data_7WJN
#
_model_server_result.job_id            AtWY9k7UZ67nSloKqEOlXw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-03 22:50:37' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7wjn 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":1001}' 
#
_entry.id    7WJN 
#
_exptl.entry_id    7WJN 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              607.354 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7WJN 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7WJN 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 E N N 
#
_chem_comp.formula           'C17 H27 N3 O17 P2' 
_chem_comp.formula_weight    607.354 
_chem_comp.id                UD1 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1' C2' UD1 sing 356 n n 
C1' O1' UD1 sing 357 n n 
C1' O5' UD1 sing 358 n n 
C1' H1' UD1 sing 359 n n 
C2' C3' UD1 sing 360 n n 
C2' N2' UD1 sing 361 n n 
C2' H2' UD1 sing 362 n n 
C3' C4' UD1 sing 363 n n 
C3' O3' UD1 sing 364 n n 
C3' H3' UD1 sing 365 n n 
C4' C5' UD1 sing 366 n n 
C4' O4' UD1 sing 367 n n 
C4' H4' UD1 sing 368 n n 
C5' C6' UD1 sing 369 n n 
C5' O5' UD1 sing 370 n n 
C5' H5' UD1 sing 371 n n 
C6' O6' UD1 sing 372 n n 
C6' "H6'1" UD1 sing 373 n n 
C6' "H6'2" UD1 sing 374 n n 
C7' C8' UD1 sing 375 n n 
C7' N2' UD1 sing 376 n n 
C7' O7' UD1 doub 377 n n 
C8' "H8'1" UD1 sing 378 n n 
C8' "H8'2" UD1 sing 379 n n 
C8' "H8'3" UD1 sing 380 n n 
N2' HN2' UD1 sing 381 n n 
O1' PB UD1 sing 382 n n 
O3' HO3' UD1 sing 383 n n 
O4' HO4' UD1 sing 384 n n 
O6' HO6' UD1 sing 385 n n 
N1 C2 UD1 sing 386 n n 
N1 C6 UD1 sing 387 n n 
N1 C1B UD1 sing 388 n n 
C2 N3 UD1 sing 389 n n 
C2 O2 UD1 doub 390 n n 
N3 C4 UD1 sing 391 n n 
N3 HN3 UD1 sing 392 n n 
C4 C5 UD1 sing 393 n n 
C4 O4 UD1 doub 394 n n 
C5 C6 UD1 doub 395 n n 
C5 H5 UD1 sing 396 n n 
C6 H6 UD1 sing 397 n n 
C1B C2B UD1 sing 398 n n 
C1B O4B UD1 sing 399 n n 
C1B H1B UD1 sing 400 n n 
C2B O2' UD1 sing 401 n n 
C2B C3B UD1 sing 402 n n 
C2B H2B UD1 sing 403 n n 
O2' HO2' UD1 sing 404 n n 
C3B C4B UD1 sing 405 n n 
C3B O3B UD1 sing 406 n n 
C3B H3B UD1 sing 407 n n 
C4B O4B UD1 sing 408 n n 
C4B C5B UD1 sing 409 n n 
C4B H4B UD1 sing 410 n n 
O3B HO3A UD1 sing 411 n n 
C5B O5B UD1 sing 412 n n 
C5B "H5'1" UD1 sing 413 n n 
C5B "H5'2" UD1 sing 414 n n 
O5B PA UD1 sing 415 n n 
PA O1A UD1 doub 416 n n 
PA O2A UD1 sing 417 n n 
PA O3A UD1 sing 418 n n 
O2A HOA2 UD1 sing 419 n n 
O3A PB UD1 sing 420 n n 
PB O1B UD1 doub 421 n n 
PB O2B UD1 sing 422 n n 
O2B HOB2 UD1 sing 423 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7WJN 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 UD1 A 1 1001 999 UD1 UD1 . 
D 3 MN A 1 1002 999 MN MN . 
E 2 UD1 B 1 1001 999 UD1 UD1 . 
F 3 MN B 1 1002 999 MN MN . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1' UD1 . . . C 2 20.546 6.785 13.423 1 46.45 ? C1' UD1 1001 A 1 
HETATM 2 C C2' UD1 . . . C 2 19.254 6.065 13.773 1 46.45 ? C2' UD1 1001 A 1 
HETATM 3 C C3' UD1 . . . C 2 19.435 5.317 15.09 1 46.45 ? C3' UD1 1001 A 1 
HETATM 4 C C4' UD1 . . . C 2 20.626 4.376 14.988 1 46.45 ? C4' UD1 1001 A 1 
HETATM 5 C C5' UD1 . . . C 2 21.883 5.142 14.576 1 46.45 ? C5' UD1 1001 A 1 
HETATM 6 C C6' UD1 . . . C 2 23.044 4.213 14.292 1 46.45 ? C6' UD1 1001 A 1 
HETATM 7 C C7' UD1 . . . C 2 16.881 6.66 13.61 1 46.45 ? C7' UD1 1001 A 1 
HETATM 8 C C8' UD1 . . . C 2 15.857 7.749 13.757 1 46.45 ? C8' UD1 1001 A 1 
HETATM 9 N N2' UD1 . . . C 2 18.147 7.003 13.866 1 46.45 ? N2' UD1 1001 A 1 
HETATM 10 O O1' UD1 . . . C 2 20.743 7.768 14.433 1 46.45 ? O1' UD1 1001 A 1 
HETATM 11 O O3' UD1 . . . C 2 18.26 4.565 15.368 1 46.45 ? O3' UD1 1001 A 1 
HETATM 12 O O4' UD1 . . . C 2 20.854 3.72 16.232 1 46.45 ? O4' UD1 1001 A 1 
HETATM 13 O O5' UD1 . . . C 2 21.642 5.886 13.362 1 46.45 ? O5' UD1 1001 A 1 
HETATM 14 O O6' UD1 . . . C 2 24.169 4.919 13.786 1 46.45 ? O6' UD1 1001 A 1 
HETATM 15 O O7' UD1 . . . C 2 16.578 5.527 13.254 1 46.45 ? O7' UD1 1001 A 1 
HETATM 16 N N1 UD1 . . . C 2 17.812 10.834 21.075 1 46.45 ? N1 UD1 1001 A 1 
HETATM 17 C C2 UD1 . . . C 2 17.017 11.31 22.093 1 46.45 ? C2 UD1 1001 A 1 
HETATM 18 N N3 UD1 . . . C 2 15.801 10.705 22.212 1 46.45 ? N3 UD1 1001 A 1 
HETATM 19 C C4 UD1 . . . C 2 15.309 9.682 21.432 1 46.45 ? C4 UD1 1001 A 1 
HETATM 20 C C5 UD1 . . . C 2 16.194 9.233 20.399 1 46.45 ? C5 UD1 1001 A 1 
HETATM 21 C C6 UD1 . . . C 2 17.398 9.81 20.257 1 46.45 ? C6 UD1 1001 A 1 
HETATM 22 O O2 UD1 . . . C 2 17.367 12.215 22.835 1 46.45 ? O2 UD1 1001 A 1 
HETATM 23 O O4 UD1 . . . C 2 14.178 9.228 21.659 1 46.45 ? O4 UD1 1001 A 1 
HETATM 24 C C1B UD1 . . . C 2 19.132 11.466 20.913 1 46.45 ? C1B UD1 1001 A 1 
HETATM 25 C C2B UD1 . . . C 2 20.142 10.6 20.15 1 46.45 ? C2B UD1 1001 A 1 
HETATM 26 O O2' UD1 . . . C 2 20.995 9.926 21.068 1 46.45 ? O2' UD1 1001 A 1 
HETATM 27 C C3B UD1 . . . C 2 20.886 11.66 19.343 1 46.45 ? C3B UD1 1001 A 1 
HETATM 28 C C4B UD1 . . . C 2 19.758 12.609 18.975 1 46.45 ? C4B UD1 1001 A 1 
HETATM 29 O O4B UD1 . . . C 2 18.961 12.669 20.172 1 46.45 ? O4B UD1 1001 A 1 
HETATM 30 O O3B UD1 . . . C 2 21.827 12.318 20.18 1 46.45 ? O3B UD1 1001 A 1 
HETATM 31 C C5B UD1 . . . C 2 18.89 12.139 17.835 1 46.45 ? C5B UD1 1001 A 1 
HETATM 32 O O5B UD1 . . . C 2 19.659 11.251 16.996 1 46.45 ? O5B UD1 1001 A 1 
HETATM 33 P PA UD1 . . . C 2 19.031 9.919 16.417 1 46.45 ? PA UD1 1001 A 1 
HETATM 34 O O1A UD1 . . . C 2 17.561 9.86 16.556 1 46.45 ? O1A UD1 1001 A 1 
HETATM 35 O O2A UD1 . . . C 2 19.785 8.743 17.011 1 46.45 ? O2A UD1 1001 A 1 
HETATM 36 O O3A UD1 . . . C 2 19.449 9.998 14.889 1 46.45 ? O3A UD1 1001 A 1 
HETATM 37 P PB UD1 . . . C 2 20.392 9.191 13.89 1 46.45 ? PB UD1 1001 A 1 
HETATM 38 O O1B UD1 . . . C 2 19.736 9.173 12.568 1 46.45 ? O1B UD1 1001 A 1 
HETATM 39 O O2B UD1 . . . C 2 21.706 9.957 13.829 1 46.45 ? O2B UD1 1001 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              11 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    39 
_model_server_stats.query_time_ms           312 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           39 
#