data_7ZQS # _model_server_result.job_id G_GimH-yp80JAFoCfhZE7g _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 01:33:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7zqs # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":102}' # _entry.id 7ZQS # _exptl.entry_id 7ZQS _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7ZQS _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7ZQS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 I N N ? 4 J N N ? 4 L N N ? 4 M N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 3 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 3 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 3 n E NAG 1 E 1 NAG B 760 NAG 3 n E NAG 2 E 2 NAG B 761 NAG 3 n F NAG 1 F 1 NAG B 762 NAG 3 n F NAG 2 F 2 NAG B 763 NAG 3 n G NAG 1 G 1 NAG D 760 NAG 3 n G NAG 2 G 2 NAG D 761 NAG 3 n H NAG 1 H 1 NAG D 762 NAG 3 n H NAG 2 H 2 NAG D 763 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B ND2 ASN 251 B ASN 251 1_555 K C1 NAG . B NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale2 B ND2 ASN 317 B ASN 317 1_555 E C1 NAG . E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 727 B ASN 727 1_555 F C1 NAG . F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale4 D ND2 ASN 251 D ASN 251 1_555 N C1 NAG . D NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale5 D ND2 ASN 317 D ASN 317 1_555 G C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale6 D ND2 ASN 727 D ASN 727 1_555 H C1 NAG . H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale7 E O4 NAG . E NAG 1 1_555 E C1 NAG . E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale8 F O4 NAG . F NAG 1 1_555 F C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale9 G O4 NAG . G NAG 1 1_555 G C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale10 H O4 NAG . H NAG 1 1_555 H C1 NAG . H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? metalc ? metalc1 A OP2 DG 34 A DG 34 1_555 I MG MG . A MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc2 A OP2 DA 35 A DA 35 1_555 I MG MG . A MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc3 C OP2 DG 34 C DG 34 1_555 L MG MG . C MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc4 C OP2 DA 35 C DA 35 1_555 L MG MG . C MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? hydrog 'DA-DG MISPAIR' hydrog1 A N6 DA 13 A DA 13 1_555 A N7 DG 31 A DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DG MISPAIR' hydrog2 A N6 DA 13 A DA 13 1_555 A O6 DG 40 A DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog3 A N7 DG 14 A DG 14 1_555 A N3 DT 30 A DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog4 A N1 DG 14 A DG 14 1_555 A O6 DG 40 A DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog5 A N2 DG 14 A DG 14 1_555 A N7 DG 40 A DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog6 A N1 DG 15 A DG 15 1_555 A O6 DG 29 A DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog7 A N2 DG 15 A DG 15 1_555 A N7 DG 29 A DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog8 A O6 DG 15 A DG 15 1_555 A N4 DC 39 A DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog9 A N7 DG 16 A DG 16 1_555 A N2 DG 28 A DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog10 A O6 DG 16 A DG 16 1_555 A N1 DG 28 A DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog11 A N1 DG 16 A DG 16 1_555 A O6 DG 38 A DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog12 A N2 DG 16 A DG 16 1_555 A N7 DG 38 A DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog13 A N3 DG 18 A DG 18 1_555 A N2 DG 36 A DG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_27_PAIR hydrog14 A N3 DT 19 A DT 19 1_555 A O6 DG 26 A DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_27_PAIR hydrog15 A O4 DT 19 A DT 19 1_555 A N1 DG 26 A DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog16 A N2 DG 20 A DG 20 1_555 A N3 DG 24 A DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog17 A N3 DG 20 A DG 20 1_555 A N2 DG 24 A DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog18 A N2 DG 20 A DG 20 1_555 A O6 DG 26 A DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DA MISPAIR' hydrog19 A N7 DG 26 A DG 26 1_555 A N6 DA 35 A DA 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DT MISPAIR' hydrog20 A N4 DC 27 A DC 27 1_555 A O4 DT 37 A DT 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog21 A N7 DG 28 A DG 28 1_555 A N2 DG 33 A DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog22 A O6 DG 28 A DG 28 1_555 A N1 DG 33 A DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog23 A N2 DG 29 A DG 29 1_555 A O2 DT 32 A DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DC MISPAIR' hydrog24 A O4 DT 32 A DT 32 1_555 A N4 DC 39 A DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog25 A N7 DG 33 A DG 33 1_555 A N2 DG 38 A DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog26 A O6 DG 33 A DG 33 1_555 A N1 DG 38 A DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DG MISPAIR' hydrog27 C N6 DA 13 C DA 13 1_555 C N7 DG 31 C DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DG MISPAIR' hydrog28 C N6 DA 13 C DA 13 1_555 C O6 DG 40 C DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog29 C N7 DG 14 C DG 14 1_555 C N3 DT 30 C DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog30 C N1 DG 14 C DG 14 1_555 C O6 DG 40 C DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog31 C N2 DG 14 C DG 14 1_555 C N7 DG 40 C DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog32 C N1 DG 15 C DG 15 1_555 C O6 DG 29 C DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog33 C N2 DG 15 C DG 15 1_555 C N7 DG 29 C DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog34 C O6 DG 15 C DG 15 1_555 C N4 DC 39 C DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog35 C N7 DG 16 C DG 16 1_555 C N2 DG 28 C DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog36 C O6 DG 16 C DG 16 1_555 C N1 DG 28 C DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog37 C N1 DG 16 C DG 16 1_555 C O6 DG 38 C DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog38 C N2 DG 16 C DG 16 1_555 C N7 DG 38 C DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog39 C N3 DG 18 C DG 18 1_555 C N2 DG 36 C DG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_27_PAIR hydrog40 C N3 DT 19 C DT 19 1_555 C O6 DG 26 C DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_27_PAIR hydrog41 C O4 DT 19 C DT 19 1_555 C N1 DG 26 C DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog42 C N2 DG 20 C DG 20 1_555 C N3 DG 24 C DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog43 C N3 DG 20 C DG 20 1_555 C N2 DG 24 C DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog44 C N2 DG 20 C DG 20 1_555 C O6 DG 26 C DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DA MISPAIR' hydrog45 C N7 DG 26 C DG 26 1_555 C N6 DA 35 C DA 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DT MISPAIR' hydrog46 C N4 DC 27 C DC 27 1_555 C O4 DT 37 C DT 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog47 C N7 DG 28 C DG 28 1_555 C N2 DG 33 C DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog48 C O6 DG 28 C DG 28 1_555 C N1 DG 33 C DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog49 C N2 DG 29 C DG 29 1_555 C O2 DT 32 C DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DC MISPAIR' hydrog50 C O4 DT 32 C DT 32 1_555 C N4 DC 39 C DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog51 C N7 DG 33 C DG 33 1_555 C N2 DG 38 C DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog52 C O6 DG 33 C DG 33 1_555 C N1 DG 38 C DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7ZQS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 4 MG A 1 101 101 MG MG . J 4 MG A 1 102 102 MG MG . K 5 NAG B 1 801 759 NAG NAG . L 4 MG C 1 101 101 MG MG . M 4 MG C 1 102 102 MG MG . N 5 NAG D 1 801 759 NAG NAG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 142.201 _atom_site.Cartn_y 93.394 _atom_site.Cartn_z 103.201 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 66.25 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 102 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 303 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #