data_7YF7 # _model_server_result.job_id X_c3sn1KAYf9L0Z4jPtniw _model_server_result.datetime_utc '2025-02-26 07:51:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7yf7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":101}' # _entry.id 7YF7 # _exptl.entry_id 7YF7 _exptl.method 'SOLUTION NMR' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O3' DA 1 A DA 1 1_555 I NA NA . A NA 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc2 A OP2 DT 2 A DT 2 1_555 D NA NA . A NA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc3 A O3' DT 2 A DT 2 1_555 D NA NA . A NA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc4 A OP1 DT 2 A DT 2 1_555 I NA NA . A NA 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc5 A OP2 DT 3 A DT 3 1_555 D NA NA . A NA 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? metalc ? metalc6 A O4 DT 3 A DT 3 1_555 G NA NA . A NA 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc7 A OP1 DT 4 A DT 4 1_555 J NA NA . A NA 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc8 A OP2 DT 4 A DT 4 1_555 J NA NA . A NA 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? metalc ? metalc9 A OP1 DT 5 A DT 5 1_555 B NA NA . A NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc10 A OP2 DT 5 A DT 5 1_555 B NA NA . A NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? metalc ? metalc11 A OP2 DT 5 A DT 5 1_555 F NA NA . A NA 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc12 A O5' DT 5 A DT 5 1_555 F NA NA . A NA 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc13 A O4' DA 6 A DA 6 1_555 B NA NA . A NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.899 ? metalc ? metalc14 A OP1 DA 6 A DA 6 1_555 F NA NA . A NA 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc15 A O5' DA 6 A DA 6 1_555 F NA NA . A NA 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc16 A OP1 DT 7 A DT 7 1_555 B NA NA . A NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc17 A O5' DT 7 A DT 7 1_555 B NA NA . A NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? metalc ? metalc18 A OP2 DT 7 A DT 7 1_555 H NA NA . A NA 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc19 A OP1 DT 8 A DT 8 1_555 C NA NA . A NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc20 A O4' DT 8 A DT 8 1_555 C NA NA . A NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc21 A O2 DT 8 A DT 8 1_555 C NA NA . A NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc22 A OP2 DT 8 A DT 8 1_555 H NA NA . A NA 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc23 A O4 DT 8 A DT 8 1_555 J NA NA . A NA 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc24 A OP2 DT 9 A DT 9 1_555 E NA NA . A NA 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc25 A OP1 DT 9 A DT 9 1_555 G NA NA . A NA 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc26 A OP1 DT 10 A DT 10 1_555 E NA NA . A NA 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc27 A OP1 DT 10 A DT 10 1_555 G NA NA . A NA 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc28 A O4' DT 10 A DT 10 1_555 I NA NA . A NA 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc29 A O3' DT 10 A DT 10 1_555 I NA NA . A NA 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 DA 1 A DA 1 1_555 A N3 DT 7 A DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N6 DA 1 A DA 1 1_555 A O4 DT 7 A DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N3 DT 2 A DT 2 1_555 A N1 DA 6 A DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A O4 DT 2 A DT 2 1_555 A N6 DA 6 A DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7YF7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 NA A 1 101 11 NA NA . C 2 NA A 1 102 12 NA NA . D 2 NA A 1 103 13 NA NA . E 2 NA A 1 104 14 NA NA . F 2 NA A 1 105 15 NA NA . G 2 NA A 1 106 16 NA NA . H 2 NA A 1 107 17 NA NA . I 2 NA A 1 108 18 NA NA . J 2 NA A 1 109 19 NA NA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id B _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 1.926 _atom_site.Cartn_y 7.763 _atom_site.Cartn_z 9.652 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 0 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 101 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 5 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 3603 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #