data_7X1Z
#
_model_server_result.job_id            jQ_1dlUSAniyfMJRacaWdA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 09:19:24' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7x1z 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":901}' 
#
_entry.id    7X1Z 
#
_exptl.entry_id    7X1Z 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7X1Z 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7X1Z 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
? 2 AA N N 
? 2 BA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A N LYS 281 A LYS 294 1_555 G O1B ATP . A ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.299 ? 
covale ? covale2 B N LYS 281 B LYS 294 1_555 K O1B ATP . B ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? 
covale ? covale3 C N LYS 281 C LYS 294 1_555 O O1B ATP . C ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? 
covale ? covale4 D N LYS 281 D LYS 294 1_555 S O1B ATP . D ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? 
covale ? covale5 E N LYS 281 E LYS 294 1_555 W O1B ATP . E ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? 
covale ? covale6 F N LYS 281 F LYS 294 1_555 AA O1B ATP . F ATP 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? 
metalc ? metalc1 A OG1 THR 40 A THR 53 1_555 J MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 282 A THR 295 1_555 I MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 305 A GLU 318 1_555 I MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? 
metalc ? metalc4 G O1G ATP . A ATP 901 1_555 I MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc5 G O3G ATP . A ATP 901 1_555 I MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? 
metalc ? metalc6 H O1G ATP . A ATP 902 1_555 J MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.718 ? 
metalc ? metalc7 H O2G ATP . A ATP 902 1_555 J MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc8 H O3B ATP . A ATP 902 1_555 J MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? 
metalc ? metalc9 B OG1 THR 40 B THR 53 1_555 N MG MG . B MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc10 B OG1 THR 282 B THR 295 1_555 M MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc11 B OE2 GLU 305 B GLU 318 1_555 M MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? 
metalc ? metalc12 K O1G ATP . B ATP 901 1_555 M MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc13 K O3G ATP . B ATP 901 1_555 M MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc14 L O1G ATP . B ATP 902 1_555 N MG MG . B MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? 
metalc ? metalc15 L O2G ATP . B ATP 902 1_555 N MG MG . B MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc16 L O3B ATP . B ATP 902 1_555 N MG MG . B MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? 
metalc ? metalc17 C OG1 THR 40 C THR 53 1_555 R MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc18 C OG1 THR 282 C THR 295 1_555 Q MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc19 C OE1 GLU 305 C GLU 318 1_555 Q MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? 
metalc ? metalc20 O O1G ATP . C ATP 901 1_555 Q MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc21 O O3G ATP . C ATP 901 1_555 Q MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc22 P O1G ATP . C ATP 902 1_555 R MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? 
metalc ? metalc23 P O2G ATP . C ATP 902 1_555 R MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc24 P O3B ATP . C ATP 902 1_555 R MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? 
metalc ? metalc25 D OG1 THR 40 D THR 53 1_555 V MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc26 D OG1 THR 282 D THR 295 1_555 U MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? 
metalc ? metalc27 D OE2 GLU 305 D GLU 318 1_555 U MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc28 S O1G ATP . D ATP 901 1_555 U MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? 
metalc ? metalc29 S O3G ATP . D ATP 901 1_555 U MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc30 T O1G ATP . D ATP 902 1_555 V MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? 
metalc ? metalc31 T O2G ATP . D ATP 902 1_555 V MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc32 T O3B ATP . D ATP 902 1_555 V MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? 
metalc ? metalc33 E OG1 THR 40 E THR 53 1_555 Z MG MG . E MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc34 E OG1 THR 282 E THR 295 1_555 Y MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc35 E OE2 GLU 305 E GLU 318 1_555 Y MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.798 ? 
metalc ? metalc36 W O1G ATP . E ATP 901 1_555 Y MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc37 W O3G ATP . E ATP 901 1_555 Y MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc38 X O1G ATP . E ATP 902 1_555 Z MG MG . E MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? 
metalc ? metalc39 X O2G ATP . E ATP 902 1_555 Z MG MG . E MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc40 X O3B ATP . E ATP 902 1_555 Z MG MG . E MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? 
metalc ? metalc41 F OG1 THR 40 F THR 53 1_555 DA MG MG . F MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc42 F OG1 THR 282 F THR 295 1_555 CA MG MG . F MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc43 F OE1 GLU 305 F GLU 318 1_555 CA MG MG . F MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc44 AA O1G ATP . F ATP 901 1_555 CA MG MG . F MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? 
metalc ? metalc45 AA O3G ATP . F ATP 901 1_555 CA MG MG . F MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc46 BA O1G ATP . F ATP 902 1_555 DA MG MG . F MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? 
metalc ? metalc47 BA O2G ATP . F ATP 902 1_555 DA MG MG . F MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc48 BA O3B ATP . F ATP 902 1_555 DA MG MG . F MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                ATP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ATP doub 70 n n 
PG O2G ATP sing 71 n n 
PG O3G ATP sing 72 n n 
PG O3B ATP sing 73 n n 
O2G HOG2 ATP sing 74 n n 
O3G HOG3 ATP sing 75 n n 
PB O1B ATP doub 76 n n 
PB O2B ATP sing 77 n n 
PB O3B ATP sing 78 n n 
PB O3A ATP sing 79 n n 
O2B HOB2 ATP sing 80 n n 
PA O1A ATP doub 81 n n 
PA O2A ATP sing 82 n n 
PA O3A ATP sing 83 n n 
PA O5' ATP sing 84 n n 
O2A HOA2 ATP sing 85 n n 
O5' C5' ATP sing 86 n n 
C5' C4' ATP sing 87 n n 
C5' "H5'1" ATP sing 88 n n 
C5' "H5'2" ATP sing 89 n n 
C4' O4' ATP sing 90 n n 
C4' C3' ATP sing 91 n n 
C4' H4' ATP sing 92 n n 
O4' C1' ATP sing 93 n n 
C3' O3' ATP sing 94 n n 
C3' C2' ATP sing 95 n n 
C3' H3' ATP sing 96 n n 
O3' HO3' ATP sing 97 n n 
C2' O2' ATP sing 98 n n 
C2' C1' ATP sing 99 n n 
C2' H2' ATP sing 100 n n 
O2' HO2' ATP sing 101 n n 
C1' N9 ATP sing 102 n n 
C1' H1' ATP sing 103 n n 
N9 C8 ATP sing 104 n y 
N9 C4 ATP sing 105 n y 
C8 N7 ATP doub 106 n y 
C8 H8 ATP sing 107 n n 
N7 C5 ATP sing 108 n y 
C5 C6 ATP sing 109 n y 
C5 C4 ATP doub 110 n y 
C6 N6 ATP sing 111 n n 
C6 N1 ATP doub 112 n y 
N6 HN61 ATP sing 113 n n 
N6 HN62 ATP sing 114 n n 
N1 C2 ATP sing 115 n y 
C2 N3 ATP doub 116 n y 
C2 H2 ATP sing 117 n n 
N3 C4 ATP sing 118 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     7X1Z 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 ATP A 1 901 901 ATP ATP . 
H 2 ATP A 1 902 903 ATP ATP . 
I 3 MG A 1 903 801 MG MG . 
J 3 MG A 1 904 701 MG MG . 
K 2 ATP B 1 901 901 ATP ATP . 
L 2 ATP B 1 902 903 ATP ATP . 
M 3 MG B 1 903 801 MG MG . 
N 3 MG B 1 904 701 MG MG . 
O 2 ATP C 1 901 901 ATP ATP . 
P 2 ATP C 1 902 903 ATP ATP . 
Q 3 MG C 1 903 801 MG MG . 
R 3 MG C 1 904 701 MG MG . 
S 2 ATP D 1 901 901 ATP ATP . 
T 2 ATP D 1 902 903 ATP ATP . 
U 3 MG D 1 903 801 MG MG . 
V 3 MG D 1 904 701 MG MG . 
W 2 ATP E 1 901 901 ATP ATP . 
X 2 ATP E 1 902 903 ATP ATP . 
Y 3 MG E 1 903 801 MG MG . 
Z 3 MG E 1 904 701 MG MG . 
AA 2 ATP F 1 901 901 ATP ATP . 
BA 2 ATP F 1 902 903 ATP ATP . 
CA 3 MG F 1 903 801 MG MG . 
DA 3 MG F 1 904 701 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG ATP . . . S 2 83.576 122.186 123.016 1 63.29 ? PG ATP 901 D 1 
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