data_7ZDJ # _model_server_result.job_id 4ydxQS2cFFti-2ugPecmzw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-03 11:52:43' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7zdj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"TA","auth_seq_id":101}' # _entry.id 7ZDJ # _exptl.entry_id 7ZDJ _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 568.704 _entity.id 45 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7ZDJ _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7ZDJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 45 TA N N ? 45 IB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 I SG CYS 94 V CYS 94 1_555 I SG CYS 114 V CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 M SG CYS 110 Z CYS 112 1_555 M SG CYS 122 Z CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf3 O SG CYS 32 l CYS 32 1_555 O SG CYS 65 l CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf4 O SG CYS 42 l CYS 42 1_555 O SG CYS 55 l CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf5 V SG CYS 68 s CYS 68 1_555 V SG CYS 79 s CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? covale ? covale1 A C HIS 117 4 HIS 84 1_555 A N 2MR 118 4 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale2 A C 2MR 118 4 2MR 85 1_555 A N GLY 119 4 GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale3 E C FME 1 K FME 1 1_555 E N SER 2 K SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale4 F C FME 1 L FME 1 1_555 F N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale5 G C FME 1 M FME 1 1_555 G N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale6 I C AYA 1 V AYA 1 1_555 I N LYS 2 V LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale7 K OG SER 113 X SER 44 1_555 TA P1 ZMP . X ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.5 ? covale ? covale8 N C LYS 35 k LYS 35 1_555 N N SEP 36 k SEP 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale9 N C SEP 36 k SEP 36 1_555 N N LYS 37 k LYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale10 V CA GLY 1 s GLY 1 1_555 UA C1 MYR . s MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale11 QA C AYA 3 h AYA 1 1_555 QA N SER 4 h SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale12 SA OG SER 113 j SER 44 1_555 IB P1 ZMP . j ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.5 ? metalc ? metalc1 DA SG CYS 351 1 CYS 359 1_555 VA FE4 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc2 DA SG CYS 354 1 CYS 362 1_555 VA FE3 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc3 DA SG CYS 357 1 CYS 365 1_555 VA FE1 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc4 DA SG CYS 397 1 CYS 405 1_555 VA FE2 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc5 EA SG CYS 99 2 CYS 103 1_555 YA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc6 EA SG CYS 104 2 CYS 108 1_555 YA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc7 EA SG CYS 140 2 CYS 144 1_555 YA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc8 EA SG CYS 144 2 CYS 148 1_555 YA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc9 FA SG CYS 36 3 CYS 41 1_555 BB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc10 FA SG CYS 47 3 CYS 52 1_555 BB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc11 FA SG CYS 50 3 CYS 55 1_555 BB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc12 FA SG CYS 64 3 CYS 69 1_555 BB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc13 FA NE2 HIS 96 3 HIS 101 1_555 ZA FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc14 FA SG CYS 100 3 CYS 105 1_555 ZA FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc15 FA SG CYS 103 3 CYS 108 1_555 ZA FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc16 FA OE1 GLN 105 3 GLN 110 1_555 CB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.903 ? metalc ? metalc17 FA SG CYS 109 3 CYS 114 1_555 ZA FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc18 FA SG CYS 148 3 CYS 153 1_555 AB FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc19 FA SG CYS 151 3 CYS 156 1_555 AB FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc20 FA SG CYS 154 3 CYS 159 1_555 AB FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc21 FA O ILE 195 3 ILE 200 1_555 CB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.915 ? metalc ? metalc22 FA SG CYS 198 3 CYS 203 1_555 AB FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc23 FA O CYS 198 3 CYS 203 1_555 CB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? metalc ? metalc24 FA O VAL 200 3 VAL 205 1_555 CB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.132 ? metalc ? metalc25 FA O LEU 203 3 LEU 208 1_555 CB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.046 ? metalc ? metalc26 HA SG CYS 31 6 CYS 54 1_555 DB FE4 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc27 HA SG CYS 32 6 CYS 55 1_555 DB FE3 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc28 HA SG CYS 96 6 CYS 119 1_555 DB FE1 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc29 HA SG CYS 126 6 CYS 149 1_555 DB FE2 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc30 IA SG CYS 77 9 CYS 77 1_555 FB FE3 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc31 IA SG CYS 80 9 CYS 80 1_555 FB FE4 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc32 IA SG CYS 83 9 CYS 83 1_555 FB FE2 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc33 IA SG CYS 87 9 CYS 87 1_555 EB FE4 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc34 IA SG CYS 116 9 CYS 116 1_555 EB FE2 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc35 IA SG CYS 119 9 CYS 119 1_555 EB FE1 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc36 IA SG CYS 122 9 CYS 122 1_555 EB FE3 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc37 IA SG CYS 126 9 CYS 126 1_555 FB FE1 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc38 KA SG CYS 59 b CYS 59 1_555 GB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc39 KA NE2 HIS 68 b HIS 68 1_555 GB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc40 KA SG CYS 84 b CYS 84 1_555 GB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc41 KA SG CYS 87 b CYS 87 1_555 GB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? # _chem_comp.formula 'C25 H49 N2 O8 P S' _chem_comp.formula_weight 568.704 _chem_comp.id ZMP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7ZDJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 ZMP X 1 101 101 ZMP ZMP . UA 46 MYR s 1 201 201 MYR MYR . VA 47 SF4 1 1 501 500 SF4 SF4 . WA 48 FMN 1 1 502 501 FMN FMN . XA 49 NAI 1 1 503 701 NAI NAI . YA 50 FES 2 1 300 300 FES FES . ZA 47 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . AB 47 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . BB 50 FES 3 1 803 803 FES FES . CB 51 K 3 1 804 901 K K . DB 47 SF4 6 1 300 300 SF4 SF4 . EB 47 SF4 9 1 201 502 SF4 SF4 . FB 47 SF4 9 1 202 503 SF4 SF4 . GB 52 ZN b 1 300 300 ZN ZN . HB 53 NDP d 1 401 401 NDP NDP . IB 45 ZMP j 1 101 101 ZMP ZMP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O7 ZMP . . . TA 45 138.472 103.622 73.168 1 119.86 ? O7 ZMP 101 X 1 HETATM 2 P P1 ZMP . . . TA 45 137.002 103.942 73.725 1 134.18 ? P1 ZMP 101 X 1 HETATM 3 O O6 ZMP . . . TA 45 136.64 102.963 74.771 1 131.16 ? O6 ZMP 101 X 1 HETATM 4 O O5 ZMP . . . TA 45 137.184 105.398 74.376 1 132.91 ? O5 ZMP 101 X 1 HETATM 5 C C21 ZMP . . . TA 45 138.321 105.663 75.198 1 129.39 ? C21 ZMP 101 X 1 HETATM 6 C C18 ZMP . . . TA 45 138.746 107.127 75.047 1 121.4 ? C18 ZMP 101 X 1 HETATM 7 C C19 ZMP . . . TA 45 138.911 107.44 73.561 1 115.63 ? C19 ZMP 101 X 1 HETATM 8 C C20 ZMP . . . TA 45 137.676 108.044 75.638 1 112.47 ? C20 ZMP 101 X 1 HETATM 9 C C17 ZMP . . . TA 45 140.096 107.357 75.745 1 121.76 ? C17 ZMP 101 X 1 HETATM 10 O O4 ZMP . . . TA 45 140.951 106.238 75.49 1 124.73 ? O4 ZMP 101 X 1 HETATM 11 C C16 ZMP . . . TA 45 139.946 107.559 77.266 1 112.86 ? C16 ZMP 101 X 1 HETATM 12 O O3 ZMP . . . TA 45 139.582 106.638 77.997 1 107.47 ? O3 ZMP 101 X 1 HETATM 13 N N2 ZMP . . . TA 45 140.276 108.778 77.733 1 97.8 ? N2 ZMP 101 X 1 HETATM 14 C C15 ZMP . . . TA 45 140.728 109.891 76.881 1 75.26 ? C15 ZMP 101 X 1 HETATM 15 C C14 ZMP . . . TA 45 139.754 111.054 77.04 1 82 ? C14 ZMP 101 X 1 HETATM 16 C C13 ZMP . . . TA 45 140.188 112.228 76.164 1 90.25 ? C13 ZMP 101 X 1 HETATM 17 O O2 ZMP . . . TA 45 141.164 112.913 76.461 1 94.35 ? O2 ZMP 101 X 1 HETATM 18 N N1 ZMP . . . TA 45 139.421 112.442 75.088 1 90.58 ? N1 ZMP 101 X 1 HETATM 19 C C12 ZMP . . . TA 45 139.689 113.539 74.15 1 85.75 ? C12 ZMP 101 X 1 HETATM 20 C C11 ZMP . . . TA 45 138.97 114.796 74.641 1 91.57 ? C11 ZMP 101 X 1 HETATM 21 S S1 ZMP . . . TA 45 139.509 116.322 73.788 1 126.92 ? S1 ZMP 101 X 1 HETATM 22 C C10 ZMP . . . TA 45 138.618 116.165 72.316 1 105.96 ? C10 ZMP 101 X 1 HETATM 23 O O1 ZMP . . . TA 45 137.742 115.322 72.138 1 104.9 ? O1 ZMP 101 X 1 HETATM 24 C C9 ZMP . . . TA 45 138.995 117.166 71.221 1 96.37 ? C9 ZMP 101 X 1 HETATM 25 C C8 ZMP . . . TA 45 137.929 118.26 71.13 1 99.99 ? C8 ZMP 101 X 1 HETATM 26 C C7 ZMP . . . TA 45 136.82 117.81 70.176 1 112.3 ? C7 ZMP 101 X 1 HETATM 27 C C6 ZMP . . . TA 45 135.706 118.858 70.131 1 123.35 ? C6 ZMP 101 X 1 HETATM 28 C C5 ZMP . . . TA 45 134.45 118.235 69.517 1 115.13 ? C5 ZMP 101 X 1 HETATM 29 C C4 ZMP . . . TA 45 133.3 119.246 69.54 1 102.31 ? C4 ZMP 101 X 1 HETATM 30 C C3 ZMP . . . TA 45 133.429 120.204 68.355 1 80.44 ? C3 ZMP 101 X 1 HETATM 31 C C2 ZMP . . . TA 45 132.056 120.788 68.017 1 47.58 ? C2 ZMP 101 X 1 # _model_server_stats.io_time_ms 32 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 91 _model_server_stats.query_time_ms 241 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 31 #