data_7YLW
#
_model_server_result.job_id            ZXVgul_cmmh6obG79yYgcQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 04:47:04' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7ylw 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"FB","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    7YLW 
#
_exptl.entry_id    7YLW 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          11 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    16 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      18 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 11 S N N 
? 11 V N N 
? 11 Y N N 
? 11 BA N N 
? 11 EA N N 
? 11 HA N N 
? 11 LA N N 
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? 11 QA N N 
? 11 TA N N 
? 11 WA N N 
? 11 ZA N N 
? 11 CB N N 
? 11 FB N N 
? 11 IB N N 
? 11 KB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 S O3B ADP . A ADP 601 1_555 T MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.983 ? 
metalc ? metalc2 S O1A ADP . A ADP 601 1_555 T MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc3 S O3A ADP . A ADP 601 1_555 T MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc4 B OD1 ASP 90 B ASP 90 1_555 W MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc5 V O1B ADP . B ADP 601 1_555 W MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc6 V O2B ADP . B ADP 601 1_555 W MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc7 V O2A ADP . B ADP 601 1_555 W MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc8 C OD1 ASP 91 D ASP 91 1_555 Z MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc9 C OG SER 157 D SER 157 1_555 Z MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? 
metalc ? metalc10 Y O2B ADP . D ADP 601 1_555 Z MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc11 Y O2A ADP . D ADP 601 1_555 Z MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc12 BA O2B ADP . E ADP 601 1_555 CA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc13 BA O3A ADP . E ADP 601 1_555 CA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc14 E OD1 ASP 91 G ASP 91 1_555 FA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc15 EA O1A ADP . G ADP 601 1_555 FA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc16 EA O3A ADP . G ADP 601 1_555 FA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc17 F OD1 ASP 96 H ASP 96 1_555 IA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? 
metalc ? metalc18 HA O1A ADP . H ADP 601 1_555 IA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? 
metalc ? metalc19 HA O3A ADP . H ADP 601 1_555 IA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc20 KA MG MG . Q MG 601 1_555 LA O3A ADP . Q ADP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? 
metalc ? metalc21 KA MG MG . Q MG 601 1_555 LA O3B ADP . Q ADP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc22 I OD1 ASP 89 Z ASP 89 1_555 OA MG MG . Z MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? 
metalc ? metalc23 NA O1A ADP . Z ADP 601 1_555 OA MG MG . Z MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc24 NA O2A ADP . Z ADP 601 1_555 OA MG MG . Z MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? 
metalc ? metalc25 NA O3A ADP . Z ADP 601 1_555 OA MG MG . Z MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? 
metalc ? metalc26 J OD1 ASP 96 a ASP 96 1_555 RA MG MG . a MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc27 J OD2 ASP 96 a ASP 96 1_555 RA MG MG . a MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.873 ? 
metalc ? metalc28 QA O1B ADP . a ADP 601 1_555 RA MG MG . a MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc29 QA O1A ADP . a ADP 601 1_555 RA MG MG . a MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc30 QA O2A ADP . a ADP 601 1_555 RA MG MG . a MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? 
metalc ? metalc31 K OD1 ASP 90 b ASP 90 1_555 UA MG MG . b MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc32 K OD2 ASP 90 b ASP 90 1_555 UA MG MG . b MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? 
metalc ? metalc33 TA O3B ADP . b ADP 601 1_555 UA MG MG . b MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc34 TA O2A ADP . b ADP 601 1_555 UA MG MG . b MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc35 L OD1 ASP 91 d ASP 91 1_555 XA MG MG . d MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? 
metalc ? metalc36 L O SER 157 d SER 157 1_555 XA MG MG . d MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? 
metalc ? metalc37 WA O2B ADP . d ADP 601 1_555 XA MG MG . d MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? 
metalc ? metalc38 WA O2A ADP . d ADP 601 1_555 XA MG MG . d MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc39 M OD1 ASP 117 e ASP 117 1_555 AB MG MG . e MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc40 ZA O2A ADP . e ADP 601 1_555 AB MG MG . e MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc41 ZA O3A ADP . e ADP 601 1_555 AB MG MG . e MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc42 N OD1 ASP 91 g ASP 91 1_555 DB MG MG . g MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? 
metalc ? metalc43 CB O2A ADP . g ADP 601 1_555 DB MG MG . g MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc44 CB O3A ADP . g ADP 601 1_555 DB MG MG . g MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc45 O OD1 ASP 96 h ASP 96 1_555 GB MG MG . h MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc46 FB O3B ADP . h ADP 601 1_555 GB MG MG . h MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc47 FB O3A ADP . h ADP 601 1_555 GB MG MG . h MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc48 Q OD1 ASP 98 q ASP 98 1_555 JB MG MG . q MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? 
metalc ? metalc49 IB O3B ADP . q ADP 601 1_555 JB MG MG . q MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc50 R OD1 ASP 89 z ASP 89 1_555 LB MG MG . z MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc51 R OD2 ASP 89 z ASP 89 1_555 LB MG MG . z MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? 
metalc ? metalc52 KB O1A ADP . z ADP 601 1_555 LB MG MG . z MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc53 KB O3A ADP . z ADP 601 1_555 LB MG MG . z MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     7YLW 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
S 11 ADP A 1 601 601 ADP ADP . 
T 12 MG A 1 602 602 MG MG . 
U 13 AF3 A 1 603 603 AF3 AF3 . 
V 11 ADP B 1 601 601 ADP ADP . 
W 12 MG B 1 602 602 MG MG . 
X 13 AF3 B 1 603 603 AF3 AF3 . 
Y 11 ADP D 1 601 601 ADP ADP . 
Z 12 MG D 1 602 602 MG MG . 
AA 13 AF3 D 1 603 603 AF3 AF3 . 
BA 11 ADP E 1 601 601 ADP ADP . 
CA 12 MG E 1 602 602 MG MG . 
DA 13 AF3 E 1 603 603 AF3 AF3 . 
EA 11 ADP G 1 601 601 ADP ADP . 
FA 12 MG G 1 602 602 MG MG . 
GA 13 AF3 G 1 603 603 AF3 AF3 . 
HA 11 ADP H 1 601 601 ADP ADP . 
IA 12 MG H 1 602 602 MG MG . 
JA 13 AF3 H 1 603 603 AF3 AF3 . 
KA 12 MG Q 1 601 601 MG MG . 
LA 11 ADP Q 1 602 602 ADP ADP . 
MA 14 GTP T 1 502 502 GTP GTP . 
NA 11 ADP Z 1 601 601 ADP ADP . 
OA 12 MG Z 1 602 602 MG MG . 
PA 13 AF3 Z 1 603 603 AF3 AF3 . 
QA 11 ADP a 1 601 601 ADP ADP . 
RA 12 MG a 1 602 602 MG MG . 
SA 13 AF3 a 1 603 603 AF3 AF3 . 
TA 11 ADP b 1 601 601 ADP ADP . 
UA 12 MG b 1 602 602 MG MG . 
VA 13 AF3 b 1 603 603 AF3 AF3 . 
WA 11 ADP d 1 601 601 ADP ADP . 
XA 12 MG d 1 602 602 MG MG . 
YA 13 AF3 d 1 603 603 AF3 AF3 . 
ZA 11 ADP e 1 601 601 ADP ADP . 
AB 12 MG e 1 602 602 MG MG . 
BB 13 AF3 e 1 603 603 AF3 AF3 . 
CB 11 ADP g 1 601 601 ADP ADP . 
DB 12 MG g 1 602 602 MG MG . 
EB 13 AF3 g 1 603 603 AF3 AF3 . 
FB 11 ADP h 1 601 601 ADP ADP . 
GB 12 MG h 1 602 602 MG MG . 
HB 13 AF3 h 1 603 603 AF3 AF3 . 
IB 11 ADP q 1 601 601 ADP ADP . 
JB 12 MG q 1 602 602 MG MG . 
KB 11 ADP z 1 601 601 ADP ADP . 
LB 12 MG z 1 602 602 MG MG . 
MB 13 AF3 z 1 603 603 AF3 AF3 . 
NB 15 HOH A 1 701 701 HOH HOH . 
OB 15 HOH B 1 701 701 HOH HOH . 
PB 15 HOH D 1 701 701 HOH HOH . 
QB 15 HOH E 1 701 701 HOH HOH . 
RB 15 HOH G 1 701 701 HOH HOH . 
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