data_7YNZ # _model_server_result.job_id Q7l3RzcKEtOQs1MMDjMbzw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 04:07:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7ynz # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":1102}' # _entry.id 7YNZ # _exptl.entry_id 7YNZ _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7YNZ _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7YNZ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 J N N ? 4 K N N ? 4 L N N ? 4 N N N ? 4 P N N ? 4 Q N N ? 4 R N N ? 4 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 B SG CYS 43 B CYS 43 1_555 B SG CYS 49 B CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 47 B CYS 47 1_555 B SG CYS 57 B CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 205 B CYS 205 1_555 B SG CYS 231 B CYS 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 207 B CYS 207 1_555 B SG CYS 253 B CYS 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf5 D SG CYS 43 D CYS 43 1_555 D SG CYS 49 D CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 D SG CYS 47 D CYS 47 1_555 D SG CYS 57 D CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf7 D SG CYS 205 D CYS 205 1_555 D SG CYS 231 D CYS 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf8 D SG CYS 207 D CYS 207 1_555 D SG CYS 253 D CYS 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf9 F SG CYS 43 F CYS 43 1_555 F SG CYS 49 F CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf10 F SG CYS 47 F CYS 47 1_555 F SG CYS 57 F CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf11 F SG CYS 205 F CYS 205 1_555 F SG CYS 231 F CYS 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf12 F SG CYS 207 F CYS 207 1_555 F SG CYS 253 F CYS 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf13 H SG CYS 43 H CYS 43 1_555 H SG CYS 49 H CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf14 H SG CYS 47 H CYS 47 1_555 H SG CYS 57 H CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf15 H SG CYS 205 H CYS 205 1_555 H SG CYS 231 H CYS 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf16 H SG CYS 207 H CYS 207 1_555 H SG CYS 253 H CYS 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 367 A ASP 367 1_555 J CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 374 A GLU 374 1_555 I MG MG . A MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 399 A GLU 399 1_555 I MG MG . A MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.928 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASN 449 A ASN 449 1_555 L CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc5 A O ARG 514 A ARG 514 1_555 J CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc6 A O SER 533 A SER 533 1_555 J CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 535 A GLU 535 1_555 J CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 535 A GLU 535 1_555 J CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc9 A O SER 604 A SER 600 1_555 J CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc10 A O GLN 893 A GLN 889 1_555 K CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? metalc ? metalc11 A O ASP 896 A ASP 892 1_555 K CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 899 A ASP 895 1_555 K CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 899 A ASP 895 1_555 K CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.197 ? metalc ? metalc14 K CA CA . A CA 1103 1_555 G OD1 ASN 449 G ASN 449 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc15 L CA CA . A CA 1104 1_555 C O GLN 893 C GLN 889 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc16 L CA CA . A CA 1104 1_555 C O ASP 896 C ASP 892 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc17 L CA CA . A CA 1104 1_555 C OD1 ASP 899 C ASP 895 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? metalc ? metalc18 C OD2 ASP 367 C ASP 367 1_555 N CA CA . C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc19 C OE2 GLU 374 C GLU 374 1_555 M MG MG . C MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc20 C OE2 GLU 399 C GLU 399 1_555 M MG MG . C MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASN 449 C ASN 449 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? metalc ? metalc22 C O ARG 514 C ARG 514 1_555 N CA CA . C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc23 C O SER 533 C SER 533 1_555 N CA CA . C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc24 C OE1 GLU 535 C GLU 535 1_555 N CA CA . C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 535 C GLU 535 1_555 N CA CA . C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc26 C O SER 604 C SER 600 1_555 N CA CA . C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? metalc ? metalc27 E OD2 ASP 367 E ASP 367 1_555 P CA CA . E CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc28 E OD1 ASN 449 E ASN 449 1_555 R CA CA . E CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc29 E O ARG 514 E ARG 514 1_555 P CA CA . E CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc30 E O SER 533 E SER 533 1_555 P CA CA . E CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc31 E OE2 GLU 535 E GLU 535 1_555 P CA CA . E CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.157 ? metalc ? metalc32 E O SER 604 E SER 600 1_555 P CA CA . E CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc33 E O GLN 893 E GLN 889 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc34 E O ASP 896 E ASP 892 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc35 E OD1 ASP 899 E ASP 895 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc36 E OD2 ASP 899 E ASP 895 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.16 ? metalc ? metalc37 R CA CA . E CA 1104 1_555 G O GLN 893 G GLN 889 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc38 R CA CA . E CA 1104 1_555 G O ASP 896 G ASP 892 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc39 G OD2 ASP 367 G ASP 367 1_555 T CA CA . G CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc40 G OE2 GLU 399 G GLU 399 1_555 S MG MG . G MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? metalc ? metalc41 G O ARG 514 G ARG 514 1_555 T CA CA . G CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.199 ? metalc ? metalc42 G O SER 533 G SER 533 1_555 T CA CA . G CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? metalc ? metalc43 G OE1 GLU 535 G GLU 535 1_555 T CA CA . G CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? metalc ? metalc44 G OE2 GLU 535 G GLU 535 1_555 T CA CA . G CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc45 G O SER 604 G SER 600 1_555 T CA CA . G CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7YNZ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 MG A 1 1101 1060 MG MG . J 4 CA A 1 1102 1061 CA CA . K 4 CA A 1 1103 1062 CA CA . L 4 CA A 1 1104 1062 CA CA . M 3 MG C 1 1101 1060 MG MG . N 4 CA C 1 1102 1061 CA CA . O 3 MG E 1 1101 1060 MG MG . P 4 CA E 1 1102 1061 CA CA . Q 4 CA E 1 1103 1062 CA CA . R 4 CA E 1 1104 1062 CA CA . S 3 MG G 1 1101 1060 MG MG . T 4 CA G 1 1102 1061 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id N _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 102.339 _atom_site.Cartn_y 164.407 _atom_site.Cartn_z 129.082 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 20 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1102 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 19 _model_server_stats.parse_time_ms 18 _model_server_stats.create_model_time_ms 57 _model_server_stats.query_time_ms 266 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #