data_7ZCI
#
_model_server_result.job_id            C4o2ZYwgwYmUm3dr2ncOJQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-03 12:01:36' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7zci 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Z","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    7ZCI 
#
_exptl.entry_id    7ZCI 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              282.547 
_entity.id                          19 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            EICOSANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7ZCI 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7ZCI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tridecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      13 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 19 Z N N 
? 19 BA N N 
? 19 GA N N 
? 19 LA N N 
? 19 NA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 351 F CYS 351 1_555 N FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 354 F CYS 354 1_555 N FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 357 F CYS 357 1_555 N FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 398 F CYS 398 1_555 N FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 92 E CYS 92 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 97 E CYS 97 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 133 E CYS 133 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 137 E CYS 137 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 34 G CYS 36 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 45 G CYS 47 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 48 G CYS 50 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 67 G CYS 69 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 99 G HIS 101 1_555 R FE3 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.873 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 103 G CYS 105 1_555 R FE2 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 106 G CYS 108 1_555 R FE4 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 112 G CYS 114 1_555 R FE1 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 151 G CYS 153 1_555 S FE2 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 154 G CYS 156 1_555 S FE1 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 157 G CYS 159 1_555 S FE3 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 201 G CYS 203 1_555 S FE4 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 228 G CYS 230 1_555 T FE1 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 231 G CYS 233 1_555 T FE4 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc23 C SG CYS 235 G CYS 237 1_555 T FE3 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc24 C SG CYS 263 G CYS 265 1_555 T FE2 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc25 C OD2 ASP 617 G ASP 619 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLN 632 G GLN 634 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 647 G GLU 649 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 731 G ASP 733 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 63 B CYS 63 1_555 W FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 64 B CYS 64 1_555 W FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc31 E SG CYS 129 B CYS 129 1_555 W FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc32 E SG CYS 158 B CYS 158 1_555 W FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc33 F SG CYS 60 I CYS 60 1_555 Y FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc34 F SG CYS 63 I CYS 63 1_555 Y FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc35 F SG CYS 66 I CYS 66 1_555 Y FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc36 F SG CYS 70 I CYS 70 1_555 X FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc37 F SG CYS 99 I CYS 99 1_555 X FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc38 F SG CYS 102 I CYS 102 1_555 X FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc39 F SG CYS 105 I CYS 105 1_555 X FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc40 F SG CYS 109 I CYS 109 1_555 Y FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
#
_chem_comp.formula           'C20 H42' 
_chem_comp.formula_weight    282.547 
_chem_comp.id                LFA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              EICOSANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'LIPID FRAGMENT' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 LFA sing 382 n n 
C1 H11 LFA sing 383 n n 
C1 H12 LFA sing 384 n n 
C1 H13 LFA sing 385 n n 
C2 C3 LFA sing 386 n n 
C2 H21 LFA sing 387 n n 
C2 H22 LFA sing 388 n n 
C3 C4 LFA sing 389 n n 
C3 H31 LFA sing 390 n n 
C3 H32 LFA sing 391 n n 
C4 C5 LFA sing 392 n n 
C4 H41 LFA sing 393 n n 
C4 H42 LFA sing 394 n n 
C5 C6 LFA sing 395 n n 
C5 H51 LFA sing 396 n n 
C5 H52 LFA sing 397 n n 
C6 C7 LFA sing 398 n n 
C6 H61 LFA sing 399 n n 
C6 H62 LFA sing 400 n n 
C7 C8 LFA sing 401 n n 
C7 H71 LFA sing 402 n n 
C7 H72 LFA sing 403 n n 
C8 C9 LFA sing 404 n n 
C8 H81 LFA sing 405 n n 
C8 H82 LFA sing 406 n n 
C9 C10 LFA sing 407 n n 
C9 H91 LFA sing 408 n n 
C9 H92 LFA sing 409 n n 
C10 C11 LFA sing 410 n n 
C10 H101 LFA sing 411 n n 
C10 H102 LFA sing 412 n n 
C11 C12 LFA sing 413 n n 
C11 H111 LFA sing 414 n n 
C11 H112 LFA sing 415 n n 
C12 C13 LFA sing 416 n n 
C12 H121 LFA sing 417 n n 
C12 H122 LFA sing 418 n n 
C13 C14 LFA sing 419 n n 
C13 H131 LFA sing 420 n n 
C13 H132 LFA sing 421 n n 
C14 C15 LFA sing 422 n n 
C14 H141 LFA sing 423 n n 
C14 H142 LFA sing 424 n n 
C15 C16 LFA sing 425 n n 
C15 H151 LFA sing 426 n n 
C15 H152 LFA sing 427 n n 
C16 C17 LFA sing 428 n n 
C16 H161 LFA sing 429 n n 
C16 H162 LFA sing 430 n n 
C17 C18 LFA sing 431 n n 
C17 H171 LFA sing 432 n n 
C17 H172 LFA sing 433 n n 
C18 C19 LFA sing 434 n n 
C18 H181 LFA sing 435 n n 
C18 H182 LFA sing 436 n n 
C19 C20 LFA sing 437 n n 
C19 H191 LFA sing 438 n n 
C19 H192 LFA sing 439 n n 
C20 H201 LFA sing 440 n n 
C20 H202 LFA sing 441 n n 
C20 H203 LFA sing 442 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7ZCI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
N 14 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . 
O 15 FMN F 1 502 502 FMN FMN . 
P 16 NAI F 1 503 503 NAI NAI . 
Q 17 FES E 1 201 201 FES FES . 
R 14 SF4 G 1 1001 910 SF4 SF4 . 
S 14 SF4 G 1 1002 911 SF4 SF4 . 
T 14 SF4 G 1 1003 912 SF4 SF4 . 
U 17 FES G 1 1004 913 FES FES . 
V 18 CA G 1 1005 914 CA CA . 
W 14 SF4 B 1 301 231 SF4 SF4 . 
X 14 SF4 I 1 201 202 SF4 SF4 . 
Y 14 SF4 I 1 202 201 SF4 SF4 . 
Z 19 LFA H 1 601 601 LFA LFA . 
AA 20 3PE H 1 602 301 3PE 3PE . 
BA 19 LFA A 1 201 201 LFA LFA . 
CA 20 3PE L 1 801 801 3PE 3PE . 
DA 20 3PE L 1 802 1001 3PE 3PE . 
EA 20 3PE L 1 803 1101 3PE 3PE . 
FA 20 3PE L 1 804 1301 3PE 3PE . 
GA 19 LFA L 1 805 1501 LFA LFA . 
HA 20 3PE L 1 806 1601 3PE 3PE . 
IA 20 3PE L 1 807 601 3PE 3PE . 
JA 20 3PE M 1 701 701 3PE 3PE . 
KA 20 3PE M 1 702 801 3PE 3PE . 
LA 19 LFA N 1 901 901 LFA LFA . 
MA 20 3PE N 1 902 501 3PE 3PE . 
NA 19 LFA N 1 903 601 LFA LFA . 
OA 20 3PE J 1 201 201 3PE 3PE . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 LFA . . . Z 19 120.767 127.963 143.052 1 113.45 ? C1 LFA 601 H 1 
HETATM 2 C C2 LFA . . . Z 19 122.075 128.477 142.515 1 110.91 ? C2 LFA 601 H 1 
HETATM 3 C C3 LFA . . . Z 19 122.256 128.222 141.034 1 110.95 ? C3 LFA 601 H 1 
HETATM 4 C C4 LFA . . . Z 19 123.62 128.635 140.508 1 114.91 ? C4 LFA 601 H 1 
HETATM 5 C C5 LFA . . . Z 19 123.863 128.26 139.06 1 111.55 ? C5 LFA 601 H 1 
HETATM 6 C C6 LFA . . . Z 19 125.243 128.628 138.557 1 105.34 ? C6 LFA 601 H 1 
HETATM 7 C C7 LFA . . . Z 19 126.389 128.001 139.331 1 96.85 ? C7 LFA 601 H 1 
HETATM 8 C C8 LFA . . . Z 19 127.752 128.515 138.902 1 97.09 ? C8 LFA 601 H 1 
HETATM 9 C C9 LFA . . . Z 19 128.871 128.225 139.886 1 99.29 ? C9 LFA 601 H 1 
HETATM 10 C C10 LFA . . . Z 19 130.025 129.21 139.793 1 103.81 ? C10 LFA 601 H 1 
HETATM 11 C C11 LFA . . . Z 19 131.036 129.102 140.918 1 112.83 ? C11 LFA 601 H 1 
HETATM 12 C C12 LFA . . . Z 19 132.19 130.078 140.787 1 123.61 ? C12 LFA 601 H 1 
HETATM 13 C C13 LFA . . . Z 19 131.754 131.525 140.648 1 129.39 ? C13 LFA 601 H 1 
HETATM 14 C C14 LFA . . . Z 19 132.906 132.492 140.414 1 133.28 ? C14 LFA 601 H 1 
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