data_7ZZ8 # _model_server_result.job_id kZDjSX-DgVXCxPVjcsgV-Q _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 06:05:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7zz8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":1202}' # _entry.id 7ZZ8 # _exptl.entry_id 7ZZ8 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7ZZ8 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7ZZ8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 M N N ? 3 T N N ? 3 Z N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C VAL 708 A VAL 702 1_555 A N KCX 709 A KCX 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 A C KCX 709 A KCX 703 1_555 A N ASP 710 A ASP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale3 B C VAL 708 B VAL 702 1_555 B N KCX 709 B KCX 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale4 B C KCX 709 B KCX 703 1_555 B N ASP 710 B ASP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale5 C C VAL 708 C VAL 702 1_555 C N KCX 709 C KCX 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale6 C C KCX 709 C KCX 703 1_555 C N ASP 710 C ASP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale7 D C VAL 708 D VAL 702 1_555 D N KCX 709 D KCX 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale8 D C KCX 709 D KCX 703 1_555 D N ASP 710 D ASP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 280 A GLU 274 1_555 H MG MG . A MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 280 A GLU 274 1_555 H MG MG . A MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 292 A GLU 286 1_555 H MG MG . A MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc4 A O VAL 525 A VAL 519 1_555 E MG MG . A MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? metalc ? metalc5 A O THR 528 A THR 522 1_555 E MG MG . A MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 540 A ASP 534 1_555 F MN MN . A MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc7 A OQ1 KCX 709 A KCX 703 1_555 F MN MN . A MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc8 A OQ2 KCX 709 A KCX 703 1_555 F MN MN . A MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc9 A NE2 HIS 738 A HIS 732 1_555 F MN MN . A MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc10 A NE2 HIS 740 A HIS 734 1_555 F MN MN . A MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 759 A ASP 753 1_555 E MG MG . A MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? metalc ? metalc12 F MN MN . A MN 1202 1_555 EA O HOH . A HOH 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc13 G O1A ADP . A ADP 1203 1_555 H MG MG . A MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc14 G O3A ADP . A ADP 1203 1_555 H MG MG . A MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? metalc ? metalc15 B OE1 GLU 280 B GLU 274 1_555 O MG MG . B MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? metalc ? metalc16 B OE2 GLU 280 B GLU 274 1_555 O MG MG . B MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? metalc ? metalc17 B O VAL 525 B VAL 519 1_555 L MG MG . B MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? metalc ? metalc18 B O THR 528 B THR 522 1_555 L MG MG . B MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc19 B OD2 ASP 540 B ASP 534 1_555 M MN MN . B MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc20 B OQ2 KCX 709 B KCX 703 1_555 M MN MN . B MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc21 B NE2 HIS 738 B HIS 732 1_555 M MN MN . B MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc22 B NE2 HIS 740 B HIS 734 1_555 M MN MN . B MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc23 B OD1 ASP 759 B ASP 753 1_555 L MG MG . B MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc24 M MN MN . B MN 1202 1_555 FA O HOH . B HOH 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? metalc ? metalc25 N O1B ADP . B ADP 1203 1_555 O MG MG . B MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc26 C OE1 GLU 280 C GLU 274 1_555 V MG MG . C MG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? metalc ? metalc27 C OE2 GLU 280 C GLU 274 1_555 V MG MG . C MG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc28 C OE2 GLU 292 C GLU 286 1_555 V MG MG . C MG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc29 C O VAL 525 C VAL 519 1_555 S MG MG . C MG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc30 C O THR 528 C THR 522 1_555 S MG MG . C MG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc31 C OQ1 KCX 709 C KCX 703 1_555 T MN MN . C MN 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc32 C NE2 HIS 738 C HIS 732 1_555 T MN MN . C MN 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc33 C NE2 HIS 740 C HIS 734 1_555 T MN MN . C MN 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc34 T MN MN . C MN 1203 1_555 GA O HOH . C HOH 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc35 U O2A ADP . C ADP 1204 1_555 V MG MG . C MG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? metalc ? metalc36 U O3A ADP . C ADP 1204 1_555 V MG MG . C MG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc37 D OE1 GLU 280 D GLU 274 1_555 BA MG MG . D MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc38 D OE2 GLU 280 D GLU 274 1_555 BA MG MG . D MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? metalc ? metalc39 D OE2 GLU 292 D GLU 286 1_555 BA MG MG . D MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc40 D O VAL 525 D VAL 519 1_555 Y MG MG . D MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? metalc ? metalc41 D O THR 528 D THR 522 1_555 Y MG MG . D MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc42 D OD2 ASP 540 D ASP 534 1_555 Z MN MN . D MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc43 D OQ1 KCX 709 D KCX 703 1_555 Z MN MN . D MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc ? metalc44 D OQ2 KCX 709 D KCX 703 1_555 Z MN MN . D MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.754 ? metalc ? metalc45 D NE2 HIS 738 D HIS 732 1_555 Z MN MN . D MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc46 D NE2 HIS 740 D HIS 734 1_555 Z MN MN . D MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc47 D OD1 ASP 759 D ASP 753 1_555 Y MG MG . D MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? metalc ? metalc48 Z MN MN . D MN 1202 1_555 HA O HOH . D HOH 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? metalc ? metalc49 AA O2A ADP . D ADP 1203 1_555 BA MG MG . D MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc50 AA O3A ADP . D ADP 1203 1_555 BA MG MG . D MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7ZZ8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 MG A 1 1201 1199 MG MG . F 3 MN A 1 1202 1201 MN MN . G 4 ADP A 1 1203 1202 ADP ADP . H 2 MG A 1 1204 1203 MG MG . I 5 ACO A 1 1205 1204 ACO ACO . J 6 PYR A 1 1206 1205 PYR PYR . K 7 2BA A 1 1207 1206 2BA 2BA . L 2 MG B 1 1201 1199 MG MG . M 3 MN B 1 1202 1201 MN MN . N 4 ADP B 1 1203 1202 ADP ADP . O 2 MG B 1 1204 1203 MG MG . P 5 ACO B 1 1205 1204 ACO ACO . Q 6 PYR B 1 1206 1205 PYR PYR . R 7 2BA C 1 1201 1206 2BA 2BA . S 2 MG C 1 1202 1199 MG MG . T 3 MN C 1 1203 1201 MN MN . U 4 ADP C 1 1204 1202 ADP ADP . V 2 MG C 1 1205 1203 MG MG . W 5 ACO C 1 1206 1204 ACO ACO . X 6 PYR C 1 1207 1205 PYR PYR . Y 2 MG D 1 1201 1199 MG MG . Z 3 MN D 1 1202 1201 MN MN . AA 4 ADP D 1 1203 1202 ADP ADP . BA 2 MG D 1 1204 1203 MG MG . CA 5 ACO D 1 1205 1204 ACO ACO . DA 6 PYR D 1 1206 1205 PYR PYR . EA 8 HOH A 1 1301 9 HOH HOH . FA 8 HOH B 1 1301 10 HOH HOH . GA 8 HOH C 1 1301 11 HOH HOH . HA 8 HOH D 1 1301 12 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 184.701 _atom_site.Cartn_y 166.512 _atom_site.Cartn_z 156.686 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 94.77 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 1202 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 20 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 59 _model_server_stats.query_time_ms 262 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #