data_7ZDM
#
_model_server_result.job_id            TgxXVvX6Osy1KnGhpf3m7A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-01 03:38:20' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7zdm 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"GB","auth_seq_id":402}' 
#
_entry.id    7ZDM 
#
_exptl.entry_id    7ZDM 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          45 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7ZDM 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7ZDM 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    45-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      45 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 45 TA N N 
? 45 XA N N 
? 45 YA N N 
? 45 CB N N 
? 45 GB N N 
? 45 HB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 Y SG CYS 95 V CYS 94 1_555 Y SG CYS 115 V CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf2 CA SG CYS 112 Z CYS 112 1_555 CA SG CYS 124 Z CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf3 EA SG CYS 33 l CYS 32 1_555 EA SG CYS 66 l CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf4 EA SG CYS 43 l CYS 42 1_555 EA SG CYS 56 l CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf5 LA SG CYS 59 s CYS 58 1_555 LA SG CYS 90 s CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf6 LA SG CYS 69 s CYS 68 1_555 LA SG CYS 80 s CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
covale ? covale1 D C HIS 117 4 HIS 84 1_555 D N 2MR 118 4 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale2 D C 2MR 118 4 2MR 85 1_555 D N GLY 119 4 GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale3 O C AYA 3 h AYA 1 1_555 O N SER 4 h SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale4 Q OG SER 113 j SER 44 1_555 KB P1 ZMP . j ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.5 ? 
covale ? covale5 U C FME 1 K FME 1 1_555 U N SER 2 K SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale6 V C FME 1 L FME 1 1_555 V N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale7 W C FME 1 M FME 1 1_555 W N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale8 Y C AYA 2 V AYA 1 1_555 Y N LYS 3 V LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale9 AA OG SER 113 X SER 44 1_555 VB P1 ZMP . X ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.498 ? 
covale ? covale10 DA C LYS 70 k LYS 35 1_555 DA N SEP 71 k SEP 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale11 DA C SEP 71 k SEP 36 1_555 DA N LYS 72 k LYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale12 LA CA GLY 2 s GLY 1 1_555 YB C1 MYR . s MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 379 1 CYS 359 1_555 TA FE4 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 382 1 CYS 362 1_555 TA FE3 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 385 1 CYS 365 1_555 TA FE1 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 425 1 CYS 405 1_555 TA FE2 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 132 2 CYS 103 1_555 WA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 137 2 CYS 108 1_555 WA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 173 2 CYS 144 1_555 WA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 177 2 CYS 148 1_555 WA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 64 3 CYS 41 1_555 ZA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 75 3 CYS 52 1_555 ZA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 78 3 CYS 55 1_555 ZA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 92 3 CYS 69 1_555 ZA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 124 3 HIS 101 1_555 XA FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 128 3 CYS 105 1_555 XA FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 131 3 CYS 108 1_555 XA FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc16 C OE1 GLN 133 3 GLN 110 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.016 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 137 3 CYS 114 1_555 XA FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 176 3 CYS 153 1_555 YA FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 179 3 CYS 156 1_555 YA FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 182 3 CYS 159 1_555 YA FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc21 C O ILE 223 3 ILE 200 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 226 3 CYS 203 1_555 YA FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc23 C O CYS 226 3 CYS 203 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.198 ? 
metalc ? metalc24 C O VAL 228 3 VAL 205 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.059 ? 
metalc ? metalc25 C O LEU 231 3 LEU 208 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? 
metalc ? metalc26 F SG CYS 98 6 CYS 54 1_555 CB FE4 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc27 F SG CYS 99 6 CYS 55 1_555 CB FE3 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc28 F SG CYS 163 6 CYS 119 1_555 CB FE1 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc29 F SG CYS 193 6 CYS 149 1_555 CB FE2 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc30 G SG CYS 118 9 CYS 77 1_555 HB FE3 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc31 G SG CYS 121 9 CYS 80 1_555 HB FE4 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc32 G SG CYS 124 9 CYS 83 1_555 HB FE2 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc33 G SG CYS 128 9 CYS 87 1_555 GB FE4 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc34 G SG CYS 157 9 CYS 116 1_555 GB FE2 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc35 G SG CYS 163 9 CYS 122 1_555 GB FE3 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc36 G SG CYS 167 9 CYS 126 1_555 HB FE1 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc37 I SG CYS 87 b CYS 59 1_555 IB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc38 I NE2 HIS 96 b HIS 68 1_555 IB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
metalc ? metalc39 I SG CYS 112 b CYS 84 1_555 IB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc40 I SG CYS 115 b CYS 87 1_555 IB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7ZDM 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
TA 45 SF4 1 1 501 500 SF4 SF4 . 
UA 46 FMN 1 1 502 501 FMN FMN . 
VA 47 NAI 1 1 503 701 NAI NAI . 
WA 48 FES 2 1 300 300 FES FES . 
XA 45 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . 
YA 45 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . 
ZA 48 FES 3 1 803 803 FES FES . 
AB 49 K 3 1 804 901 K K . 
BB 50 3PE 4 1 501 903 3PE 3PE . 
CB 45 SF4 6 1 201 300 SF4 SF4 . 
DB 51 PC1 6 1 202 401 PC1 PC1 . 
EB 50 3PE 6 1 203 501 3PE 3PE . 
FB 51 PC1 9 1 401 401 PC1 PC1 . 
GB 45 SF4 9 1 402 502 SF4 SF4 . 
HB 45 SF4 9 1 403 503 SF4 SF4 . 
IB 52 ZN b 1 300 300 ZN ZN . 
JB 53 NDP d 1 401 401 NDP NDP . 
KB 54 ZMP j 1 101 101 ZMP ZMP . 
LB 50 3PE A 1 201 101 3PE 3PE . 
MB 50 3PE H 1 401 505 3PE 3PE . 
NB 50 3PE J 1 201 101 3PE 3PE . 
OB 50 3PE L 1 1001 1001 3PE 3PE . 
PB 51 PC1 L 1 1002 701 PC1 PC1 . 
QB 51 PC1 L 1 1003 801 PC1 PC1 . 
RB 50 3PE M 1 501 702 3PE 3PE . 
SB 51 PC1 M 1 502 603 PC1 PC1 . 
TB 50 3PE V 1 201 1107 3PE 3PE . 
UB 50 3PE V 1 202 400 3PE 3PE . 
VB 54 ZMP X 1 101 101 ZMP ZMP . 
WB 55 AMP k 1 501 501 AMP AMP . 
XB 50 3PE o 1 501 501 3PE 3PE . 
YB 56 MYR s 1 201 201 MYR MYR . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . GB 45 89.115 90.524 213.191 1 6.7 ? FE1 SF4 402 9 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . GB 45 89.746 93.115 213.639 1 14.92 ? FE2 SF4 402 9 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . GB 45 90.12 91.287 215.574 1 14 ? FE3 SF4 402 9 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . GB 45 91.72 91.288 213.376 1 11.96 ? FE4 SF4 402 9 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . GB 45 91.61 92.936 214.976 1 16.41 ? S1 SF4 402 9 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . GB 45 90.77 89.445 214.364 1 52.09 ? S2 SF4 402 9 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . GB 45 90.233 91.91 211.74 1 39.85 ? S3 SF4 402 9 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . GB 45 88.091 91.924 214.7 1 30.4 ? S4 SF4 402 9 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              31 
_model_server_stats.parse_time_ms           12 
_model_server_stats.create_model_time_ms    93 
_model_server_stats.query_time_ms           284 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           8 
#