 130 H GLU 130 1_555 MA NI NI . H NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc23 H ND1 HIS 270 H HIS 270 1_555 MA NI NI . H NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc24 H OE1 GLU 358 H GLU 358 1_555 MA NI NI . H NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? metalc ? metalc25 I NE2 HIS 5 I HIS 5 1_555 PA NI NI . I NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? metalc ? metalc26 I OE1 GLU 130 I GLU 130 1_555 OA NI NI . I NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc27 I ND1 HIS 270 I HIS 270 1_555 OA NI NI . I NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc28 I OE1 GLU 358 I GLU 358 1_555 OA NI NI . I NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? metalc ? metalc29 J OE1 GLU 130 J GLU 130 1_555 QA NI NI . J NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc30 J ND1 HIS 270 J HIS 270 1_555 QA NI NI . J NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc31 J OE1 GLU 358 J GLU 358 1_555 QA NI NI . J NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc32 K OE1 GLU 130 K GLU 130 1_555 SA NI NI . K NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc33 K ND1 HIS 270 K HIS 270 1_555 SA NI NI . K NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc34 K OE1 GLU 358 K GLU 358 1_555 SA NI NI . K NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc35 L OE1 GLU 130 L GLU 130 1_555 UA NI NI . L NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc36 L ND1 HIS 270 L HIS 270 1_555 UA NI NI . L NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc37 L OE1 GLU 358 L GLU 358 1_555 UA NI NI . L NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? metalc ? metalc38 M OE1 GLU 130 M GLU 130 1_555 WA NI NI . M NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? metalc ? metalc39 M ND1 HIS 270 M HIS 270 1_555 WA NI NI . M NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc40 M OE1 GLU 358 M GLU 358 1_555 WA NI NI . M NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? metalc ? metalc41 N OE1 GLU 130 N GLU 130 1_555 XA NI NI . N NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc42 N ND1 HIS 270 N HIS 270 1_555 XA NI NI . N NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc43 N OE1 GLU 358 N GLU 358 1_555 XA NI NI . N NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc44 O OE1 GLU 130 O GLU 130 1_555 YA NI NI . O NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc45 O ND1 HIS 270 O HIS 270 1_555 YA NI NI . O NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc46 O OE1 GLU 358 O GLU 358 1_555 YA NI NI . O NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc47 P OE1 GLU 130 P GLU 130 1_555 ZA NI NI . P NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc48 P ND1 HIS 270 P HIS 270 1_555 ZA NI NI . P NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc49 P OE1 GLU 358 P GLU 358 1_555 ZA NI NI . P NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc50 Q OE1 GLU 130 Q GLU 130 1_555 AB NI NI . Q NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc51 Q ND1 HIS 270 Q HIS 270 1_555 AB NI NI . Q NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc52 Q OE1 GLU 358 Q GLU 358 1_555 AB NI NI . Q NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc53 R OE1 GLU 130 R GLU 130 1_555 BB NI NI . R NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc54 R ND1 HIS 270 R HIS 270 1_555 BB NI NI . R NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc55 R OE1 GLU 358 R GLU 358 1_555 BB NI NI . R NI 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc56 S OE1 GLU 130 S GLU 130 1_555 DB NI NI . S NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc57 S ND1 HIS 270 S HIS 270 1_555 DB NI NI . S NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc58 S OE1 GLU 358 S GLU 358 1_555 DB NI NI . S NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc59 T OE1 GLU 130 U GLU 130 1_555 FB NI NI . U NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc60 T ND1 HIS 270 U HIS 270 1_555 FB NI NI . U NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc61 T OE1 GLU 358 U GLU 358 1_555 FB NI NI . U NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc62 U OE1 GLU 130 V GLU 130 1_555 HB NI NI . V NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc63 U ND1 HIS 270 V HIS 270 1_555 HB NI NI . V NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc64 U OE1 GLU 358 V GLU 358 1_555 HB NI NI . V NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc65 V OE1 GLU 130 W GLU 130 1_555 JB NI NI . W NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc66 V ND1 HIS 270 W HIS 270 1_555 JB NI NI . W NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc67 V OE1 GLU 358 W GLU 358 1_555 JB NI NI . W NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? metalc ? metalc68 W OE1 GLU 130 X GLU 130 1_555 LB NI NI . X NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc69 W ND1 HIS 270 X HIS 270 1_555 LB NI NI . X NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? metalc ? metalc70 W OE1 GLU 358 X GLU 358 1_555 LB NI NI . X NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc71 X OE1 GLU 130 Y GLU 130 1_555 NB NI NI . Y NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc72 X ND1 HIS 270 Y HIS 270 1_555 NB NI NI . Y NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc73 X OE1 GLU 358 Y GLU 358 1_555 NB NI NI . Y NI 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? # _chem_comp.formula 'Ni 2' _chem_comp.formula_weight 58.693 _chem_comp.id NI _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'NICKEL (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7W85 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Y 2 NI A 1 501 1 NI NI . Z 2 NI A 1 502 7 NI NI . AA 2 NI B 1 501 2 NI NI . BA 2 NI B 1 502 8 NI NI . CA 2 NI C 1 501 3 NI NI . DA 2 NI C 1 502 9 NI NI . EA 2 NI D 1 501 4 NI NI . FA 2 NI D 1 502 10 NI NI . GA 2 NI E 1 501 5 NI NI . HA 2 NI E 1 502 11 NI NI . IA 2 NI F 1 501 6 NI NI . JA 2 NI F 1 502 12 NI NI . KA 2 NI G 1 501 13 NI NI . LA 2 NI G 1 502 23 NI NI . MA 2 NI H 1 501 14 NI NI . NA 2 NI H 1 502 19 NI NI . OA 2 NI I 1 501 15 NI NI . PA 2 NI I 1 502 20 NI NI . QA 2 NI J 1 501 16 NI NI . RA 2 NI J 1 502 21 NI NI . SA 2 NI K 1 501 17 NI NI . TA 2 NI K 1 502 22 NI NI . UA 2 NI L 1 501 18 NI NI . VA 2 NI L 1 502 24 NI NI . WA 2 NI M 1 501 31 NI NI . XA 2 NI N 1 501 32 NI NI . YA 2 NI O 1 501 33 NI NI . ZA 2 NI P 1 501 34 NI NI . AB 2 NI Q 1 501 35 NI NI . BB 2 NI R 1 501 36 NI NI . CB 2 NI S 1 501 28 NI NI . DB 2 NI S 1 502 40 NI NI . EB 2 NI U 1 501 25 NI NI . FB 2 NI U 1 502 37 NI NI . GB 2 NI V 1 501 26 NI NI . HB 2 NI V 1 502 38 NI NI . IB 2 NI W 1 501 27 NI NI . JB 2 NI W 1 502 39 NI NI . KB 2 NI X 1 501 29 NI NI . LB 2 NI X 1 502 41 NI NI . MB 2 NI Y 1 501 30 NI NI . NB 2 NI Y 1 502 42 NI NI . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NI _atom_site.label_atom_id NI _atom_site.label_comp_id NI _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id NB _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 132.842 _atom_site.Cartn_y 196.212 _atom_site.Cartn_z 79.783 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 45.43 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NI _atom_site.auth_comp_id NI _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id Y _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 38 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 415 _model_server_stats.query_time_ms 346 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #