data_7YO1 # _model_server_result.job_id s05NSYWkWPY3F24FRrF7PQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-10 23:28:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7yo1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":1104}' # _entry.id 7YO1 # _exptl.entry_id 7YO1 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7YO1 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7YO1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 J N N ? 4 K N N ? 4 M N N ? 4 N N N ? 4 P N N ? 4 Q N N ? 4 R N N ? 4 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 B SG CYS 47 B CYS 47 1_555 B SG CYS 57 B CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 205 B CYS 205 1_555 B SG CYS 231 B CYS 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 D SG CYS 43 D CYS 43 1_555 D SG CYS 49 D CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf4 D SG CYS 47 D CYS 47 1_555 D SG CYS 57 D CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 D SG CYS 205 D CYS 205 1_555 D SG CYS 231 D CYS 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf6 F SG CYS 47 F CYS 47 1_555 F SG CYS 57 F CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf7 F SG CYS 205 F CYS 205 1_555 F SG CYS 231 F CYS 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf8 H SG CYS 43 H CYS 43 1_555 H SG CYS 49 H CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf9 H SG CYS 47 H CYS 47 1_555 H SG CYS 57 H CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf10 H SG CYS 205 H CYS 205 1_555 H SG CYS 231 H CYS 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc1 A OE2 GLU 374 A GLU 374 1_555 I MG MG . A MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 399 A GLU 399 1_555 I MG MG . A MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.92 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASN 449 A ASN 449 1_555 N CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? metalc ? metalc4 A O ARG 514 A ARG 514 1_555 J CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc5 A O SER 533 A SER 533 1_555 J CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? metalc ? metalc6 A O SER 604 A SER 600 1_555 J CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc7 A O GLN 893 A GLN 889 1_555 K CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? metalc ? metalc8 A O ASP 896 A ASP 892 1_555 K CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 899 A ASP 895 1_555 K CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 901 A ASP 897 1_555 K CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 901 A ASP 897 1_555 K CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc12 K CA CA . A CA 1103 1_555 G OD1 ASN 449 G ASN 449 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc13 C OD1 ASN 449 C ASN 449 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc14 C O SER 533 C SER 533 1_555 M CA CA . C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc15 C OE1 GLU 535 C GLU 535 1_555 M CA CA . C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc16 C OE2 GLU 535 C GLU 535 1_555 M CA CA . C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc17 C O SER 604 C SER 600 1_555 M CA CA . C CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? metalc ? metalc18 C O GLN 893 C GLN 889 1_555 N CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc19 C O ASP 896 C ASP 892 1_555 N CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc20 C OD1 ASP 899 C ASP 895 1_555 N CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASP 901 C ASP 897 1_555 N CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc22 C OD2 ASP 901 C ASP 897 1_555 N CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc23 E OE2 GLU 374 E GLU 374 1_555 O MG MG . E MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc ? metalc24 E OD1 ASN 449 E ASN 449 1_555 R CA CA . E CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? metalc ? metalc25 E O SER 533 E SER 533 1_555 P CA CA . E CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc26 E OE2 GLU 535 E GLU 535 1_555 P CA CA . E CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? metalc ? metalc27 E O SER 604 E SER 600 1_555 P CA CA . E CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc28 E O GLN 893 E GLN 889 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc29 E O ASP 896 E ASP 892 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc30 E OD1 ASP 899 E ASP 895 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc31 E OD1 ASP 901 E ASP 897 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc32 E OD2 ASP 901 E ASP 897 1_555 Q CA CA . E CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc33 R CA CA . E CA 1104 1_555 G O GLN 893 G GLN 889 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc34 R CA CA . E CA 1104 1_555 G O ASP 896 G ASP 892 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc35 R CA CA . E CA 1104 1_555 G OD1 ASP 899 G ASP 895 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc36 G OE2 GLU 374 G GLU 374 1_555 S MG MG . G MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc37 G OE2 GLU 399 G GLU 399 1_555 S MG MG . G MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc38 G O ASN 509 G ASN 509 1_555 T CA CA . G CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc39 G O SER 512 G SER 512 1_555 T CA CA . G CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc40 G O VAL 532 G VAL 532 1_555 T CA CA . G CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7YO1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 MG A 1 1101 1060 MG MG . J 4 CA A 1 1102 1061 CA CA . K 4 CA A 1 1103 1062 CA CA . L 3 MG C 1 1101 1060 MG MG . M 4 CA C 1 1102 1061 CA CA . N 4 CA C 1 1103 1062 CA CA . O 3 MG E 1 1101 1060 MG MG . P 4 CA E 1 1102 1061 CA CA . Q 4 CA E 1 1103 1062 CA CA . R 4 CA E 1 1104 1062 CA CA . S 3 MG G 1 1101 1060 MG MG . T 4 CA G 1 1102 1061 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id R _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 176.167 _atom_site.Cartn_y 180.825 _atom_site.Cartn_z 122.977 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 48.36 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1104 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 57 _model_server_stats.query_time_ms 264 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #