data_7ZZ8
#
_model_server_result.job_id            0acyzHxLLwBJwoikL95iVA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 05:53:21' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7zz8 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":1202}' 
#
_entry.id    7ZZ8 
#
_exptl.entry_id    7ZZ8 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              54.938 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MANGANESE (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7ZZ8 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7ZZ8 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 M N N 
? 3 T N N 
? 3 Z N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C VAL 708 A VAL 702 1_555 A N KCX 709 A KCX 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale2 A C KCX 709 A KCX 703 1_555 A N ASP 710 A ASP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale3 B C VAL 708 B VAL 702 1_555 B N KCX 709 B KCX 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale4 B C KCX 709 B KCX 703 1_555 B N ASP 710 B ASP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale5 C C VAL 708 C VAL 702 1_555 C N KCX 709 C KCX 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale6 C C KCX 709 C KCX 703 1_555 C N ASP 710 C ASP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale7 D C VAL 708 D VAL 702 1_555 D N KCX 709 D KCX 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale8 D C KCX 709 D KCX 703 1_555 D N ASP 710 D ASP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 280 A GLU 274 1_555 H MG MG . A MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 280 A GLU 274 1_555 H MG MG . A MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 292 A GLU 286 1_555 H MG MG . A MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc4 A O VAL 525 A VAL 519 1_555 E MG MG . A MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? 
metalc ? metalc5 A O THR 528 A THR 522 1_555 E MG MG . A MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 540 A ASP 534 1_555 F MN MN . A MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc7 A OQ1 KCX 709 A KCX 703 1_555 F MN MN . A MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? 
metalc ? metalc8 A OQ2 KCX 709 A KCX 703 1_555 F MN MN . A MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc9 A NE2 HIS 738 A HIS 732 1_555 F MN MN . A MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc10 A NE2 HIS 740 A HIS 734 1_555 F MN MN . A MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc11 A OD1 ASP 759 A ASP 753 1_555 E MG MG . A MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? 
metalc ? metalc12 F MN MN . A MN 1202 1_555 EA O HOH . A HOH 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc13 G O1A ADP . A ADP 1203 1_555 H MG MG . A MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? 
metalc ? metalc14 G O3A ADP . A ADP 1203 1_555 H MG MG . A MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc15 B OE1 GLU 280 B GLU 274 1_555 O MG MG . B MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 280 B GLU 274 1_555 O MG MG . B MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? 
metalc ? metalc17 B O VAL 525 B VAL 519 1_555 L MG MG . B MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
metalc ? metalc18 B O THR 528 B THR 522 1_555 L MG MG . B MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc19 B OD2 ASP 540 B ASP 534 1_555 M MN MN . B MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc20 B OQ2 KCX 709 B KCX 703 1_555 M MN MN . B MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc21 B NE2 HIS 738 B HIS 732 1_555 M MN MN . B MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc22 B NE2 HIS 740 B HIS 734 1_555 M MN MN . B MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc23 B OD1 ASP 759 B ASP 753 1_555 L MG MG . B MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc24 M MN MN . B MN 1202 1_555 FA O HOH . B HOH 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc25 N O1B ADP . B ADP 1203 1_555 O MG MG . B MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLU 280 C GLU 274 1_555 V MG MG . C MG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 280 C GLU 274 1_555 V MG MG . C MG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? 
metalc ? metalc28 C OE2 GLU 292 C GLU 286 1_555 V MG MG . C MG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc29 C O VAL 525 C VAL 519 1_555 S MG MG . C MG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc30 C O THR 528 C THR 522 1_555 S MG MG . C MG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc31 C OQ1 KCX 709 C KCX 703 1_555 T MN MN . C MN 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? 
metalc ? metalc32 C NE2 HIS 738 C HIS 732 1_555 T MN MN . C MN 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc33 C NE2 HIS 740 C HIS 734 1_555 T MN MN . C MN 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? 
metalc ? metalc34 T MN MN . C MN 1203 1_555 GA O HOH . C HOH 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? 
metalc ? metalc35 U O2A ADP . C ADP 1204 1_555 V MG MG . C MG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc36 U O3A ADP . C ADP 1204 1_555 V MG MG . C MG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? 
metalc ? metalc37 D OE1 GLU 280 D GLU 274 1_555 BA MG MG . D MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc38 D OE2 GLU 280 D GLU 274 1_555 BA MG MG . D MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? 
metalc ? metalc39 D OE2 GLU 292 D GLU 286 1_555 BA MG MG . D MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? 
metalc ? metalc40 D O VAL 525 D VAL 519 1_555 Y MG MG . D MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? 
metalc ? metalc41 D O THR 528 D THR 522 1_555 Y MG MG . D MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc42 D OD2 ASP 540 D ASP 534 1_555 Z MN MN . D MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc43 D OQ1 KCX 709 D KCX 703 1_555 Z MN MN . D MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc44 D OQ2 KCX 709 D KCX 703 1_555 Z MN MN . D MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.754 ? 
metalc ? metalc45 D NE2 HIS 738 D HIS 732 1_555 Z MN MN . D MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc46 D NE2 HIS 740 D HIS 734 1_555 Z MN MN . D MN 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? 
metalc ? metalc47 D OD1 ASP 759 D ASP 753 1_555 Y MG MG . D MG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? 
metalc ? metalc48 Z MN MN . D MN 1202 1_555 HA O HOH . D HOH 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
metalc ? metalc49 AA O2A ADP . D ADP 1203 1_555 BA MG MG . D MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc50 AA O3A ADP . D ADP 1203 1_555 BA MG MG . D MG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mn 2' 
_chem_comp.formula_weight    54.938 
_chem_comp.id                MN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MANGANESE (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7ZZ8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MG A 1 1201 1199 MG MG . 
F 3 MN A 1 1202 1201 MN MN . 
G 4 ADP A 1 1203 1202 ADP ADP . 
H 2 MG A 1 1204 1203 MG MG . 
I 5 ACO A 1 1205 1204 ACO ACO . 
J 6 PYR A 1 1206 1205 PYR PYR . 
K 7 2BA A 1 1207 1206 2BA 2BA . 
L 2 MG B 1 1201 1199 MG MG . 
M 3 MN B 1 1202 1201 MN MN . 
N 4 ADP B 1 1203 1202 ADP ADP . 
O 2 MG B 1 1204 1203 MG MG . 
P 5 ACO B 1 1205 1204 ACO ACO . 
Q 6 PYR B 1 1206 1205 PYR PYR . 
R 7 2BA C 1 1201 1206 2BA 2BA . 
S 2 MG C 1 1202 1199 MG MG . 
T 3 MN C 1 1203 1201 MN MN . 
U 4 ADP C 1 1204 1202 ADP ADP . 
V 2 MG C 1 1205 1203 MG MG . 
W 5 ACO C 1 1206 1204 ACO ACO . 
X 6 PYR C 1 1207 1205 PYR PYR . 
Y 2 MG D 1 1201 1199 MG MG . 
Z 3 MN D 1 1202 1201 MN MN . 
AA 4 ADP D 1 1203 1202 ADP ADP . 
BA 2 MG D 1 1204 1203 MG MG . 
CA 5 ACO D 1 1205 1204 ACO ACO . 
DA 6 PYR D 1 1206 1205 PYR PYR . 
EA 8 HOH A 1 1301 9 HOH HOH . 
FA 8 HOH B 1 1301 10 HOH HOH . 
GA 8 HOH C 1 1301 11 HOH HOH . 
HA 8 HOH D 1 1301 12 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MN 
_atom_site.label_atom_id         MN 
_atom_site.label_comp_id         MN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         M 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               101.388 
_atom_site.Cartn_y               119.84 
_atom_site.Cartn_z               155.275 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        72.02 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MN 
_atom_site.auth_comp_id          MN 
_atom_site.auth_seq_id           1202 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              21 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    98 
_model_server_stats.query_time_ms           260 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#