data_7X5P # _model_server_result.job_id dV53eSiSxEJ0eXBeCnTxtg _model_server_result.datetime_utc '2025-09-03 21:55:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7x5p # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":403}' # _entry.id 7X5P # _exptl.entry_id 7X5P _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 16 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 101.11 _cell.angle_beta 101.14 _cell.angle_gamma 109.72 _cell.entry_id 7X5P _cell.length_a 92.393 _cell.length_b 92.5 _cell.length_c 96.522 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7X5P _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression C,D,F,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,RA,SA,UA 1 1 A,B,E,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,EA,FA,GA,HA,PA,QA,TA 1 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 1_554 x,y,z-1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 18.648725 26.442435 -90.936896 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 L N N ? 4 M N N ? 4 N N N ? 4 S N N ? 4 T N N ? 4 V N N ? 4 W N N ? 4 X N N ? 4 BA N N ? 4 CA N N ? 4 DA N N ? 4 FA N N ? 4 GA N N ? 4 HA N N ? 4 NA N N ? 4 OA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLN 30 A GLN 49 1_555 M NA NA . A NA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 62 A ASP 81 1_555 M NA NA . A NA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? metalc ? metalc3 A O PRO 63 A PRO 82 1_555 M NA NA . A NA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.857 ? metalc ? metalc4 A O GLY 66 A GLY 85 1_555 M NA NA . A NA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLN 127 A GLN 146 1_555 N NA NA . A NA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLN 130 A GLN 149 1_555 N NA NA . A NA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.726 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 148 A ASP 167 1_555 L NA NA . A NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 148 A ASP 167 1_555 L NA NA . A NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 155 A ASP 174 1_555 N NA NA . A NA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 155 A ASP 174 1_555 N NA NA . A NA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc11 A O GLY 162 A GLY 181 1_555 GA NA NA . E NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? metalc ? metalc12 B OE1 GLN 127 B GLN 146 1_555 S NA NA . B NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASP 128 B ASP 147 1_555 S NA NA . B NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.017 ? metalc ? metalc14 B OE1 GLN 130 B GLN 149 1_555 S NA NA . B NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 137 B ASP 156 1_555 T NA NA . B NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 148 B ASP 167 1_555 T NA NA . B NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 148 B ASP 167 1_555 T NA NA . B NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.139 ? metalc ? metalc18 B OD1 ASP 155 B ASP 174 1_555 S NA NA . B NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc19 B OD2 ASP 155 B ASP 174 1_555 S NA NA . B NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? metalc ? metalc20 C O ASN 25 C ASN 44 1_555 X NA NA . C NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? metalc ? metalc21 C O GLY 27 C GLY 46 1_555 X NA NA . C NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc22 C OE1 GLN 127 C GLN 146 1_555 V NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc23 C OE1 GLN 130 C GLN 149 1_555 V NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc24 C OD2 ASP 137 C ASP 156 1_555 W NA NA . C NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc25 C OD1 ASP 148 C ASP 167 1_555 W NA NA . C NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 148 C ASP 167 1_555 W NA NA . C NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.112 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 155 C ASP 174 1_555 V NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 155 C ASP 174 1_555 V NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? metalc ? metalc29 C O GLY 162 C GLY 181 1_555 DA NA NA . D NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? metalc ? metalc30 X NA NA . C NA 404 1_555 F O GLY 162 F GLY 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.995 ? metalc ? metalc31 D O ASP 24 D ASP 43 1_555 DA NA NA . D NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.141 ? metalc ? metalc32 D O ASN 25 D ASN 44 1_555 DA NA NA . D NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc33 D O GLY 27 D GLY 46 1_555 DA NA NA . D NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc34 D OE1 GLN 130 D GLN 149 1_555 BA NA NA . D NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc35 D OD2 ASP 137 D ASP 156 1_555 CA NA NA . D NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.115 ? metalc ? metalc36 D OD1 ASP 148 D ASP 167 1_555 CA NA NA . D NA 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 155 D ASP 174 1_555 BA NA NA . D NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 155 D ASP 174 1_555 BA NA NA . D NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc39 E O ASP 24 E ASP 43 1_555 GA NA NA . E NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.183 ? metalc ? metalc40 E O ASN 25 E ASN 44 1_555 GA NA NA . E NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? metalc ? metalc41 E O GLY 27 E GLY 46 1_555 GA NA NA . E NA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc42 E OE1 GLN 127 E GLN 146 1_555 FA NA NA . E NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? metalc ? metalc43 E OD2 ASP 137 E ASP 156 1_555 HA NA NA . E NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? metalc ? metalc44 E OD1 ASP 148 E ASP 167 1_555 HA NA NA . E NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc45 E OD2 ASP 148 E ASP 167 1_555 HA NA NA . E NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? metalc ? metalc46 E OD1 ASP 155 E ASP 174 1_555 FA NA NA . E NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? metalc ? metalc47 E OD2 ASP 155 E ASP 174 1_555 FA NA NA . E NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc48 F OE1 GLN 127 F GLN 146 1_555 NA NA NA . F NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc ? metalc49 F OE1 GLN 130 F GLN 149 1_555 NA NA NA . F NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? metalc ? metalc50 F OD2 ASP 137 F ASP 156 1_555 OA NA NA . F NA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc51 F OD1 ASP 148 F ASP 167 1_555 OA NA NA . F NA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc52 F OD2 ASP 148 F ASP 167 1_555 OA NA NA . F NA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc53 F OD1 ASP 155 F ASP 174 1_555 NA NA NA . F NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? metalc ? metalc54 F OD2 ASP 155 F ASP 174 1_555 NA NA NA . F NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7X5P _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010823 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003879 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003346 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011484 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.003338 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010996 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 DXT A 1 401 301 DXT DXT . H 3 C8E A 1 402 505 C8E C8E . I 3 C8E A 1 403 515 C8E C8E . J 3 C8E A 1 404 516 C8E C8E . K 3 C8E A 1 405 523 C8E C8E . L 4 NA A 1 406 6 NA NA . M 4 NA A 1 407 15 NA NA . N 4 NA A 1 408 16 NA NA . O 2 DXT B 1 401 304 DXT DXT . P 3 C8E B 1 402 513 C8E C8E . Q 3 C8E B 1 403 518 C8E C8E . R 3 C8E B 1 404 519 C8E C8E . S 4 NA B 1 405 1 NA NA . T 4 NA B 1 406 9 NA NA . U 3 C8E C 1 401 521 C8E C8E . V 4 NA C 1 402 3 NA NA . W 4 NA C 1 403 10 NA NA . X 4 NA C 1 404 13 NA NA . Y 2 DXT D 1 401 305 DXT DXT . Z 3 C8E D 1 402 512 C8E C8E . AA 3 C8E D 1 403 520 C8E C8E . BA 4 NA D 1 404 4 NA NA . CA 4 NA D 1 405 11 NA NA . DA 4 NA D 1 406 14 NA NA . EA 3 C8E E 1 401 514 C8E C8E . FA 4 NA E 1 402 2 NA NA . GA 4 NA E 1 403 7 NA NA . HA 4 NA E 1 404 12 NA NA . IA 2 DXT F 1 401 302 DXT DXT . JA 3 C8E F 1 402 508 C8E C8E . KA 3 C8E F 1 403 509 C8E C8E . LA 3 C8E F 1 404 517 C8E C8E . MA 3 C8E F 1 405 522 C8E C8E . NA 4 NA F 1 406 5 NA NA . OA 4 NA F 1 407 8 NA NA . PA 5 HOH A 1 501 4 HOH HOH . PA 5 HOH A 2 502 3 HOH HOH . PA 5 HOH A 3 503 67 HOH HOH . PA 5 HOH A 4 504 23 HOH HOH . PA 5 HOH A 5 505 14 HOH HOH . PA 5 HOH A 6 506 16 HOH HOH . PA 5 HOH A 7 507 24 HOH HOH . PA 5 HOH A 8 508 2 HOH HOH . PA 5 HOH A 9 509 20 HOH HOH . QA 5 HOH B 1 501 8 HOH HOH . QA 5 HOH B 2 502 13 HOH HOH . RA 5 HOH C 1 501 65 HOH HOH . RA 5 HOH C 2 502 11 HOH HOH . RA 5 HOH C 3 503 71 HOH HOH . SA 5 HOH D 1 501 12 HOH HOH . SA 5 HOH D 2 502 15 HOH HOH . SA 5 HOH D 3 503 64 HOH HOH . TA 5 HOH E 1 501 7 HOH HOH . TA 5 HOH E 2 502 19 HOH HOH . UA 5 HOH F 1 501 10 HOH HOH . UA 5 HOH F 2 502 6 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id W _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 28.694 _atom_site.Cartn_y -51.677 _atom_site.Cartn_z -18.654 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 31.98 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 403 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 17 _model_server_stats.query_time_ms 344 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #