data_7Y3F
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_model_server_result.job_id            NhtIHIo8mZsPPB1PBWtRTQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 04:38:54' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7y3f 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"IB","auth_seq_id":844}' 
#
_entry.id    7Y3F 
#
_exptl.entry_id    7Y3F 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
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_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              450.696 
_entity.id                          17 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            PHYLLOQUINONE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            7Y3F 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7Y3F 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    heptadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      17 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF,YF,ZF,AG,BG,CG,DG,EG,FG,GG,HG,IG,JG,KG,LG,MG,NG,OG,PG,QG,RG,SG,TG,UG,VG,WG,XG,YG,ZG,AH,BH,CH,DH,EH,FH,GH,HH,IH,JH,KH,LH,MH,NH,OH 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 17 IB N N 
? 17 ID N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 F SG CYS 31 F CYS 31 1_555 F SG CYS 66 F CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc1 A OE1 GLN 116 A GLN 116 1_555 Z MG CLA . A CLA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 124 A GLN 124 1_555 AA MG CLA . A CLA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 498 A THR 498 1_555 BB MG CLA . A CLA 837 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 575 A CYS 575 1_555 JB FE3 SF4 . A SF4 845 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 584 A CYS 584 1_555 JB FE2 SF4 . A SF4 845 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc6 S MG CLA . A CLA 802 1_555 KH O HOH . A HOH 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? 
metalc ? metalc7 V O1A CLA . A CLA 805 1_555 CA MG CLA . A CLA 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? 
metalc ? metalc8 HA MG CLA . A CLA 817 1_555 KH O HOH . A HOH 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc9 MA MG CLA . A CLA 822 1_555 KH O HOH . A HOH 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc10 QA MG CLA . A CLA 826 1_555 KH O HOH . A HOH 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc11 RA MG CLA . A CLA 827 1_555 KH O HOH . A HOH 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc12 HB MG CLA . A CLA 843 1_555 KH O HOH . A HOH 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc13 JB FE4 SF4 . A SF4 845 1_555 B SG CYS 566 B CYS 566 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc14 JB FE1 SF4 . A SF4 845 1_555 B SG CYS 575 B CYS 575 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc15 RB O5 LHG . A LHG 853 1_555 NE MG CLA . 1 CLA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASN 29 B ASN 29 1_555 WB MG CLA . B CLA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? 
metalc ? metalc17 B OD2 ASP 93 B ASP 93 1_555 BC MG CLA . B CLA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc18 B OH TYR 330 B TYR 330 1_555 QC MG CLA . B CLA 824 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc19 UB MG CLA . B CLA 802 1_555 LH O HOH . B HOH 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc20 LC MG CLA . B CLA 819 1_555 LH O HOH . B HOH 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc21 OC MG CLA . B CLA 822 1_555 LH O HOH . B HOH 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc22 RC MG CLA . B CLA 825 1_555 LH O HOH . B HOH 912 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc23 BD MG CLA . B CLA 835 1_555 LH O HOH . B HOH 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc24 CD MG CLA . B CLA 836 1_555 LH O HOH . B HOH 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? 
metalc ? metalc25 GD MG CLA . B CLA 840 1_555 LH O HOH . B HOH 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? 
metalc ? metalc26 C SG CYS 11 C CYS 11 1_555 VD FE4 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc27 C SG CYS 14 C CYS 14 1_555 VD FE3 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc28 C SG CYS 17 C CYS 17 1_555 VD FE2 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc29 C SG CYS 21 C CYS 21 1_555 UD FE2 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc30 C SG CYS 48 C CYS 48 1_555 UD FE4 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc31 C SG CYS 51 C CYS 51 1_555 UD FE1 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc32 C SG CYS 54 C CYS 54 1_555 UD FE3 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc33 C SG CYS 58 C CYS 58 1_555 VD FE1 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc34 WD MG CLA . F CLA 201 1_555 MH O HOH . F HOH 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc35 ZD MG CLA . F CLA 204 1_555 MH O HOH . F HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc36 H OE2 GLU 35 J GLU 35 1_555 DE MG CLA . J CLA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc37 JE MG CLA . K CLA 103 1_555 NH O HOH . K HOH 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc38 K OD1 ASN 32 X ASN 32 1_555 ME MG CLA . X CLA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc39 L OD1 ASN 17 1 ASN 17 1_555 YE MG CLA . 1 CLA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc40 L O LEU 191 1 LEU 191 1_555 BF MG CLA . 1 CLA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? 
metalc ? metalc41 L OE2 GLU 375 1 GLU 375 1_555 FF MG CLA . 1 CLA 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc42 HF MG CLA . 1 CLA 521 1_555 OH O HOH . 1 HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc43 O OD1 ASN 17 4 ASN 17 1_555 BG MG CLA . 4 CLA 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc44 O OE1 GLN 34 4 GLN 34 1_555 AG MG CLA . 4 CLA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc45 O OE1 GLN 316 4 GLN 316 1_555 DG MG CLA . 4 CLA 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc46 P OD1 ASN 17 5 ASN 17 1_555 RG MG CLA . 5 CLA 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc47 P OE1 GLN 316 5 GLN 316 1_555 VG MG CLA . 5 CLA 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc48 Q O UNK 282 6 UNK 282 1_555 JH MG CLA . 6 CLA 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? 
#
_chem_comp.formula           'C31 H46 O2' 
_chem_comp.formula_weight    450.696 
_chem_comp.id                PQN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              PHYLLOQUINONE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'VITAMIN K1;2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 PQN doub 993 n n 
C1 C2 PQN sing 994 n n 
C1 C10 PQN sing 995 n n 
C2 C2M PQN sing 996 n n 
C2 C3 PQN doub 997 n n 
C2M H2M1 PQN sing 998 n n 
C2M H2M2 PQN sing 999 n n 
C2M H2M3 PQN sing 1000 n n 
C3 C4 PQN sing 1001 n n 
C3 C11 PQN sing 1002 n n 
C4 O4 PQN doub 1003 n n 
C4 C5 PQN sing 1004 n n 
C5 C6 PQN doub 1005 n y 
C5 C10 PQN sing 1006 n y 
C6 C7 PQN sing 1007 n y 
C6 H6 PQN sing 1008 n n 
C7 C8 PQN doub 1009 n y 
C7 H7 PQN sing 1010 n n 
C8 C9 PQN sing 1011 n y 
C8 H8 PQN sing 1012 n n 
C9 C10 PQN doub 1013 n y 
C9 H9 PQN sing 1014 n n 
C11 C12 PQN sing 1015 n n 
C11 H111 PQN sing 1016 n n 
C11 H112 PQN sing 1017 n n 
C12 C13 PQN doub 1018 e n 
C12 H12 PQN sing 1019 n n 
C13 C14 PQN sing 1020 n n 
C13 C15 PQN sing 1021 n n 
C14 H141 PQN sing 1022 n n 
C14 H142 PQN sing 1023 n n 
C14 H143 PQN sing 1024 n n 
C15 C16 PQN sing 1025 n n 
C15 H151 PQN sing 1026 n n 
C15 H152 PQN sing 1027 n n 
C16 C17 PQN sing 1028 n n 
C16 H161 PQN sing 1029 n n 
C16 H162 PQN sing 1030 n n 
C17 C18 PQN sing 1031 n n 
C17 H171 PQN sing 1032 n n 
C17 H172 PQN sing 1033 n n 
C18 C19 PQN sing 1034 n n 
C18 C20 PQN sing 1035 n n 
C18 H18 PQN sing 1036 n n 
C19 H191 PQN sing 1037 n n 
C19 H192 PQN sing 1038 n n 
C19 H193 PQN sing 1039 n n 
C20 C21 PQN sing 1040 n n 
C20 H201 PQN sing 1041 n n 
C20 H202 PQN sing 1042 n n 
C21 C22 PQN sing 1043 n n 
C21 H211 PQN sing 1044 n n 
C21 H212 PQN sing 1045 n n 
C22 C23 PQN sing 1046 n n 
C22 H221 PQN sing 1047 n n 
C22 H222 PQN sing 1048 n n 
C23 C24 PQN sing 1049 n n 
C23 C25 PQN sing 1050 n n 
C23 H23 PQN sing 1051 n n 
C24 H241 PQN sing 1052 n n 
C24 H242 PQN sing 1053 n n 
C24 H243 PQN sing 1054 n n 
C25 C26 PQN sing 1055 n n 
C25 H251 PQN sing 1056 n n 
C25 H252 PQN sing 1057 n n 
C26 C27 PQN sing 1058 n n 
C26 H261 PQN sing 1059 n n 
C26 H262 PQN sing 1060 n n 
C27 C28 PQN sing 1061 n n 
C27 H271 PQN sing 1062 n n 
C27 H272 PQN sing 1063 n n 
C28 C29 PQN sing 1064 n n 
C28 C30 PQN sing 1065 n n 
C28 H28 PQN sing 1066 n n 
C29 H291 PQN sing 1067 n n 
C29 H292 PQN sing 1068 n n 
C29 H293 PQN sing 1069 n n 
C30 H301 PQN sing 1070 n n 
C30 H302 PQN sing 1071 n n 
C30 H303 PQN sing 1072 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7Y3F 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
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