data_7YBI # _model_server_result.job_id 70i-rvlNoMzqn7kmdVErkA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 08:35:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7ybi # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"WA","auth_seq_id":1406}' # _entry.id 7YBI # _exptl.entry_id 7YBI _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 28 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7YBI _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7YBI _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 GA N N ? 5 HA N N ? 5 IA N N ? 5 JA N N ? 5 KA N N ? 5 LA N N ? 5 MA N N ? 5 NA N N ? 5 OA N N ? 5 PA N N ? 5 QA N N ? 5 RA N N ? 5 SA N N ? 5 TA N N ? 5 UA N N ? 5 VA N N ? 5 WA N N ? 5 XA N N ? 5 YA N N ? 5 ZA N N ? 5 AB N N ? 5 BB N N ? 5 CB N N ? 5 DB N N ? 5 EB N N ? 5 FB N N ? 5 GB N N ? 5 HB N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 2 oligosaccharide 3 oligosaccharide 4 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 2 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 3 3 1 FUC NAG C1 O1 . O6 HO6 . sing 4 ? 4 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 5 ? 4 3 2 MAN NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n D NAG 1 D 1 NAG D 1 NAG 2 n D NAG 2 D 2 NAG D 2 NAG 2 n E NAG 1 E 1 NAG E 1 NAG 2 n E NAG 2 E 2 NAG E 2 NAG 2 n F NAG 1 F 1 NAG F 1 NAG 2 n F NAG 2 F 2 NAG F 2 NAG 2 n G NAG 1 G 1 NAG G 1 NAG 2 n G NAG 2 G 2 NAG G 2 NAG 2 n H NAG 1 H 1 NAG H 1 NAG 2 n H NAG 2 H 2 NAG H 2 NAG 3 n I NAG 1 I 1 NAG I 1 NAG 3 n I NAG 2 I 2 NAG I 2 NAG 3 n I FUC 3 I 3 FUC I 3 FUC 4 n J NAG 1 J 1 NAG J 1 NAG 4 n J NAG 2 J 2 NAG J 2 NAG 4 n J MAN 3 J 3 MAN J 3 MAN 4 n K NAG 1 K 1 NAG K 1 NAG 4 n K NAG 2 K 2 NAG K 2 NAG 4 n K MAN 3 K 3 MAN K 3 MAN 2 n L NAG 1 L 1 NAG L 1 NAG 2 n L NAG 2 L 2 NAG L 2 NAG 2 n M NAG 1 M 1 NAG M 1 NAG 2 n M NAG 2 M 2 NAG M 2 NAG 2 n N NAG 1 N 1 NAG N 1 NAG 2 n N NAG 2 N 2 NAG N 2 NAG 2 n O NAG 1 O 1 NAG O 1 NAG 2 n O NAG 2 O 2 NAG O 2 NAG 2 n P NAG 1 P 1 NAG P 1 NAG 2 n P NAG 2 P 2 NAG P 2 NAG 2 n Q NAG 1 Q 1 NAG Q 1 NAG 2 n Q NAG 2 Q 2 NAG Q 2 NAG 2 n R NAG 1 R 1 NAG R 1 NAG 2 n R NAG 2 R 2 NAG R 2 NAG 3 n S NAG 1 S 1 NAG S 1 NAG 3 n S NAG 2 S 2 NAG S 2 NAG 3 n S FUC 3 S 3 FUC S 3 FUC 4 n T NAG 1 T 1 NAG T 1 NAG 4 n T NAG 2 T 2 NAG T 2 NAG 4 n T MAN 3 T 3 MAN T 3 MAN 4 n U NAG 1 U 1 NAG U 1 NAG 4 n U NAG 2 U 2 NAG U 2 NAG 4 n U MAN 3 U 3 MAN U 3 MAN 2 n V NAG 1 V 1 NAG V 1 NAG 2 n V NAG 2 V 2 NAG V 2 NAG 2 n W NAG 1 W 1 NAG W 1 NAG 2 n W NAG 2 W 2 NAG W 2 NAG 2 n X NAG 1 X 1 NAG X 1 NAG 2 n X NAG 2 X 2 NAG X 2 NAG 2 n Y NAG 1 Y 1 NAG Y 1 NAG 2 n Y NAG 2 Y 2 NAG Y 2 NAG 2 n Z NAG 1 Z 1 NAG Z 1 NAG 2 n Z NAG 2 Z 2 NAG Z 2 NAG 2 n AA NAG 1 a 1 NAG a 1 NAG 2 n AA NAG 2 a 2 NAG a 2 NAG 2 n BA NAG 1 b 1 NAG b 1 NAG 2 n BA NAG 2 b 2 NAG b 2 NAG 2 n CA NAG 1 c 1 NAG c 1 NAG 2 n CA NAG 2 c 2 NAG c 2 NAG 3 n DA NAG 1 d 1 NAG d 1 NAG 3 n DA NAG 2 d 2 NAG d 2 NAG 3 n DA FUC 3 d 3 FUC d 3 FUC 4 n EA NAG 1 e 1 NAG e 1 NAG 4 n EA NAG 2 e 2 NAG e 2 NAG 4 n EA MAN 3 e 3 MAN e 3 MAN 4 n FA NAG 1 f 1 NAG f 1 NAG 4 n FA NAG 2 f 2 NAG f 2 NAG 4 n FA MAN 3 f 3 MAN f 3 MAN # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 15 A CYS 15 1_555 A SG CYS 136 A CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 131 A CYS 131 1_555 A SG CYS 166 A CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 291 A CYS 291 1_555 A SG CYS 301 A CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 336 A CYS 336 1_555 A SG CYS 361 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 379 A CYS 379 1_555 A SG CYS 432 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 391 A CYS 391 1_555 A SG CYS 525 A CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 480 A CYS 480 1_555 A SG CYS 488 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 538 A CYS 538 1_555 A SG CYS 590 A CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 617 A CYS 617 1_555 A SG CYS 649 A CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf10 A SG CYS 662 A CYS 662 1_555 A SG CYS 671 A CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf11 A SG CYS 738 A CYS 738 1_555 A SG CYS 760 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf12 A SG CYS 743 A CYS 743 1_555 A SG CYS 749 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf13 A SG CYS 1032 A CYS 1032 1_555 A SG CYS 1043 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf14 A SG CYS 1082 A CYS 1082 1_555 A SG CYS 1126 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 15 B CYS 15 1_555 B SG CYS 136 B CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 131 B CYS 131 1_555 B SG CYS 166 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf17 B SG CYS 291 B CYS 291 1_555 B SG CYS 301 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf18 B SG CYS 336 B CYS 336 1_555 B SG CYS 361 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf19 B SG CYS 379 B CYS 379 1_555 B SG CYS 432 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf20 B SG CYS 391 B CYS 391 1_555 B SG CYS 525 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf21 B SG CYS 480 B CYS 480 1_555 B SG CYS 488 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf22 B SG CYS 538 B CYS 538 1_555 B SG CYS 590 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf23 B SG CYS 617 B CYS 617 1_555 B SG CYS 649 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf24 B SG CYS 662 B CYS 662 1_555 B SG CYS 671 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf25 B SG CYS 738 B CYS 738 1_555 B SG CYS 760 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf26 B SG CYS 743 B CYS 743 1_555 B SG CYS 749 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf27 B SG CYS 1032 B CYS 1032 1_555 B SG CYS 1043 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf28 B SG CYS 1082 B CYS 1082 1_555 B SG CYS 1126 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf29 C SG CYS 15 C CYS 15 1_555 C SG CYS 136 C CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf30 C SG CYS 131 C CYS 131 1_555 C SG CYS 166 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf31 C SG CYS 291 C CYS 291 1_555 C SG CYS 301 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf32 C SG CYS 336 C CYS 336 1_555 C SG CYS 361 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf33 C SG CYS 379 C CYS 379 1_555 C SG CYS 432 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf34 C SG CYS 391 C CYS 391 1_555 C SG CYS 525 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf35 C SG CYS 480 C CYS 480 1_555 C SG CYS 488 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf36 C SG CYS 538 C CYS 538 1_555 C SG CYS 590 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf37 C SG CYS 617 C CYS 617 1_555 C SG CYS 649 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf38 C SG CYS 662 C CYS 662 1_555 C SG CYS 671 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf39 C SG CYS 738 C CYS 738 1_555 C SG CYS 760 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf40 C SG CYS 743 C CYS 743 1_555 C SG CYS 749 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf41 C SG CYS 1032 C CYS 1032 1_555 C SG CYS 1043 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf42 C SG CYS 1082 C CYS 1082 1_555 C SG CYS 1126 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 17 A ASN 17 1_555 D C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 61 A ASN 61 1_555 GA C1 NAG . A NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 122 A ASN 122 1_555 HA C1 NAG . A NAG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 149 A ASN 149 1_555 IA C1 NAG . A NAG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? covale ? covale5 A ND2 ASN 165 A ASN 165 1_555 JA C1 NAG . A NAG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale6 A ND2 ASN 282 A ASN 282 1_555 LA C1 NAG . A NAG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale7 A ND2 ASN 331 A ASN 331 1_555 E C1 NAG . E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale8 A ND2 ASN 603 A ASN 603 1_555 NA C1 NAG . A NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale9 A ND2 ASN 616 A ASN 616 1_555 F C1 NAG . F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale10 A ND2 ASN 657 A ASN 657 1_555 OA C1 NAG . A NAG 1409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale11 A ND2 ASN 709 A ASN 709 1_555 PA C1 NAG . A NAG 1410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale12 A ND2 ASN 717 A ASN 717 1_555 G C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale13 A ND2 ASN 801 A ASN 801 1_555 H C1 NAG . H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale14 A ND2 ASN 1074 A ASN 1074 1_555 I C1 NAG . I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale15 A ND2 ASN 1098 A ASN 1098 1_555 J C1 NAG . J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale16 A ND2 ASN 1134 A ASN 1134 1_555 K C1 NAG . K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale17 A ND2 ASN 1158 A ASN 1158 1_555 QA C1 NAG . A NAG 1411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale18 B ND2 ASN 17 B ASN 17 1_555 L C1 NAG . L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale19 B ND2 ASN 61 B ASN 61 1_555 RA C1 NAG . B NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale20 B ND2 ASN 122 B ASN 122 1_555 M C1 NAG . M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale21 B ND2 ASN 149 B ASN 149 1_555 SA C1 NAG . B NAG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale22 B ND2 ASN 165 B ASN 165 1_555 N C1 NAG . N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale23 B ND2 ASN 234 B ASN 234 1_555 TA C1 NAG . B NAG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale24 B ND2 ASN 282 B ASN 282 1_555 O C1 NAG . O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale25 B ND2 ASN 331 B ASN 331 1_555 UA C1 NAG . B NAG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? covale ? covale26 B ND2 ASN 343 B ASN 343 1_555 VA C1 NAG . B NAG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale27 B ND2 ASN 603 B ASN 603 1_555 WA C1 NAG . B NAG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale28 B ND2 ASN 616 B ASN 616 1_555 P C1 NAG . P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale29 B ND2 ASN 657 B ASN 657 1_555 XA C1 NAG . B NAG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale30 B ND2 ASN 709 B ASN 709 1_555 YA C1 NAG . B NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale31 B ND2 ASN 717 B ASN 717 1_555 Q C1 NAG . Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale32 B ND2 ASN 801 B ASN 801 1_555 R C1 NAG . R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale33 B ND2 ASN 1074 B ASN 1074 1_555 S C1 NAG . S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale34 B ND2 ASN 1098 B ASN 1098 1_555 T C1 NAG . T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale35 B ND2 ASN 1134 B ASN 1134 1_555 U C1 NAG . U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale36 B ND2 ASN 1158 B ASN 1158 1_555 ZA C1 NAG . B NAG 1409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale37 C ND2 ASN 17 C ASN 17 1_555 V C1 NAG . V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale38 C ND2 ASN 61 C ASN 61 1_555 AB C1 NAG . C NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale39 C ND2 ASN 149 C ASN 149 1_555 BB C1 NAG . C NAG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? covale ? covale40 C ND2 ASN 165 C ASN 165 1_555 X C1 NAG . X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? covale ? covale41 C ND2 ASN 234 C ASN 234 1_555 Y C1 NAG . Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale42 C ND2 ASN 282 C ASN 282 1_555 Z C1 NAG . Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale43 C ND2 ASN 331 C ASN 331 1_555 CB C1 NAG . C NAG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale44 C ND2 ASN 603 C ASN 603 1_555 EB C1 NAG . C NAG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale45 C ND2 ASN 616 C ASN 616 1_555 AA C1 NAG . a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? covale ? covale46 C ND2 ASN 657 C ASN 657 1_555 FB C1 NAG . C NAG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale47 C ND2 ASN 709 C ASN 709 1_555 GB C1 NAG . C NAG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale48 C ND2 ASN 717 C ASN 717 1_555 BA C1 NAG . b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale49 C ND2 ASN 801 C ASN 801 1_555 CA C1 NAG . c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? covale ? covale50 C ND2 ASN 1074 C ASN 1074 1_555 DA C1 NAG . d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale51 C ND2 ASN 1098 C ASN 1098 1_555 EA C1 NAG . e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale52 C ND2 ASN 1134 C ASN 1134 1_555 FA C1 NAG . f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale53 C ND2 ASN 1158 C ASN 1158 1_555 HB C1 NAG . C NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale54 D O4 NAG . D NAG 1 1_555 D C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale55 E O4 NAG . E NAG 1 1_555 E C1 NAG . E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale56 F O4 NAG . F NAG 1 1_555 F C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale57 G O4 NAG . G NAG 1 1_555 G C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale58 H O4 NAG . H NAG 1 1_555 H C1 NAG . H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale59 I O4 NAG . I NAG 1 1_555 I C1 NAG . I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale60 I O6 NAG . I NAG 1 1_555 I C1 FUC . I FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale61 J O4 NAG . J NAG 1 1_555 J C1 NAG . J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale62 J O4 NAG . J NAG 2 1_555 J C1 MAN . J MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale63 K O4 NAG . K NAG 1 1_555 K C1 NAG . K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale64 K O4 NAG . K NAG 2 1_555 K C1 MAN . K MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale65 L O4 NAG . L NAG 1 1_555 L C1 NAG . L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale66 M O4 NAG . M NAG 1 1_555 M C1 NAG . M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale67 N O4 NAG . N NAG 1 1_555 N C1 NAG . N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale68 O O4 NAG . O NAG 1 1_555 O C1 NAG . O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale69 P O4 NAG . P NAG 1 1_555 P C1 NAG . P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale70 Q O4 NAG . Q NAG 1 1_555 Q C1 NAG . Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale71 R O4 NAG . R NAG 1 1_555 R C1 NAG . R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale72 S O4 NAG . S NAG 1 1_555 S C1 NAG . S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale73 S O6 NAG . S NAG 1 1_555 S C1 FUC . S FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale74 T O4 NAG . T NAG 1 1_555 T C1 NAG . T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale75 T O4 NAG . T NAG 2 1_555 T C1 MAN . T MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale76 U O4 NAG . U NAG 1 1_555 U C1 NAG . U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale77 U O4 NAG . U NAG 2 1_555 U C1 MAN . U MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale78 V O4 NAG . V NAG 1 1_555 V C1 NAG . V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale79 W O4 NAG . W NAG 1 1_555 W C1 NAG . W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale80 X O4 NAG . X NAG 1 1_555 X C1 NAG . X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale81 Y O4 NAG . Y NAG 1 1_555 Y C1 NAG . Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale82 Z O4 NAG . Z NAG 1 1_555 Z C1 NAG . Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale83 AA O4 NAG . a NAG 1 1_555 AA C1 NAG . a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale84 BA O4 NAG . b NAG 1 1_555 BA C1 NAG . b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale85 CA O4 NAG . c NAG 1 1_555 CA C1 NAG . c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale86 DA O4 NAG . d NAG 1 1_555 DA C1 NAG . d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale87 DA O6 NAG . d NAG 1 1_555 DA C1 FUC . d FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale88 EA O4 NAG . e NAG 1 1_555 EA C1 NAG . e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale89 EA O4 NAG . e NAG 2 1_555 EA C1 MAN . e MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale90 FA O4 NAG . f NAG 1 1_555 FA C1 NAG . f NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale91 FA O4 NAG . f NAG 2 1_555 FA C1 MAN . f MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 282 n n C1 O1 NAG sing 283 n n C1 O5 NAG sing 284 n n C1 H1 NAG sing 285 n n C2 C3 NAG sing 286 n n C2 N2 NAG sing 287 n n C2 H2 NAG sing 288 n n C3 C4 NAG sing 289 n n C3 O3 NAG sing 290 n n C3 H3 NAG sing 291 n n C4 C5 NAG sing 292 n n C4 O4 NAG sing 293 n n C4 H4 NAG sing 294 n n C5 C6 NAG sing 295 n n C5 O5 NAG sing 296 n n C5 H5 NAG sing 297 n n C6 O6 NAG sing 298 n n C6 H61 NAG sing 299 n n C6 H62 NAG sing 300 n n C7 C8 NAG sing 301 n n C7 N2 NAG sing 302 n n C7 O7 NAG doub 303 n n C8 H81 NAG sing 304 n n C8 H82 NAG sing 305 n n C8 H83 NAG sing 306 n n N2 HN2 NAG sing 307 n n O1 HO1 NAG sing 308 n n O3 HO3 NAG sing 309 n n O4 HO4 NAG sing 310 n n O6 HO6 NAG sing 311 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 7YBI _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code GA 5 NAG A 1 1401 1401 NAG NAG . HA 5 NAG A 1 1402 1402 NAG NAG . IA 5 NAG A 1 1403 1403 NAG NAG . JA 5 NAG A 1 1404 1404 NAG NAG . KA 5 NAG A 1 1405 1405 NAG NAG . LA 5 NAG A 1 1406 1406 NAG NAG . MA 5 NAG A 1 1407 1407 NAG NAG . NA 5 NAG A 1 1408 1408 NAG NAG . OA 5 NAG A 1 1409 1409 NAG NAG . PA 5 NAG A 1 1410 1410 NAG NAG . QA 5 NAG A 1 1411 1411 NAG NAG . RA 5 NAG B 1 1401 1401 NAG NAG . SA 5 NAG B 1 1402 1402 NAG NAG . TA 5 NAG B 1 1403 1403 NAG NAG . UA 5 NAG B 1 1404 1404 NAG NAG . VA 5 NAG B 1 1405 1405 NAG NAG . WA 5 NAG B 1 1406 1406 NAG NAG . XA 5 NAG B 1 1407 1407 NAG NAG . YA 5 NAG B 1 1408 1408 NAG NAG . ZA 5 NAG B 1 1409 1409 NAG NAG . AB 5 NAG C 1 1401 1401 NAG NAG . BB 5 NAG C 1 1402 1402 NAG NAG . CB 5 NAG C 1 1403 1403 NAG NAG . DB 5 NAG C 1 1404 1404 NAG NAG . EB 5 NAG C 1 1405 1405 NAG NAG . FB 5 NAG C 1 1406 1406 NAG NAG . GB 5 NAG C 1 1407 1407 NAG NAG . HB 5 NAG C 1 1408 1408 NAG NAG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . WA 5 138.366 191.444 150.195 1 97.95 ? C1 NAG 1406 B 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . WA 5 139.622 192.305 150.28 1 97.95 ? C2 NAG 1406 B 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . WA 5 139.264 193.775 150.082 1 97.95 ? C3 NAG 1406 B 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . WA 5 138.478 193.963 148.791 1 97.95 ? C4 NAG 1406 B 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . WA 5 137.277 193.021 148.757 1 97.95 ? C5 NAG 1406 B 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . WA 5 136.527 193.063 147.446 1 97.95 ? C6 NAG 1406 B 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . WA 5 141.627 192.209 151.692 1 97.95 ? C7 NAG 1406 B 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . WA 5 142.16 191.974 153.073 1 97.95 ? C8 NAG 1406 B 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . WA 5 140.302 192.11 151.55 1 97.95 ? N2 NAG 1406 B 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . WA 5 140.455 194.554 150.047 1 97.95 ? O3 NAG 1406 B 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . WA 5 138.022 195.307 148.69 1 97.95 ? O4 NAG 1406 B 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . WA 5 137.714 191.667 148.94 1 97.95 ? O5 NAG 1406 B 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . WA 5 135.812 191.856 147.22 1 97.95 ? O6 NAG 1406 B 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . WA 5 142.363 192.477 150.747 1 97.95 ? O7 NAG 1406 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 72 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 32 _model_server_stats.query_time_ms 302 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 14 #