data_7ZDH
#
_model_server_result.job_id            akaMHzdn68LpBN6Y_NGL6Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-30 03:13:15' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7zdh 
#
_model_server_params.name     atom_site 
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#
_entry.id    7ZDH 
#
_exptl.entry_id    7ZDH 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          50 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7ZDH 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7ZDH 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    45-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      45 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 50 LB N N 
? 50 PB N N 
? 50 QB N N 
? 50 TB N N 
? 50 WB N N 
? 50 XB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 H SG CYS 94 V CYS 94 1_555 H SG CYS 114 V CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf2 L SG CYS 110 Z CYS 112 1_555 L SG CYS 122 Z CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf3 N SG CYS 32 l CYS 32 1_555 N SG CYS 65 l CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf4 N SG CYS 42 l CYS 42 1_555 N SG CYS 55 l CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf5 U SG CYS 58 s CYS 58 1_555 U SG CYS 89 s CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf6 U SG CYS 68 s CYS 68 1_555 U SG CYS 79 s CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
covale ? covale1 D C FME 1 K FME 1 1_555 D N SER 2 K SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale2 E C FME 1 L FME 1 1_555 E N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale3 F C FME 1 M FME 1 1_555 F N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale4 H C AYA 1 V AYA 1 1_555 H N LYS 2 V LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale5 J OG SER 113 X SER 44 1_555 GB P1 ZMP . X ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.5 ? 
covale ? covale6 M C LYS 35 k LYS 35 1_555 M N SEP 36 k SEP 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale7 M C SEP 36 k SEP 36 1_555 M N LYS 37 k LYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale8 U CA GLY 1 s GLY 1 1_555 KB C1 MYR . s MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale9 FA C HIS 84 4 HIS 84 1_555 FA N 2MR 85 4 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale10 FA C 2MR 85 4 2MR 85 1_555 FA N GLY 86 4 GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale11 QA C AYA 3 h AYA 1 1_555 QA N SER 4 h SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale12 SA OG SER 113 j SER 44 1_555 BC P1 ZMP . j ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.5 ? 
metalc ? metalc1 CA SG CYS 351 1 CYS 359 1_555 LB FE4 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc2 CA SG CYS 354 1 CYS 362 1_555 LB FE3 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc3 CA SG CYS 357 1 CYS 365 1_555 LB FE1 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc4 CA SG CYS 397 1 CYS 405 1_555 LB FE2 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc5 DA SG CYS 99 2 CYS 103 1_555 OB FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc6 DA SG CYS 104 2 CYS 108 1_555 OB FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc7 DA SG CYS 140 2 CYS 144 1_555 OB FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc8 DA SG CYS 144 2 CYS 148 1_555 OB FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc9 EA SG CYS 36 3 CYS 41 1_555 RB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc10 EA SG CYS 47 3 CYS 52 1_555 RB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc11 EA SG CYS 50 3 CYS 55 1_555 RB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc12 EA SG CYS 64 3 CYS 69 1_555 RB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc13 EA NE2 HIS 96 3 HIS 101 1_555 PB FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc14 EA SG CYS 100 3 CYS 105 1_555 PB FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc15 EA SG CYS 103 3 CYS 108 1_555 PB FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc16 EA OE1 GLN 105 3 GLN 110 1_555 SB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.893 ? 
metalc ? metalc17 EA SG CYS 109 3 CYS 114 1_555 PB FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc18 EA SG CYS 148 3 CYS 153 1_555 QB FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc19 EA SG CYS 151 3 CYS 156 1_555 QB FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc20 EA SG CYS 154 3 CYS 159 1_555 QB FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc21 EA O ILE 195 3 ILE 200 1_555 SB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? 
metalc ? metalc22 EA SG CYS 198 3 CYS 203 1_555 QB FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc23 EA O CYS 198 3 CYS 203 1_555 SB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.913 ? 
metalc ? metalc24 EA O VAL 200 3 VAL 205 1_555 SB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.169 ? 
metalc ? metalc25 EA O LEU 203 3 LEU 208 1_555 SB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.277 ? 
metalc ? metalc26 HA SG CYS 31 6 CYS 54 1_555 TB FE4 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc27 HA SG CYS 32 6 CYS 55 1_555 TB FE3 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc28 HA SG CYS 96 6 CYS 119 1_555 TB FE1 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc29 HA SG CYS 126 6 CYS 149 1_555 TB FE2 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc30 IA SG CYS 118 9 CYS 77 1_555 XB FE3 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc31 IA SG CYS 121 9 CYS 80 1_555 XB FE4 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc32 IA SG CYS 124 9 CYS 83 1_555 XB FE2 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc33 IA SG CYS 128 9 CYS 87 1_555 WB FE4 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc34 IA SG CYS 157 9 CYS 116 1_555 WB FE2 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc35 IA SG CYS 163 9 CYS 122 1_555 WB FE3 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc36 IA SG CYS 167 9 CYS 126 1_555 XB FE1 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc37 KA SG CYS 59 b CYS 59 1_555 YB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc38 KA NE2 HIS 68 b HIS 68 1_555 YB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 
metalc ? metalc39 KA SG CYS 84 b CYS 84 1_555 YB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc40 KA SG CYS 87 b CYS 87 1_555 YB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7ZDH 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
TA 45 3PE A 1 201 101 3PE 3PE . 
UA 46 PC1 H 1 401 401 PC1 PC1 . 
VA 45 3PE J 1 201 505 3PE 3PE . 
WA 45 3PE J 1 202 101 3PE 3PE . 
XA 45 3PE L 1 1001 1001 3PE 3PE . 
YA 45 3PE L 1 1002 1108 3PE 3PE . 
ZA 46 PC1 L 1 1003 701 PC1 PC1 . 
AB 46 PC1 L 1 1004 801 PC1 PC1 . 
BB 45 3PE M 1 501 702 3PE 3PE . 
CB 46 PC1 M 1 502 603 PC1 PC1 . 
DB 45 3PE N 1 401 903 3PE 3PE . 
EB 45 3PE N 1 402 401 3PE 3PE . 
FB 45 3PE V 1 400 400 3PE 3PE . 
GB 47 ZMP X 1 101 101 ZMP ZMP . 
HB 48 AMP k 1 501 501 AMP AMP . 
IB 45 3PE o 1 501 501 3PE 3PE . 
JB 45 3PE p 1 201 1107 3PE 3PE . 
KB 49 MYR s 1 201 201 MYR MYR . 
LB 50 SF4 1 1 501 500 SF4 SF4 . 
MB 51 FMN 1 1 502 501 FMN FMN . 
NB 52 NAI 1 1 503 701 NAI NAI . 
OB 53 FES 2 1 300 300 FES FES . 
PB 50 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . 
QB 50 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . 
RB 53 FES 3 1 803 803 FES FES . 
SB 54 K 3 1 804 901 K K . 
TB 50 SF4 6 1 201 300 SF4 SF4 . 
UB 46 PC1 6 1 202 401 PC1 PC1 . 
VB 45 3PE 6 1 203 501 3PE 3PE . 
WB 50 SF4 9 1 201 502 SF4 SF4 . 
XB 50 SF4 9 1 202 503 SF4 SF4 . 
YB 55 ZN b 1 300 300 ZN ZN . 
ZB 56 NDP d 1 401 401 NDP NDP . 
AC 45 3PE i 1 201 502 3PE 3PE . 
BC 47 ZMP j 1 101 101 ZMP ZMP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
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HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . LB 50 102.442 50.575 236.845 1 24.26 ? FE1 SF4 501 1 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . LB 50 103.915 48.358 236.28 1 41.36 ? FE2 SF4 501 1 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . LB 50 103.7 50.474 234.521 1 28.45 ? FE3 SF4 501 1 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . LB 50 105.172 50.611 236.828 1 26.82 ? FE4 SF4 501 1 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . LB 50 105.602 49.269 235.006 1 30.13 ? S1 SF4 501 1 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . LB 50 103.779 52.238 235.986 1 69.8 ? S2 SF4 501 1 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . LB 50 103.825 49.46 238.304 1 41.94 ? S3 SF4 501 1 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . LB 50 102.025 49.048 235.178 1 39.49 ? S4 SF4 501 1 1 
#
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