data_7XJV # _model_server_result.job_id Kd1H1p1q7BWKVH9_HM1UKw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 12:43:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7xjv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":608}' # _entry.id 7XJV # _exptl.entry_id 7XJV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7XJV _cell.length_a 130.849 _cell.length_b 131.189 _cell.length_c 169.552 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7XJV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? monomeric 1 author_defined_assembly 3 ? monomeric 1 author_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,E,F,G,H,I,J,K,L,IA 1 1 B,M,N,O,P,Q,R,S,JA 2 1 C,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,KA 3 1 D,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,LA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 L N N ? 5 S N N ? 5 Z N N ? 5 AA N N ? 5 HA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 34 A CYS 4 1_555 A SG CYS 76 A CYS 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 432 A CYS 402 1_555 A SG CYS 515 A CYS 485 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 455 A CYS 425 1_555 A SG CYS 509 A CYS 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 34 B CYS 4 1_555 B SG CYS 76 B CYS 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 432 B CYS 402 1_555 B SG CYS 515 B CYS 485 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 455 B CYS 425 1_555 B SG CYS 509 B CYS 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf7 C SG CYS 432 C CYS 402 1_555 C SG CYS 515 C CYS 485 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? disulf ? disulf8 C SG CYS 455 C CYS 425 1_555 C SG CYS 509 C CYS 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf9 D SG CYS 34 D CYS 4 1_555 D SG CYS 76 D CYS 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf10 D SG CYS 432 D CYS 402 1_555 D SG CYS 515 D CYS 485 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf11 D SG CYS 455 D CYS 425 1_555 D SG CYS 509 D CYS 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 153 A GLU 123 1_555 L NA NA . A NA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 267 A ASP 237 1_555 E MN MN . A MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.934 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 269 A ASP 239 1_555 E MN MN . A MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 269 A ASP 239 1_555 E MN MN . A MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASN 449 A ASN 419 1_555 E MN MN . A MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc6 A ND2 ASN 449 A ASN 419 1_555 E MN MN . A MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc7 E MN MN . A MN 601 1_555 F O3B GDD . A GDD 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? metalc ? metalc8 E MN MN . A MN 601 1_555 F O2A GDD . A GDD 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? metalc ? metalc9 B OD2 ASP 267 B ASP 237 1_555 M MN MN . B MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? metalc ? metalc10 B OD1 ASP 269 B ASP 239 1_555 M MN MN . B MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 269 B ASP 239 1_555 M MN MN . B MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? metalc ? metalc12 B OE1 GLU 343 B GLU 313 1_555 S NA NA . B NA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc13 B OE2 GLU 343 B GLU 313 1_555 S NA NA . B NA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASN 449 B ASN 419 1_555 M MN MN . B MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? metalc ? metalc15 B ND2 ASN 449 B ASN 419 1_555 M MN MN . B MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc16 M MN MN . B MN 601 1_555 N O2A GDD . B GDD 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? metalc ? metalc17 M MN MN . B MN 601 1_555 N O3B GDD . B GDD 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc18 S NA NA . B NA 607 1_555 JA O HOH . B HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? metalc ? metalc19 C OE1 GLU 153 C GLU 123 1_555 Z NA NA . C NA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc20 C OE2 GLU 153 C GLU 123 1_555 Z NA NA . C NA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.128 ? metalc ? metalc21 C OD2 ASP 267 C ASP 237 1_555 T MN MN . C MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? metalc ? metalc22 C OD1 ASP 269 C ASP 239 1_555 T MN MN . C MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? metalc ? metalc23 C OD2 ASP 269 C ASP 239 1_555 T MN MN . C MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? metalc ? metalc24 C OE1 GLU 343 C GLU 313 1_555 AA NA NA . C NA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 343 C GLU 313 1_555 AA NA NA . C NA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc26 C OD1 ASN 449 C ASN 419 1_555 T MN MN . C MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc27 C ND2 ASN 449 C ASN 419 1_555 T MN MN . C MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc28 T MN MN . C MN 601 1_555 U O3B GDD . C GDD 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc29 T MN MN . C MN 601 1_555 U O2A GDD . C GDD 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc30 D OE1 GLU 153 D GLU 123 1_555 HA NA NA . D NA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc31 D OE2 GLU 153 D GLU 123 1_555 HA NA NA . D NA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc32 D OD2 ASP 267 D ASP 237 1_555 BA MN MN . D MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? metalc ? metalc33 D OD1 ASP 269 D ASP 239 1_555 BA MN MN . D MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.981 ? metalc ? metalc34 D OD2 ASP 269 D ASP 239 1_555 BA MN MN . D MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? metalc ? metalc35 D OD1 ASN 449 D ASN 419 1_555 BA MN MN . D MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc36 D ND2 ASN 449 D ASN 419 1_555 BA MN MN . D MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc37 BA MN MN . D MN 601 1_555 CA O2A GDD . D GDD 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.985 ? metalc ? metalc38 BA MN MN . D MN 601 1_555 CA O3B GDD . D GDD 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7XJV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007642 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007623 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005898 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 MN A 1 601 600 MN MN . F 3 GDD A 1 602 601 GDD GDD . G 4 GOL A 1 603 602 GOL GOL . H 4 GOL A 1 604 603 GOL GOL . I 4 GOL A 1 605 604 GOL GOL . J 4 GOL A 1 606 605 GOL GOL . K 4 GOL A 1 607 606 GOL GOL . L 5 NA A 1 608 1 NA NA . M 2 MN B 1 601 600 MN MN . N 3 GDD B 1 602 601 GDD GDD . O 4 GOL B 1 603 602 GOL GOL . P 4 GOL B 1 604 603 GOL GOL . Q 4 GOL B 1 605 604 GOL GOL . R 4 GOL B 1 606 605 GOL GOL . S 5 NA B 1 607 2 NA NA . T 2 MN C 1 601 600 MN MN . U 3 GDD C 1 602 601 GDD GDD . V 4 GOL C 1 603 602 GOL GOL . W 4 GOL C 1 604 603 GOL GOL . X 4 GOL C 1 605 604 GOL GOL . Y 4 GOL C 1 606 605 GOL GOL . Z 5 NA C 1 607 3 NA NA . AA 5 NA C 1 608 4 NA NA . BA 2 MN D 1 601 600 MN MN . CA 3 GDD D 1 602 601 GDD GDD . DA 4 GOL D 1 603 602 GOL GOL . EA 4 GOL D 1 604 603 GOL GOL . FA 4 GOL D 1 605 604 GOL GOL . GA 4 GOL D 1 606 605 GOL GOL . HA 5 NA D 1 607 5 NA NA . IA 6 HOH A 1 701 20 HOH HOH . IA 6 HOH A 2 702 1 HOH HOH . IA 6 HOH A 3 703 5 HOH HOH . IA 6 HOH A 4 704 27 HOH HOH . IA 6 HOH A 5 705 12 HOH HOH . IA 6 HOH A 6 706 17 HOH HOH . IA 6 HOH A 7 707 9 HOH HOH . IA 6 HOH A 8 708 25 HOH HOH . IA 6 HOH A 9 709 30 HOH HOH . IA 6 HOH A 10 710 34 HOH HOH . IA 6 HOH A 11 711 10 HOH HOH . IA 6 HOH A 12 712 24 HOH HOH . JA 6 HOH B 1 701 19 HOH HOH . JA 6 HOH B 2 702 6 HOH HOH . JA 6 HOH B 3 703 26 HOH HOH . JA 6 HOH B 4 704 16 HOH HOH . JA 6 HOH B 5 705 18 HOH HOH . KA 6 HOH C 1 701 32 HOH HOH . KA 6 HOH C 2 702 14 HOH HOH . KA 6 HOH C 3 703 3 HOH HOH . KA 6 HOH C 4 704 33 HOH HOH . KA 6 HOH C 5 705 28 HOH HOH . KA 6 HOH C 6 706 15 HOH HOH . LA 6 HOH D 1 701 4 HOH HOH . LA 6 HOH D 2 702 22 HOH HOH . LA 6 HOH D 3 703 29 HOH HOH . LA 6 HOH D 4 704 11 HOH HOH . LA 6 HOH D 5 705 35 HOH HOH . LA 6 HOH D 6 706 21 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id AA _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 71.508 _atom_site.Cartn_y -45.818 _atom_site.Cartn_z 39.429 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 96.05 _atom_site.pdbx_formal_charge 0 _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 608 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 38 _model_server_stats.query_time_ms 345 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #