data_7ZDP # _model_server_result.job_id GI6ffRUvYZcTIRciLlbQbw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-03 12:14:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7zdp # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"XA","auth_seq_id":502}' # _entry.id 7ZDP # _exptl.entry_id 7ZDP _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 456.344 _entity.id 49 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7ZDP _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7ZDP _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 49 _struct_asym.id XA _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 I SG CYS 94 V CYS 94 1_555 I SG CYS 114 V CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf2 M SG CYS 110 Z CYS 112 1_555 M SG CYS 122 Z CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf3 O SG CYS 32 l CYS 32 1_555 O SG CYS 65 l CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf4 O SG CYS 42 l CYS 42 1_555 O SG CYS 55 l CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf5 V SG CYS 68 s CYS 68 1_555 V SG CYS 79 s CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? covale ? covale1 A C HIS 117 4 HIS 84 1_555 A N 2MR 118 4 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale2 A C 2MR 118 4 2MR 85 1_555 A N GLY 119 4 GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale3 E C FME 1 K FME 1 1_555 E N SER 2 K SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale4 F C FME 1 L FME 1 1_555 F N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale5 G C FME 1 M FME 1 1_555 G N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale6 I C AYA 1 V AYA 1 1_555 I N LYS 2 V LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale7 K OG SER 113 X SER 44 1_555 TA P1 ZMP . X ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.499 ? covale ? covale8 N C LYS 35 k LYS 35 1_555 N N SEP 36 k SEP 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale9 N C SEP 36 k SEP 36 1_555 N N LYS 37 k LYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale10 V CA GLY 1 s GLY 1 1_555 VA C1 MYR . s MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale11 QA C AYA 3 h AYA 1 1_555 QA N SER 4 h SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale12 SA OG SER 113 j SER 44 1_555 JB P1 ZMP . j ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? metalc ? metalc1 DA SG CYS 351 1 CYS 359 1_555 WA FE4 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc2 DA SG CYS 354 1 CYS 362 1_555 WA FE3 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc3 DA SG CYS 357 1 CYS 365 1_555 WA FE1 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc4 DA SG CYS 397 1 CYS 405 1_555 WA FE2 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc5 EA SG CYS 99 2 CYS 103 1_555 ZA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc6 EA SG CYS 104 2 CYS 108 1_555 ZA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc7 EA SG CYS 140 2 CYS 144 1_555 ZA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc8 EA SG CYS 144 2 CYS 148 1_555 ZA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc9 FA SG CYS 36 3 CYS 41 1_555 CB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc10 FA SG CYS 47 3 CYS 52 1_555 CB FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc11 FA SG CYS 50 3 CYS 55 1_555 CB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc12 FA SG CYS 64 3 CYS 69 1_555 CB FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc13 FA NE2 HIS 96 3 HIS 101 1_555 AB FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? metalc ? metalc14 FA SG CYS 100 3 CYS 105 1_555 AB FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc15 FA SG CYS 103 3 CYS 108 1_555 AB FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc16 FA OE1 GLN 105 3 GLN 110 1_555 DB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc17 FA SG CYS 109 3 CYS 114 1_555 AB FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc18 FA SG CYS 148 3 CYS 153 1_555 BB FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc19 FA SG CYS 151 3 CYS 156 1_555 BB FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc20 FA SG CYS 154 3 CYS 159 1_555 BB FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc21 FA O ILE 195 3 ILE 200 1_555 DB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc22 FA SG CYS 198 3 CYS 203 1_555 BB FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc23 FA O CYS 198 3 CYS 203 1_555 DB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? metalc ? metalc24 FA O VAL 200 3 VAL 205 1_555 DB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.326 ? metalc ? metalc25 FA O LEU 203 3 LEU 208 1_555 DB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.097 ? metalc ? metalc26 HA SG CYS 31 6 CYS 54 1_555 EB FE4 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc27 HA SG CYS 32 6 CYS 55 1_555 EB FE3 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc28 HA SG CYS 96 6 CYS 119 1_555 EB FE1 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc29 HA SG CYS 126 6 CYS 149 1_555 EB FE2 SF4 . 6 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc30 IA SG CYS 77 9 CYS 77 1_555 GB FE3 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc31 IA SG CYS 80 9 CYS 80 1_555 GB FE4 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc32 IA SG CYS 83 9 CYS 83 1_555 GB FE2 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc33 IA SG CYS 87 9 CYS 87 1_555 FB FE4 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc34 IA SG CYS 116 9 CYS 116 1_555 FB FE2 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc35 IA SG CYS 119 9 CYS 119 1_555 FB FE1 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc36 IA SG CYS 122 9 CYS 122 1_555 FB FE3 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc37 IA SG CYS 126 9 CYS 126 1_555 GB FE1 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc38 KA SG CYS 59 b CYS 59 1_555 HB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc39 KA NE2 HIS 68 b HIS 68 1_555 HB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc40 KA SG CYS 84 b CYS 84 1_555 HB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc41 KA SG CYS 87 b CYS 87 1_555 HB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? # _chem_comp.formula 'C17 H21 N4 O9 P' _chem_comp.formula_weight 456.344 _chem_comp.id FMN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' # _atom_sites.entry_id 7ZDP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 ZMP X 1 101 101 ZMP ZMP . UA 46 AMP k 1 501 501 AMP AMP . VA 47 MYR s 1 201 201 MYR MYR . WA 48 SF4 1 1 501 500 SF4 SF4 . XA 49 FMN 1 1 502 501 FMN FMN . YA 50 NAI 1 1 503 701 NAI NAI . ZA 51 FES 2 1 300 300 FES FES . AB 48 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . BB 48 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . CB 51 FES 3 1 803 803 FES FES . DB 52 K 3 1 804 901 K K . EB 48 SF4 6 1 300 300 SF4 SF4 . FB 48 SF4 9 1 201 502 SF4 SF4 . GB 48 SF4 9 1 202 503 SF4 SF4 . HB 53 ZN b 1 300 300 ZN ZN . IB 54 NDP d 1 401 401 NDP NDP . JB 45 ZMP j 1 101 101 ZMP ZMP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 FMN . . . XA 49 98.057 36.997 247.842 1 68.49 ? N1 FMN 502 1 1 HETATM 2 C C2 FMN . . . XA 49 98.544 36.627 249.077 1 76.22 ? C2 FMN 502 1 1 HETATM 3 O O2 FMN . . . XA 49 98.82 35.451 249.292 1 80.49 ? O2 FMN 502 1 1 HETATM 4 N N3 FMN . . . XA 49 98.72 37.567 250.068 1 77 ? N3 FMN 502 1 1 HETATM 5 C C4 FMN . . . XA 49 98.411 38.887 249.821 1 75.07 ? C4 FMN 502 1 1 HETATM 6 O O4 FMN . . . XA 49 98.565 39.733 250.7 1 79.1 ? O4 FMN 502 1 1 HETATM 7 C C4A FMN . . . XA 49 97.924 39.262 248.579 1 71.78 ? C4A FMN 502 1 1 HETATM 8 N N5 FMN . . . XA 49 97.612 40.578 248.34 1 70.61 ? N5 FMN 502 1 1 HETATM 9 C C5A FMN . . . XA 49 97.132 40.957 247.109 1 66.01 ? C5A FMN 502 1 1 HETATM 10 C C6 FMN . . . XA 49 96.827 42.292 246.889 1 55.61 ? C6 FMN 502 1 1 HETATM 11 C C7 FMN . . . XA 49 96.338 42.694 245.657 1 57.91 ? C7 FMN 502 1 1 HETATM 12 C C7M FMN . . . XA 49 96.012 44.139 245.427 1 64.75 ? C7M FMN 502 1 1 HETATM 13 C C8 FMN . . . XA 49 96.155 41.756 244.648 1 62.17 ? C8 FMN 502 1 1 HETATM 14 C C8M FMN . . . XA 49 95.627 42.186 243.314 1 59.85 ? C8M FMN 502 1 1 HETATM 15 C C9 FMN . . . XA 49 96.458 40.418 244.871 1 69.3 ? C9 FMN 502 1 1 HETATM 16 C C9A FMN . . . XA 49 96.95 40.011 246.105 1 69.55 ? C9A FMN 502 1 1 HETATM 17 N N10 FMN . . . XA 49 97.264 38.683 246.343 1 69.03 ? N10 FMN 502 1 1 HETATM 18 C C10 FMN . . . XA 49 97.746 38.313 247.583 1 66.3 ? C10 FMN 502 1 1 HETATM 19 C C1' FMN . . . XA 49 97.075 37.634 245.282 1 66.43 ? C1' FMN 502 1 1 HETATM 20 C C2' FMN . . . XA 49 98.361 37.388 244.497 1 56.46 ? C2' FMN 502 1 1 HETATM 21 O O2' FMN . . . XA 49 98.374 38.205 243.351 1 58.03 ? O2' FMN 502 1 1 HETATM 22 C C3' FMN . . . XA 49 98.478 35.93 244.068 1 62.73 ? C3' FMN 502 1 1 HETATM 23 O O3' FMN . . . XA 49 97.223 35.475 243.617 1 64.85 ? O3' FMN 502 1 1 HETATM 24 C C4' FMN . . . XA 49 98.942 35.07 245.235 1 69.03 ? C4' FMN 502 1 1 HETATM 25 O O4' FMN . . . XA 49 100.048 35.694 245.847 1 67.36 ? O4' FMN 502 1 1 HETATM 26 C C5' FMN . . . XA 49 99.331 33.658 244.811 1 72.47 ? C5' FMN 502 1 1 HETATM 27 O O5' FMN . . . XA 49 98.208 32.965 244.316 1 75.02 ? O5' FMN 502 1 1 HETATM 28 P P FMN . . . XA 49 98.105 31.37 244.509 1 68.14 ? P FMN 502 1 1 HETATM 29 O O1P FMN . . . XA 49 97.226 31.087 245.703 1 72.22 ? O1P FMN 502 1 1 HETATM 30 O O2P FMN . . . XA 49 97.522 30.733 243.272 1 64.36 ? O2P FMN 502 1 1 HETATM 31 O O3P FMN . . . XA 49 99.481 30.81 244.768 1 71.92 ? O3P FMN 502 1 1 # _model_server_stats.io_time_ms 39 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 137 _model_server_stats.query_time_ms 467 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 31 #