data_7Y1T # _model_server_result.job_id T1vyWTt41bEI3FQ27gtZHg _model_server_result.datetime_utc '2025-09-08 05:55:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7y1t # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":705}' # _entry.id 7Y1T # _exptl.entry_id 7Y1T _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7Y1T _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7Y1T _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 I N N ? 8 J N N ? 8 K N N ? 8 L N N ? 8 P N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 4 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 4 3 2 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 5 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 4 ? 6 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 5 ? 6 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 6 ? 6 4 3 MAN BMA C1 O1 . O4 HO4 . sing 7 ? 6 5 4 MAN MAN C1 O1 . O6 HO6 . sing 8 ? 6 6 3 MAN BMA C1 O1 . O3 HO3 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 4 n D NAG 1 F 1 NAG F 21 NAG 4 n D NAG 2 F 2 NAG F 516 NAG 4 n D NAG 3 F 3 NAG F 517 NAG 5 n E NAG 1 C 1 NAG F 507 NAG 5 n E NAG 2 C 2 NAG F 508 NAG 5 n F NAG 1 E 1 NAG F 509 NAG 5 n F NAG 2 E 2 NAG F 510 NAG 6 n G NAG 1 G 1 NAG F 613 NAG 6 n G NAG 2 G 2 NAG F 614 NAG 6 n G BMA 3 G 3 BMA F 615 BMA 6 n G MAN 4 G 4 MAN F 617 MAN 6 n G MAN 5 G 5 MAN F 618 MAN 6 n G MAN 6 G 6 MAN F 616 MAN # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 89 A CYS 59 1_555 A SG CYS 97 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 138 A CYS 108 1_555 A SG CYS 158 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 172 A CYS 142 1_555 A SG CYS 185 A CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 431 A CYS 401 1_555 B SG CYS 280 B CYS 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 509 A CYS 479 1_555 A SG CYS 566 A CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 190 B CYS 169 1_555 B SG CYS 197 B CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 245 B CYS 224 1_555 B SG CYS 286 B CYS 265 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 386 B CYS 365 1_555 B SG CYS 398 B CYS 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 74 A ASN 44 1_555 F C1 NAG . E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.402 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 290 A ASN 260 1_555 E C1 NAG . C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 296 A ASN 266 1_555 G C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 555 A ASN 525 1_555 H C1 NAG . A NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.402 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 212 B ASN 191 1_555 N C1 NAG . B NAG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale6 B ND2 ASN 381 B ASN 360 1_555 O C1 NAG . B NAG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? covale ? covale7 B ND2 ASN 410 B ASN 389 1_555 M C1 NAG . B NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.4 ? covale ? covale8 B ND2 ASN 435 B ASN 414 1_555 D C1 NAG . F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.4 ? covale ? covale9 C ND2 ASN 123 D ASN 107 1_555 R C1 NAG . D NAG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale10 D O4 NAG . F NAG 1 1_555 D C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? covale ? covale11 D O4 NAG . F NAG 2 1_555 D C1 NAG . F NAG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale12 E O4 NAG . C NAG 1 1_555 E C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale13 F O4 NAG . E NAG 1 1_555 F C1 NAG . E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale14 G O4 NAG . G NAG 1 1_555 G C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale15 G O4 NAG . G NAG 2 1_555 G C1 BMA . G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale16 G O4 BMA . G BMA 3 1_555 G C1 MAN . G MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale17 G O3 BMA . G BMA 3 1_555 G C1 MAN . G MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale18 G O6 MAN . G MAN 4 1_555 G C1 MAN . G MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASN 262 A ASN 232 1_555 I CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 264 A ASP 234 1_555 I CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? metalc ? metalc3 A O ILE 266 A ILE 236 1_555 I CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 268 A ASP 238 1_555 I CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 268 A ASP 238 1_555 I CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.876 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 314 A ASP 284 1_555 J CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 316 A ASN 286 1_555 J CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 318 A ASP 288 1_555 J CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 318 A ASP 288 1_555 J CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? metalc ? metalc10 A O TYR 320 A TYR 290 1_555 J CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 322 A ASP 292 1_555 J CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 322 A ASP 292 1_555 J CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 381 A ASP 351 1_555 K CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 383 A ASP 353 1_555 K CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc15 A OD2 ASP 383 A ASP 353 1_555 K CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.062 ? metalc ? metalc16 A O PHE 385 A PHE 355 1_555 K CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 387 A ASP 357 1_555 K CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 387 A ASP 357 1_555 K CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASP 444 A ASP 414 1_555 L CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.181 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASP 446 A ASP 416 1_555 L CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASN 448 A ASN 418 1_555 L CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc22 A O TYR 450 A TYR 420 1_555 L CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc23 A OD1 ASP 452 A ASP 422 1_555 L CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc24 A OD2 ASP 452 A ASP 422 1_555 L CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc25 B OG SER 135 B SER 114 1_555 Q MN MN . B MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc26 B OG SER 137 B SER 116 1_555 Q MN MN . B MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? metalc ? metalc27 B OD2 ASP 172 B ASP 151 1_555 P CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc28 B OD1 ASN 228 B ASN 207 1_555 P CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc29 B O ASP 230 B ASP 209 1_555 P CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.068 ? metalc ? metalc30 B OD1 ASP 230 B ASP 209 1_555 P CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc31 B O PRO 232 B PRO 211 1_555 P CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc32 B OE1 GLU 233 B GLU 212 1_555 P CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.022 ? metalc ? metalc33 B OE2 GLU 233 B GLU 212 1_555 P CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc34 B NE2 GLN 265 B GLN 244 1_555 Q MN MN . B MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc35 Q MN MN . B MN 505 1_555 C OD1 ASP 233 D ASP 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7Y1T _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 7 NAG A 1 701 511 NAG NAG . I 8 CA A 1 702 3 CA CA . J 8 CA A 1 703 4 CA CA . K 8 CA A 1 704 5 CA CA . L 8 CA A 1 705 6 CA CA . M 7 NAG B 1 501 19 NAG NAG . N 7 NAG B 1 502 513 NAG NAG . O 7 NAG B 1 503 514 NAG NAG . P 8 CA B 1 504 1 CA CA . Q 9 MN B 1 505 2 MN MN . R 7 NAG D 1 401 518 NAG NAG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 8 _atom_site.Cartn_x 229.13 _atom_site.Cartn_y 206.855 _atom_site.Cartn_z 251.512 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 50.23 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 705 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 54 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 298 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #