data_7WLZ # _model_server_result.job_id C-gQIjIdXxD1_EG2bxHIXA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 06:40:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7wlz # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":1307}' # _entry.id 7WLZ # _exptl.entry_id 7WLZ _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 27 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7WLZ _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7WLZ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 H N N ? 4 I N N ? 4 J N N ? 4 K N N ? 4 L N N ? 4 M N N ? 4 N N N ? 4 O N N ? 4 P N N ? 4 Q N N ? 4 R N N ? 4 S N N ? 4 T N N ? 4 U N N ? 4 V N N ? 4 W N N ? 4 X N N ? 4 Y N N ? 4 Z N N ? 4 AA N N ? 4 BA N N ? 4 CA N N ? 4 DA N N ? 4 EA N N ? 4 FA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 129 A CYS 131 1_555 A SG CYS 161 A CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 288 A CYS 291 1_555 A SG CYS 298 A CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 333 A CYS 336 1_555 A SG CYS 358 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 376 A CYS 379 1_555 A SG CYS 429 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 388 A CYS 391 1_555 A SG CYS 522 A CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 535 A CYS 538 1_555 A SG CYS 587 A CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 614 A CYS 617 1_555 A SG CYS 646 A CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 659 A CYS 662 1_555 A SG CYS 668 A CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 735 A CYS 738 1_555 A SG CYS 757 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf10 A SG CYS 740 A CYS 743 1_555 A SG CYS 746 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf11 A SG CYS 1029 A CYS 1032 1_555 A SG CYS 1040 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf12 A SG CYS 1079 A CYS 1082 1_555 A SG CYS 1123 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 129 B CYS 131 1_555 B SG CYS 161 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 288 B CYS 291 1_555 B SG CYS 298 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 333 B CYS 336 1_555 B SG CYS 358 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 376 B CYS 379 1_555 B SG CYS 429 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? disulf ? disulf17 B SG CYS 388 B CYS 391 1_555 B SG CYS 522 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf18 B SG CYS 477 B CYS 480 1_555 B SG CYS 485 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? disulf ? disulf19 B SG CYS 535 B CYS 538 1_555 B SG CYS 587 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf20 B SG CYS 614 B CYS 617 1_555 B SG CYS 646 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf21 B SG CYS 659 B CYS 662 1_555 B SG CYS 668 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf22 B SG CYS 735 B CYS 738 1_555 B SG CYS 757 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf23 B SG CYS 740 B CYS 743 1_555 B SG CYS 746 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf24 B SG CYS 1029 B CYS 1032 1_555 B SG CYS 1040 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf25 B SG CYS 1079 B CYS 1082 1_555 B SG CYS 1123 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf26 C SG CYS 129 C CYS 131 1_555 C SG CYS 161 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf27 C SG CYS 288 C CYS 291 1_555 C SG CYS 298 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf28 C SG CYS 535 C CYS 538 1_555 C SG CYS 587 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf29 C SG CYS 614 C CYS 617 1_555 C SG CYS 646 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf30 C SG CYS 659 C CYS 662 1_555 C SG CYS 668 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf31 C SG CYS 735 C CYS 738 1_555 C SG CYS 757 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf32 C SG CYS 740 C CYS 743 1_555 C SG CYS 746 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? disulf ? disulf33 C SG CYS 1029 C CYS 1032 1_555 C SG CYS 1040 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf34 C SG CYS 1079 C CYS 1082 1_555 C SG CYS 1123 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf35 D SG CYS 22 P CYS 22 1_555 D SG CYS 96 P CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf36 E SG CYS 23 O CYS 23 1_555 E SG CYS 93 O CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 279 A ASN 282 1_555 F C1 NAG . A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 328 A ASN 331 1_555 H C1 NAG . A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 613 A ASN 616 1_555 I C1 NAG . A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 706 A ASN 709 1_555 J C1 NAG . A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale5 A ND2 ASN 714 A ASN 717 1_555 K C1 NAG . A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale6 A ND2 ASN 798 A ASN 801 1_555 L C1 NAG . A NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? covale ? covale7 A ND2 ASN 1071 A ASN 1074 1_555 G C1 NAG . A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale8 A ND2 ASN 1095 A ASN 1098 1_555 N C1 NAG . A NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale9 A ND2 ASN 1131 A ASN 1134 1_555 M C1 NAG . A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale10 B ND2 ASN 279 B ASN 282 1_555 O C1 NAG . B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale11 B ND2 ASN 328 B ASN 331 1_555 W C1 NAG . B NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale12 B ND2 ASN 613 B ASN 616 1_555 P C1 NAG . B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale13 B ND2 ASN 706 B ASN 709 1_555 Q C1 NAG . B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? covale ? covale14 B ND2 ASN 714 B ASN 717 1_555 R C1 NAG . B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale15 B ND2 ASN 798 B ASN 801 1_555 S C1 NAG . B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale16 B ND2 ASN 1071 B ASN 1074 1_555 T C1 NAG . B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale17 B ND2 ASN 1095 B ASN 1098 1_555 V C1 NAG . B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale18 B ND2 ASN 1131 B ASN 1134 1_555 U C1 NAG . B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale ? covale19 C ND2 ASN 279 C ASN 282 1_555 X C1 NAG . C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale20 C ND2 ASN 328 C ASN 331 1_555 Y C1 NAG . C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale21 C ND2 ASN 613 C ASN 616 1_555 Z C1 NAG . C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? covale ? covale22 C ND2 ASN 706 C ASN 709 1_555 AA C1 NAG . C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale23 C ND2 ASN 714 C ASN 717 1_555 BA C1 NAG . C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale24 C ND2 ASN 798 C ASN 801 1_555 CA C1 NAG . C NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale25 C ND2 ASN 1071 C ASN 1074 1_555 DA C1 NAG . C NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale26 C ND2 ASN 1095 C ASN 1098 1_555 EA C1 NAG . C NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale27 C ND2 ASN 1131 C ASN 1134 1_555 FA C1 NAG . C NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 7WLZ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 4 NAG A 1 1301 1301 NAG NAG . G 4 NAG A 1 1302 1302 NAG NAG . H 4 NAG A 1 1303 1303 NAG NAG . I 4 NAG A 1 1304 1304 NAG NAG . J 4 NAG A 1 1305 1305 NAG NAG . K 4 NAG A 1 1306 1306 NAG NAG . L 4 NAG A 1 1307 1307 NAG NAG . M 4 NAG A 1 1308 1308 NAG NAG . N 4 NAG A 1 1309 1309 NAG NAG . O 4 NAG B 1 1301 1301 NAG NAG . P 4 NAG B 1 1302 1302 NAG NAG . Q 4 NAG B 1 1303 1303 NAG NAG . R 4 NAG B 1 1304 1304 NAG NAG . S 4 NAG B 1 1305 1305 NAG NAG . T 4 NAG B 1 1306 1306 NAG NAG . U 4 NAG B 1 1307 1307 NAG NAG . V 4 NAG B 1 1308 1308 NAG NAG . W 4 NAG B 1 1309 1309 NAG NAG . X 4 NAG C 1 1301 1301 NAG NAG . Y 4 NAG C 1 1302 1302 NAG NAG . Z 4 NAG C 1 1303 1303 NAG NAG . AA 4 NAG C 1 1304 1304 NAG NAG . BA 4 NAG C 1 1305 1305 NAG NAG . CA 4 NAG C 1 1306 1306 NAG NAG . DA 4 NAG C 1 1307 1307 NAG NAG . EA 4 NAG C 1 1308 1308 NAG NAG . FA 4 NAG C 1 1309 1309 NAG NAG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . DA 4 183.689 174.465 141.099 1 61.81 ? C1 NAG 1307 C 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . DA 4 182.233 174.702 141.501 1 61.81 ? C2 NAG 1307 C 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . DA 4 181.896 173.904 142.758 1 61.81 ? C3 NAG 1307 C 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . DA 4 182.241 172.434 142.565 1 61.81 ? C4 NAG 1307 C 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . DA 4 183.695 172.289 142.129 1 61.81 ? C5 NAG 1307 C 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . DA 4 184.07 170.864 141.798 1 61.81 ? C6 NAG 1307 C 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . DA 4 180.926 176.755 141.174 1 61.81 ? C7 NAG 1307 C 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . DA 4 180.811 178.213 141.498 1 61.81 ? C8 NAG 1307 C 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . DA 4 181.972 176.117 141.71 1 61.81 ? N2 NAG 1307 C 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . DA 4 180.51 174.042 143.047 1 61.81 ? O3 NAG 1307 C 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . DA 4 182.045 171.723 143.782 1 61.81 ? O4 NAG 1307 C 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . DA 4 183.923 173.06 140.941 1 61.81 ? O5 NAG 1307 C 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . DA 4 183.922 170.597 140.41 1 61.81 ? O6 NAG 1307 C 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . DA 4 180.112 176.182 140.459 1 61.81 ? O7 NAG 1307 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 47 _model_server_stats.query_time_ms 261 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 14 #