data_7Z84 # _model_server_result.job_id SzHdeHJ2Z9ccm0NezqQb4g _model_server_result.datetime_utc '2025-03-03 12:08:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7z84 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":502}' # _entry.id 7Z84 # _exptl.entry_id 7Z84 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 456.344 _entity.id 15 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7Z84 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7Z84 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tridecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 13 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 15 _struct_asym.id O _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 351 F CYS 351 1_555 N FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 354 F CYS 354 1_555 N FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 357 F CYS 357 1_555 N FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 398 F CYS 398 1_555 N FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 92 E CYS 92 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 97 E CYS 97 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 133 E CYS 133 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 137 E CYS 137 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc9 C SG CYS 34 G CYS 36 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc10 C SG CYS 45 G CYS 47 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 48 G CYS 50 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 67 G CYS 69 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc13 C NE2 HIS 99 G HIS 101 1_555 R FE3 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 103 G CYS 105 1_555 R FE2 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 106 G CYS 108 1_555 R FE4 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 112 G CYS 114 1_555 R FE1 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 151 G CYS 153 1_555 S FE2 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc18 C SG CYS 154 G CYS 156 1_555 S FE1 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 157 G CYS 159 1_555 S FE3 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc20 C SG CYS 201 G CYS 203 1_555 S FE4 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc21 C SG CYS 228 G CYS 230 1_555 T FE1 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc22 C SG CYS 231 G CYS 233 1_555 T FE4 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc23 C SG CYS 235 G CYS 237 1_555 T FE3 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc24 C SG CYS 263 G CYS 265 1_555 T FE2 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc25 C OD2 ASP 617 G ASP 619 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc26 C OE1 GLN 632 G GLN 634 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? metalc ? metalc27 C OE2 GLU 647 G GLU 649 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 731 G ASP 733 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc29 E SG CYS 63 B CYS 63 1_555 W FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc30 E SG CYS 64 B CYS 64 1_555 W FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc31 E SG CYS 129 B CYS 129 1_555 W FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc32 E SG CYS 158 B CYS 158 1_555 W FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc33 F SG CYS 60 I CYS 60 1_555 Y FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc34 F SG CYS 63 I CYS 63 1_555 Y FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc35 F SG CYS 66 I CYS 66 1_555 Y FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc36 F SG CYS 70 I CYS 70 1_555 X FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc37 F SG CYS 99 I CYS 99 1_555 X FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc38 F SG CYS 102 I CYS 102 1_555 X FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc39 F SG CYS 105 I CYS 105 1_555 X FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc40 F SG CYS 109 I CYS 109 1_555 Y FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? # _chem_comp.formula 'C17 H21 N4 O9 P' _chem_comp.formula_weight 456.344 _chem_comp.id FMN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N1 C2 FMN sing 219 n n N1 C10 FMN doub 220 n n C2 O2 FMN doub 221 n n C2 N3 FMN sing 222 n n N3 C4 FMN sing 223 n n N3 HN3 FMN sing 224 n n C4 O4 FMN doub 225 n n C4 C4A FMN sing 226 n n C4A N5 FMN doub 227 n n C4A C10 FMN sing 228 n n N5 C5A FMN sing 229 n n C5A C6 FMN doub 230 n y C5A C9A FMN sing 231 n y C6 C7 FMN sing 232 n y C6 H6 FMN sing 233 n n C7 C7M FMN sing 234 n n C7 C8 FMN doub 235 n y C7M HM71 FMN sing 236 n n C7M HM72 FMN sing 237 n n C7M HM73 FMN sing 238 n n C8 C8M FMN sing 239 n n C8 C9 FMN sing 240 n y C8M HM81 FMN sing 241 n n C8M HM82 FMN sing 242 n n C8M HM83 FMN sing 243 n n C9 C9A FMN doub 244 n y C9 H9 FMN sing 245 n n C9A N10 FMN sing 246 n n N10 C10 FMN sing 247 n n N10 C1' FMN sing 248 n n C1' C2' FMN sing 249 n n C1' "H1'1" FMN sing 250 n n C1' "H1'2" FMN sing 251 n n C2' O2' FMN sing 252 n n C2' C3' FMN sing 253 n n C2' H2' FMN sing 254 n n O2' HO2' FMN sing 255 n n C3' O3' FMN sing 256 n n C3' C4' FMN sing 257 n n C3' H3' FMN sing 258 n n O3' HO3' FMN sing 259 n n C4' O4' FMN sing 260 n n C4' C5' FMN sing 261 n n C4' H4' FMN sing 262 n n O4' HO4' FMN sing 263 n n C5' O5' FMN sing 264 n n C5' "H5'1" FMN sing 265 n n C5' "H5'2" FMN sing 266 n n O5' P FMN sing 267 n n P O1P FMN doub 268 n n P O2P FMN sing 269 n n P O3P FMN sing 270 n n O2P HOP2 FMN sing 271 n n O3P HOP3 FMN sing 272 n n # _atom_sites.entry_id 7Z84 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code N 14 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . O 15 FMN F 1 502 502 FMN FMN . P 16 NAI F 1 503 503 NAI NAI . Q 17 FES E 1 201 201 FES FES . R 14 SF4 G 1 1001 910 SF4 SF4 . S 14 SF4 G 1 1002 911 SF4 SF4 . T 14 SF4 G 1 1003 912 SF4 SF4 . U 17 FES G 1 1004 913 FES FES . V 18 CA G 1 1005 914 CA CA . W 14 SF4 B 1 301 231 SF4 SF4 . X 14 SF4 I 1 201 202 SF4 SF4 . Y 14 SF4 I 1 202 201 SF4 SF4 . Z 19 3PE I 1 203 301 3PE 3PE . AA 19 3PE H 1 401 402 3PE 3PE . BA 20 LFA H 1 402 601 LFA LFA . CA 19 3PE L 1 801 801 3PE 3PE . DA 20 LFA L 1 802 901 LFA LFA . EA 19 3PE L 1 803 1001 3PE 3PE . FA 19 3PE L 1 804 1301 3PE 3PE . GA 19 3PE L 1 805 601 3PE 3PE . HA 20 LFA M 1 1201 1201 LFA LFA . IA 19 3PE M 1 1202 701 3PE 3PE . JA 19 3PE M 1 1203 801 3PE 3PE . KA 20 LFA N 1 601 601 LFA LFA . LA 19 3PE J 1 201 201 3PE 3PE . MA 19 3PE J 1 202 301 3PE 3PE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 FMN . . . O 15 65.147 48.21 204.17 1 23.83 ? N1 FMN 502 F 1 HETATM 2 C C2 FMN . . . O 15 65.553 47.184 204.986 1 25.19 ? C2 FMN 502 F 1 HETATM 3 O O2 FMN . . . O 15 64.71 46.527 205.587 1 32.05 ? O2 FMN 502 F 1 HETATM 4 N N3 FMN . . . O 15 66.891 46.893 205.127 1 26.59 ? N3 FMN 502 F 1 HETATM 5 C C4 FMN . . . O 15 67.826 47.637 204.443 1 28.21 ? C4 FMN 502 F 1 HETATM 6 O O4 FMN . . . O 15 69.022 47.384 204.567 1 37.21 ? O4 FMN 502 F 1 HETATM 7 C C4A FMN . . . O 15 67.417 48.675 203.618 1 22.62 ? C4A FMN 502 F 1 HETATM 8 N N5 FMN . . . O 15 68.347 49.422 202.936 1 21.47 ? N5 FMN 502 F 1 HETATM 9 C C5A FMN . . . O 15 67.938 50.446 202.115 1 22.92 ? C5A FMN 502 F 1 HETATM 10 C C6 FMN . . . O 15 68.895 51.183 201.436 1 30.43 ? C6 FMN 502 F 1 HETATM 11 C C7 FMN . . . O 15 68.505 52.223 200.607 1 31.74 ? C7 FMN 502 F 1 HETATM 12 C C7M FMN . . . O 15 69.553 53.009 199.882 1 35.65 ? C7M FMN 502 F 1 HETATM 13 C C8 FMN . . . O 15 67.156 52.523 200.458 1 29.09 ? C8 FMN 502 F 1 HETATM 14 C C8M FMN . . . O 15 66.728 53.649 199.567 1 31.34 ? C8M FMN 502 F 1 HETATM 15 C C9 FMN . . . O 15 66.199 51.782 201.142 1 29.41 ? C9 FMN 502 F 1 HETATM 16 C C9A FMN . . . O 15 66.586 50.738 201.974 1 24.87 ? C9A FMN 502 F 1 HETATM 17 N N10 FMN . . . O 15 65.649 49.985 202.66 1 26.96 ? N10 FMN 502 F 1 HETATM 18 C C10 FMN . . . O 15 66.069 48.96 203.481 1 23.05 ? C10 FMN 502 F 1 HETATM 19 C C1' FMN . . . O 15 64.177 50.261 202.537 1 28.52 ? C1' FMN 502 F 1 HETATM 20 C C2' FMN . . . O 15 63.566 49.379 201.448 1 36.59 ? C2' FMN 502 F 1 HETATM 21 O O2' FMN . . . O 15 63.571 50.075 200.223 1 36.91 ? O2' FMN 502 F 1 HETATM 22 C C3' FMN . . . O 15 62.142 48.95 201.786 1 42.43 ? C3' FMN 502 F 1 HETATM 23 O O3' FMN . . . O 15 61.458 50.036 202.365 1 44.48 ? O3' FMN 502 F 1 HETATM 24 C C4' FMN . . . O 15 62.156 47.78 202.762 1 46.59 ? C4' FMN 502 F 1 HETATM 25 O O4' FMN . . . O 15 63.108 46.831 202.34 1 58.55 ? O4' FMN 502 F 1 HETATM 26 C C5' FMN . . . O 15 60.806 47.09 202.905 1 53.4 ? C5' FMN 502 F 1 HETATM 27 O O5' FMN . . . O 15 59.824 48.016 203.298 1 53.81 ? O5' FMN 502 F 1 HETATM 28 P P FMN . . . O 15 59.035 47.817 204.684 1 44.67 ? P FMN 502 F 1 HETATM 29 O O1P FMN . . . O 15 59.516 48.875 205.643 1 56.03 ? O1P FMN 502 F 1 HETATM 30 O O2P FMN . . . O 15 57.55 47.952 204.466 1 57.54 ? O2P FMN 502 F 1 HETATM 31 O O3P FMN . . . O 15 59.341 46.459 205.26 1 39.71 ? O3P FMN 502 F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 42 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 50 _model_server_stats.query_time_ms 294 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 31 #