data_7XRD
#
_model_server_result.job_id            2i2WNmBIASob7U_5VYB7HA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-25 18:40:52' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7xrd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":202}' 
#
_entry.id    7XRD 
#
_exptl.entry_id    7XRD 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 H N N 
? 3 J N N 
? 3 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 B CA PRO 42 B PRO 43 1_555 H O2G GTP . B GTP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? 
covale ? covale2 D N THR 43 D THR 44 1_555 L O2G GTP . D GTP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.3 ? 
metalc ? metalc1 A OG1 THR 26 A THR 27 1_555 E MG MG . A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 62 A ASP 63 1_555 E MG MG . A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 62 A ASP 63 1_555 E MG MG . A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc4 B OD1 ASP 21 B ASP 22 1_555 G MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
metalc ? metalc5 B OD2 ASP 21 B ASP 22 1_555 G MG MG . B MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc6 C OD1 ASP 21 C ASP 22 1_555 I MG MG . C MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc7 C OD2 ASP 21 C ASP 22 1_555 I MG MG . C MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc8 D OG1 THR 26 D THR 27 1_555 K MG MG . D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc9 D OD1 ASP 62 D ASP 63 1_555 K MG MG . D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc10 D OD2 ASP 62 D ASP 63 1_555 K MG MG . D MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? 
metalc ? metalc11 K MG MG . D MG 201 1_555 L O1G GTP . D GTP 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 129 n n 
PG O2G GTP sing 130 n n 
PG O3G GTP sing 131 n n 
PG O3B GTP sing 132 n n 
O2G HOG2 GTP sing 133 n n 
O3G HOG3 GTP sing 134 n n 
O3B PB GTP sing 135 n n 
PB O1B GTP doub 136 n n 
PB O2B GTP sing 137 n n 
PB O3A GTP sing 138 n n 
O2B HOB2 GTP sing 139 n n 
O3A PA GTP sing 140 n n 
PA O1A GTP doub 141 n n 
PA O2A GTP sing 142 n n 
PA O5' GTP sing 143 n n 
O2A HOA2 GTP sing 144 n n 
O5' C5' GTP sing 145 n n 
C5' C4' GTP sing 146 n n 
C5' H5' GTP sing 147 n n 
C5' "H5''" GTP sing 148 n n 
C4' O4' GTP sing 149 n n 
C4' C3' GTP sing 150 n n 
C4' H4' GTP sing 151 n n 
O4' C1' GTP sing 152 n n 
C3' O3' GTP sing 153 n n 
C3' C2' GTP sing 154 n n 
C3' H3' GTP sing 155 n n 
O3' HO3' GTP sing 156 n n 
C2' O2' GTP sing 157 n n 
C2' C1' GTP sing 158 n n 
C2' H2' GTP sing 159 n n 
O2' HO2' GTP sing 160 n n 
C1' N9 GTP sing 161 n n 
C1' H1' GTP sing 162 n n 
N9 C8 GTP sing 163 n y 
N9 C4 GTP sing 164 n y 
C8 N7 GTP doub 165 n y 
C8 H8 GTP sing 166 n n 
N7 C5 GTP sing 167 n y 
C5 C6 GTP sing 168 n n 
C5 C4 GTP doub 169 n y 
C6 O6 GTP doub 170 n n 
C6 N1 GTP sing 171 n n 
N1 C2 GTP sing 172 n n 
N1 HN1 GTP sing 173 n n 
C2 N2 GTP sing 174 n n 
C2 N3 GTP doub 175 n n 
N2 HN21 GTP sing 176 n n 
N2 HN22 GTP sing 177 n n 
N3 C4 GTP sing 178 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7XRD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MG A 1 201 200 MG MG . 
F 3 GTP A 1 202 187 GTP GTP . 
G 2 MG B 1 201 200 MG MG . 
H 3 GTP B 1 202 187 GTP GTP . 
I 2 MG C 1 201 200 MG MG . 
J 3 GTP C 1 202 187 GTP GTP . 
K 2 MG D 1 201 200 MG MG . 
L 3 GTP D 1 202 187 GTP GTP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . L 3 112.065 308.226 216.945 1 0 ? PG GTP 202 D 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . L 3 113.365 307.57 216.546 1 0 ? O1G GTP 202 D 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . L 3 111.033 307.159 217.242 1 0 ? O2G GTP 202 D 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . L 3 112.276 309.053 218.19 1 0 ? O3G GTP 202 D 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . L 3 111.593 309.194 215.744 1 0 ? O3B GTP 202 D 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . L 3 112.496 310.468 215.34 1 0 ? PB GTP 202 D 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . L 3 112.132 311.627 216.235 1 0 ? O1B GTP 202 D 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . L 3 113.957 310.132 215.521 1 0 ? O2B GTP 202 D 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . L 3 112.238 310.85 213.787 1 0 ? O3A GTP 202 D 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . L 3 111.547 309.917 212.663 1 0 ? PA GTP 202 D 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . L 3 111.176 308.56 213.205 1 0 ? O1A GTP 202 D 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . L 3 112.495 309.763 211.499 1 0 ? O2A GTP 202 D 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . L 3 110.209 310.678 212.181 1 0 ? O5' GTP 202 D 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . L 3 109.559 310.242 211.003 1 0 ? C5' GTP 202 D 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . L 3 109.156 311.366 210.049 1 0 ? C4' GTP 202 D 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . L 3 110.286 312.002 209.484 1 0 ? O4' GTP 202 D 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . L 3 108.343 310.805 208.89 1 0 ? C3' GTP 202 D 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . L 3 107.062 311.392 208.875 1 0 ? O3' GTP 202 D 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . L 3 109.097 311.201 207.637 1 0 ? C2' GTP 202 D 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . L 3 108.214 311.698 206.659 1 0 ? O2' GTP 202 D 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . L 3 110.071 312.268 208.11 1 0 ? C1' GTP 202 D 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . L 3 111.346 312.166 207.379 1 0 ? N9 GTP 202 D 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . L 3 112.508 311.641 207.879 1 0 ? C8 GTP 202 D 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . L 3 113.465 311.731 206.93 1 0 ? N7 GTP 202 D 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . L 3 112.935 312.32 205.836 1 0 ? C5 GTP 202 D 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . L 3 113.48 312.649 204.603 1 0 ? C6 GTP 202 D 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . L 3 114.659 312.397 204.364 1 0 ? O6 GTP 202 D 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . L 3 112.693 313.258 203.648 1 0 ? N1 GTP 202 D 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . L 3 111.371 313.536 203.927 1 0 ? C2 GTP 202 D 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . L 3 110.612 314.124 203.007 1 0 ? N2 GTP 202 D 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . L 3 110.835 313.206 205.158 1 0 ? N3 GTP 202 D 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . L 3 111.603 312.606 206.102 1 0 ? C4 GTP 202 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              9 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           288 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           32 
#