data_7ZDH # _model_server_result.job_id B4pVVpBNZ9Mo7q7u34244Q _model_server_result.datetime_utc '2024-11-30 03:19:14' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7zdh # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"KB","auth_seq_id":201}' # _entry.id 7ZDH # _exptl.entry_id 7ZDH _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 228.371 _entity.id 49 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MYRISTIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7ZDH _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7ZDH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 49 _struct_asym.id KB _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 H SG CYS 94 V CYS 94 1_555 H SG CYS 114 V CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 L SG CYS 110 Z CYS 112 1_555 L SG CYS 122 Z CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 N SG CYS 32 l CYS 32 1_555 N SG CYS 65 l CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf4 N SG CYS 42 l CYS 42 1_555 N SG CYS 55 l CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf5 U SG CYS 58 s CYS 58 1_555 U SG CYS 89 s CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf6 U SG CYS 68 s CYS 68 1_555 U SG CYS 79 s CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? covale ? covale1 D C FME 1 K FME 1 1_555 D N SER 2 K SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 E C FME 1 L FME 1 1_555 E N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale3 F C FME 1 M FME 1 1_555 F N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale4 H C AYA 1 V AYA 1 1_555 H N LYS 2 V LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale5 J OG SER 113 X SER 44 1_555 GB P1 ZMP . X ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.5 ? covale ? covale6 M C LYS 35 k LYS 35 1_555 M N SEP 36 k SEP 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale7 M C SEP 36 k SEP 36 1_555 M N LYS 37 k LYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale8 U CA GLY 1 s GLY 1 1_555 KB C1 MYR . s MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale9 FA C HIS 84 4 HIS 84 1_555 FA N 2MR 85 4 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale10 FA C 2MR 85 4 2MR 85 1_555 FA N GLY 86 4 GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale11 QA C AYA 3 h AYA 1 1_555 QA N SER 4 h SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale12 SA OG SER 113 j SER 44 1_555 BC P1 ZMP . j ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.5 ? metalc ? metalc1 CA SG CYS 351 1 CYS 359 1_555 LB FE4 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc2 CA SG CYS 354 1 CYS 362 1_555 LB FE3 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc3 CA SG CYS 357 1 CYS 365 1_555 LB FE1 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc4 CA SG CYS 397 1 CYS 405 1_555 LB FE2 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc5 DA SG CYS 99 2 CYS 103 1_555 OB FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc6 DA SG CYS 104 2 CYS 108 1_555 OB FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc7 DA SG CYS 140 2 CYS 144 1_555 OB FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc8 DA SG CYS 144 2 CYS 148 1_555 OB FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc9 EA SG CYS 36 3 CYS 41 1_555 RB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc10 EA SG CYS 47 3 CYS 52 1_555 RB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc11 EA SG CYS 50 3 CYS 55 1_555 RB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc12 EA SG CYS 64 3 CYS 69 1_555 RB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc13 EA NE2 HIS 96 3 HIS 101 1_555 PB FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc14 EA SG CYS 100 3 CYS 105 1_555 PB FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc15 EA SG CYS 103 3 CYS 108 1_555 PB FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc16 EA OE1 GLN 105 3 GLN 110 1_555 SB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.893 ? metalc ? metalc17 EA SG CYS 109 3 CYS 114 1_555 PB FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc18 EA SG CYS 148 3 CYS 153 1_555 QB FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc19 EA SG CYS 151 3 CYS 156 1_555 QB FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc20 EA SG CYS 154 3 CYS 159 1_555 QB FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc21 EA O ILE 195 3 ILE 200 1_555 SB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? metalc ? metalc22 EA SG CYS 198 3 CYS 203 1_555 QB FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc23 EA O CYS 198 3 CYS 203 1_555 SB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.913 ? metalc ? metalc24 EA O VAL 200 3 VAL 205 1_555 SB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.169 ? metalc ? metalc25 EA O LEU 203 3 LEU 208 1_555 SB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.277 ? metalc ? metalc26 HA SG CYS 31 6 CYS 54 1_555 TB FE4 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc27 HA SG CYS 32 6 CYS 55 1_555 TB FE3 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc28 HA SG CYS 96 6 CYS 119 1_555 TB FE1 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc29 HA SG CYS 126 6 CYS 149 1_555 TB FE2 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc30 IA SG CYS 118 9 CYS 77 1_555 XB FE3 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc31 IA SG CYS 121 9 CYS 80 1_555 XB FE4 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc32 IA SG CYS 124 9 CYS 83 1_555 XB FE2 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc33 IA SG CYS 128 9 CYS 87 1_555 WB FE4 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc34 IA SG CYS 157 9 CYS 116 1_555 WB FE2 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc35 IA SG CYS 163 9 CYS 122 1_555 WB FE3 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc36 IA SG CYS 167 9 CYS 126 1_555 XB FE1 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc37 KA SG CYS 59 b CYS 59 1_555 YB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc38 KA NE2 HIS 68 b HIS 68 1_555 YB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc39 KA SG CYS 84 b CYS 84 1_555 YB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc40 KA SG CYS 87 b CYS 87 1_555 YB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? # _chem_comp.formula 'C14 H28 O2' _chem_comp.formula_weight 228.371 _chem_comp.id MYR _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MYRISTIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7ZDH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 3PE A 1 201 101 3PE 3PE . UA 46 PC1 H 1 401 401 PC1 PC1 . VA 45 3PE J 1 201 505 3PE 3PE . WA 45 3PE J 1 202 101 3PE 3PE . XA 45 3PE L 1 1001 1001 3PE 3PE . YA 45 3PE L 1 1002 1108 3PE 3PE . ZA 46 PC1 L 1 1003 701 PC1 PC1 . AB 46 PC1 L 1 1004 801 PC1 PC1 . BB 45 3PE M 1 501 702 3PE 3PE . CB 46 PC1 M 1 502 603 PC1 PC1 . DB 45 3PE N 1 401 903 3PE 3PE . EB 45 3PE N 1 402 401 3PE 3PE . FB 45 3PE V 1 400 400 3PE 3PE . GB 47 ZMP X 1 101 101 ZMP ZMP . HB 48 AMP k 1 501 501 AMP AMP . IB 45 3PE o 1 501 501 3PE 3PE . JB 45 3PE p 1 201 1107 3PE 3PE . KB 49 MYR s 1 201 201 MYR MYR . LB 50 SF4 1 1 501 500 SF4 SF4 . MB 51 FMN 1 1 502 501 FMN FMN . NB 52 NAI 1 1 503 701 NAI NAI . OB 53 FES 2 1 300 300 FES FES . PB 50 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . QB 50 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . RB 53 FES 3 1 803 803 FES FES . SB 54 K 3 1 804 901 K K . TB 50 SF4 6 1 201 300 SF4 SF4 . UB 46 PC1 6 1 202 401 PC1 PC1 . VB 45 3PE 6 1 203 501 3PE 3PE . WB 50 SF4 9 1 201 502 SF4 SF4 . XB 50 SF4 9 1 202 503 SF4 SF4 . YB 55 ZN b 1 300 300 ZN ZN . ZB 56 NDP d 1 401 401 NDP NDP . AC 45 3PE i 1 201 502 3PE 3PE . BC 47 ZMP j 1 101 101 ZMP ZMP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 MYR . . . KB 49 114.781 152.275 41.37 1 102.58 ? C1 MYR 201 s 1 HETATM 2 O O1 MYR . . . KB 49 115.953 151.99 41.51 1 101.58 ? O1 MYR 201 s 1 HETATM 3 C C2 MYR . . . KB 49 113.7 151.841 42.316 1 103.4 ? C2 MYR 201 s 1 HETATM 4 C C3 MYR . . . KB 49 113.122 150.467 42.009 1 97.81 ? C3 MYR 201 s 1 HETATM 5 C C4 MYR . . . KB 49 112.05 150.044 42.997 1 78.25 ? C4 MYR 201 s 1 HETATM 6 C C5 MYR . . . KB 49 112.53 149.981 44.437 1 84.17 ? C5 MYR 201 s 1 HETATM 7 C C6 MYR . . . KB 49 113.648 148.98 44.678 1 103.1 ? C6 MYR 201 s 1 HETATM 8 C C7 MYR . . . KB 49 113.285 147.55 44.311 1 118.35 ? C7 MYR 201 s 1 HETATM 9 C C8 MYR . . . KB 49 114.376 146.538 44.621 1 126.45 ? C8 MYR 201 s 1 HETATM 10 C C9 MYR . . . KB 49 114.011 145.118 44.228 1 115.95 ? C9 MYR 201 s 1 HETATM 11 C C10 MYR . . . KB 49 113.801 144.933 42.736 1 100.19 ? C10 MYR 201 s 1 HETATM 12 C C11 MYR . . . KB 49 115.08 145.005 41.919 1 103.02 ? C11 MYR 201 s 1 HETATM 13 C C12 MYR . . . KB 49 116.061 143.882 42.222 1 124.22 ? C12 MYR 201 s 1 HETATM 14 C C13 MYR . . . KB 49 117.266 143.846 41.3 1 130.78 ? C13 MYR 201 s 1 HETATM 15 C C14 MYR . . . KB 49 118.181 142.671 41.565 1 120.81 ? C14 MYR 201 s 1 # _model_server_stats.io_time_ms 33 _model_server_stats.parse_time_ms 27 _model_server_stats.create_model_time_ms 91 _model_server_stats.query_time_ms 472 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 15 #