data_7Z83
#
_model_server_result.job_id            IWOwSC50JiOWxmBLdnVsGA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-03 11:48:37' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7z83 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    7Z83 
#
_exptl.entry_id    7Z83 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              456.344 
_entity.id                          15 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7Z83 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7Z83 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tridecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      13 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      15 
_struct_asym.id                             O 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 351 F CYS 351 1_555 N FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 354 F CYS 354 1_555 N FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 357 F CYS 357 1_555 N FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 398 F CYS 398 1_555 N FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 92 E CYS 92 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 97 E CYS 97 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 133 E CYS 133 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 137 E CYS 137 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 34 G CYS 36 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 45 G CYS 47 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 48 G CYS 50 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 67 G CYS 69 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 99 G HIS 101 1_555 R FE3 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.916 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 103 G CYS 105 1_555 R FE2 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 106 G CYS 108 1_555 R FE4 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 112 G CYS 114 1_555 R FE1 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 151 G CYS 153 1_555 S FE2 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 154 G CYS 156 1_555 S FE1 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 157 G CYS 159 1_555 S FE3 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 201 G CYS 203 1_555 S FE4 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 228 G CYS 230 1_555 T FE1 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 231 G CYS 233 1_555 T FE4 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc23 C SG CYS 235 G CYS 237 1_555 T FE3 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc24 C SG CYS 263 G CYS 265 1_555 T FE2 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc25 C OD2 ASP 617 G ASP 619 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLN 632 G GLN 634 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 647 G GLU 649 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 731 G ASP 733 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 63 B CYS 63 1_555 W FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 64 B CYS 64 1_555 W FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc31 E SG CYS 129 B CYS 129 1_555 W FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc32 E SG CYS 158 B CYS 158 1_555 W FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc33 F SG CYS 60 I CYS 60 1_555 Y FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc34 F SG CYS 63 I CYS 63 1_555 Y FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc35 F SG CYS 66 I CYS 66 1_555 Y FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc36 F SG CYS 70 I CYS 70 1_555 X FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc37 F SG CYS 99 I CYS 99 1_555 X FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc38 F SG CYS 102 I CYS 102 1_555 X FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc39 F SG CYS 105 I CYS 105 1_555 X FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc40 F SG CYS 109 I CYS 109 1_555 Y FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
#
_chem_comp.formula           'C17 H21 N4 O9 P' 
_chem_comp.formula_weight    456.344 
_chem_comp.id                FMN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 FMN sing 219 n n 
N1 C10 FMN doub 220 n n 
C2 O2 FMN doub 221 n n 
C2 N3 FMN sing 222 n n 
N3 C4 FMN sing 223 n n 
N3 HN3 FMN sing 224 n n 
C4 O4 FMN doub 225 n n 
C4 C4A FMN sing 226 n n 
C4A N5 FMN doub 227 n n 
C4A C10 FMN sing 228 n n 
N5 C5A FMN sing 229 n n 
C5A C6 FMN doub 230 n y 
C5A C9A FMN sing 231 n y 
C6 C7 FMN sing 232 n y 
C6 H6 FMN sing 233 n n 
C7 C7M FMN sing 234 n n 
C7 C8 FMN doub 235 n y 
C7M HM71 FMN sing 236 n n 
C7M HM72 FMN sing 237 n n 
C7M HM73 FMN sing 238 n n 
C8 C8M FMN sing 239 n n 
C8 C9 FMN sing 240 n y 
C8M HM81 FMN sing 241 n n 
C8M HM82 FMN sing 242 n n 
C8M HM83 FMN sing 243 n n 
C9 C9A FMN doub 244 n y 
C9 H9 FMN sing 245 n n 
C9A N10 FMN sing 246 n n 
N10 C10 FMN sing 247 n n 
N10 C1' FMN sing 248 n n 
C1' C2' FMN sing 249 n n 
C1' "H1'1" FMN sing 250 n n 
C1' "H1'2" FMN sing 251 n n 
C2' O2' FMN sing 252 n n 
C2' C3' FMN sing 253 n n 
C2' H2' FMN sing 254 n n 
O2' HO2' FMN sing 255 n n 
C3' O3' FMN sing 256 n n 
C3' C4' FMN sing 257 n n 
C3' H3' FMN sing 258 n n 
O3' HO3' FMN sing 259 n n 
C4' O4' FMN sing 260 n n 
C4' C5' FMN sing 261 n n 
C4' H4' FMN sing 262 n n 
O4' HO4' FMN sing 263 n n 
C5' O5' FMN sing 264 n n 
C5' "H5'1" FMN sing 265 n n 
C5' "H5'2" FMN sing 266 n n 
O5' P FMN sing 267 n n 
P O1P FMN doub 268 n n 
P O2P FMN sing 269 n n 
P O3P FMN sing 270 n n 
O2P HOP2 FMN sing 271 n n 
O3P HOP3 FMN sing 272 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7Z83 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
N 14 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . 
O 15 FMN F 1 502 502 FMN FMN . 
P 16 NAI F 1 503 503 NAI NAI . 
Q 17 FES E 1 201 201 FES FES . 
R 14 SF4 G 1 1001 910 SF4 SF4 . 
S 14 SF4 G 1 1002 911 SF4 SF4 . 
T 14 SF4 G 1 1003 912 SF4 SF4 . 
U 17 FES G 1 1004 913 FES FES . 
V 18 CA G 1 1005 914 CA CA . 
W 14 SF4 B 1 301 231 SF4 SF4 . 
X 14 SF4 I 1 201 202 SF4 SF4 . 
Y 14 SF4 I 1 202 201 SF4 SF4 . 
Z 19 3PE H 1 401 402 3PE 3PE . 
AA 20 LFA H 1 402 601 LFA LFA . 
BA 19 3PE L 1 801 801 3PE 3PE . 
CA 19 3PE L 1 802 1001 3PE 3PE . 
DA 19 3PE L 1 803 1301 3PE 3PE . 
EA 19 3PE L 1 804 601 3PE 3PE . 
FA 20 LFA M 1 1201 1201 LFA LFA . 
GA 19 3PE M 1 1202 701 3PE 3PE . 
HA 19 3PE M 1 1203 801 3PE 3PE . 
IA 20 LFA N 1 501 501 LFA LFA . 
JA 20 LFA N 1 502 601 LFA LFA . 
KA 19 3PE J 1 201 201 3PE 3PE . 
LA 19 3PE J 1 202 301 3PE 3PE . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 FMN . . . O 15 62.378 47.289 204.436 1 20.29 ? N1 FMN 502 F 1 
HETATM 2 C C2 FMN . . . O 15 62.829 46.274 205.243 1 24.21 ? C2 FMN 502 F 1 
HETATM 3 O O2 FMN . . . O 15 62.019 45.58 205.848 1 23.81 ? O2 FMN 502 F 1 
HETATM 4 N N3 FMN . . . O 15 64.18 46.036 205.369 1 22.81 ? N3 FMN 502 F 1 
HETATM 5 C C4 FMN . . . O 15 65.075 46.821 204.679 1 19.97 ? C4 FMN 502 F 1 
HETATM 6 O O4 FMN . . . O 15 66.28 46.62 204.785 1 28.97 ? O4 FMN 502 F 1 
HETATM 7 C C4A FMN . . . O 15 64.617 47.845 203.864 1 18.93 ? C4A FMN 502 F 1 
HETATM 8 N N5 FMN . . . O 15 65.513 48.628 203.18 1 19.41 ? N5 FMN 502 F 1 
HETATM 9 C C5A FMN . . . O 15 65.058 49.639 202.369 1 19.73 ? C5A FMN 502 F 1 
HETATM 10 C C6 FMN . . . O 15 65.981 50.416 201.688 1 28.4 ? C6 FMN 502 F 1 
HETATM 11 C C7 FMN . . . O 15 65.547 51.444 200.87 1 30.42 ? C7 FMN 502 F 1 
HETATM 12 C C7M FMN . . . O 15 66.562 52.27 200.143 1 34.86 ? C7M FMN 502 F 1 
HETATM 13 C C8 FMN . . . O 15 64.188 51.694 200.732 1 27.25 ? C8 FMN 502 F 1 
HETATM 14 C C8M FMN . . . O 15 63.705 52.808 199.852 1 34.98 ? C8M FMN 502 F 1 
HETATM 15 C C9 FMN . . . O 15 63.266 50.914 201.418 1 19.76 ? C9 FMN 502 F 1 
HETATM 16 C C9A FMN . . . O 15 63.697 49.881 202.242 1 16.63 ? C9A FMN 502 F 1 
HETATM 17 N N10 FMN . . . O 15 62.792 49.092 202.93 1 18.72 ? N10 FMN 502 F 1 
HETATM 18 C C10 FMN . . . O 15 63.259 48.079 203.74 1 20.37 ? C10 FMN 502 F 1 
HETATM 19 C C1' FMN . . . O 15 61.31 49.316 202.818 1 24.17 ? C1' FMN 502 F 1 
HETATM 20 C C2' FMN . . . O 15 60.731 48.423 201.719 1 28.35 ? C2' FMN 502 F 1 
HETATM 21 O O2' FMN . . . O 15 60.702 49.133 200.503 1 37.61 ? O2' FMN 502 F 1 
HETATM 22 C C3' FMN . . . O 15 59.323 47.941 202.045 1 34.19 ? C3' FMN 502 F 1 
HETATM 23 O O3' FMN . . . O 15 58.548 49.04 202.462 1 40.15 ? O3' FMN 502 F 1 
HETATM 24 C C4' FMN . . . O 15 59.361 46.894 203.148 1 43.29 ? C4' FMN 502 F 1 
HETATM 25 O O4' FMN . . . O 15 60.481 46.061 202.956 1 63.47 ? O4' FMN 502 F 1 
HETATM 26 C C5' FMN . . . O 15 58.109 46.032 203.212 1 45.16 ? C5' FMN 502 F 1 
HETATM 27 O O5' FMN . . . O 15 56.988 46.844 203.454 1 48.32 ? O5' FMN 502 F 1 
HETATM 28 P P FMN . . . O 15 56.18 46.708 204.836 1 36.43 ? P FMN 502 F 1 
HETATM 29 O O1P FMN . . . O 15 56.622 47.837 205.728 1 47.79 ? O1P FMN 502 F 1 
HETATM 30 O O2P FMN . . . O 15 54.698 46.799 204.578 1 54.36 ? O2P FMN 502 F 1 
HETATM 31 O O3P FMN . . . O 15 56.502 45.398 205.503 1 23.14 ? O3P FMN 502 F 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              60 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    40 
_model_server_stats.query_time_ms           231 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           31 
#